E. coliK-12 BIMEs (alphabetically)

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Flanking genes Structure Coordinates Accession number
aceA - aceK Y l Z2 S Y 4216014 - 4216150 AE000474
aefa (kefA) - setA B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats 489160 - 489303 AE000152/53
agaA - agaS Z2 S Y 3279340 - 3279427 AE000394
aidB - yjfN (Z S) Y 4413535 - 4413572 AE000490
alr  - tyrB Y L (ihf) 4264446 - 4264534 AE000478
appA - yccC Y 1041207 - 1041244 AE000200
appB - appA Z2 1039765 - 1039804 AE000200
araA - araD Y S Z2 s Y S Z2 s Y S Z2 66562 - 66815 AE000116
arcC - purK Z2 Y/2 l Z2 S Y 550574 - 550737 AE000158
argA - recD Y 2948605 - 2948653 AE000365
aroG - gpmA UP > 2 < Z2 785915 - 785995 AE000178
arsC - yhiS B Z2 L Z1 A 3648319 - 3648464 AE000426
artJ - artM Y l Z2 899971 - 900059 AE000188
ascB - hycI Y S Z1 A 2840443 - 2840548 AE000355/56
aslA - aslB Y L Z2 (ihf) 3981830 - 3981939 AE000456
asnB - nagD B Y L Z1 A (ihf) 698625 - 699768 AE000171
avtA - yiaI Z1 L Y B (ihf) 3738571 - 3738713 AE000434/35
baeR - o123 Y 2163038 - 2163075 AE000297
barA - gudD B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats 2915888 - 2916027 AE000362
caiB - caiA Y S Z2 39148 - 39235 AE000114
caiF - caiE Z2 34724 - 34763 AE000114
cca  - bacA Y S Z2 s Y 3200782 - 3200910 AE000387
cdd  - sanA Y 2230753 - 2230790 AE000303
cobB - f262 Z1 L Y B (ihf) 1179574 - 1179695 AE000212
codA - cynR Y S Z1 - 115 pb - Y S Z1 - 115 pb 356705 - 356989 AE000140/41
cstA - ybdH boxC > - 14 - Y 631267 - 631374 AE000165
cueO - gcd A Z1 L Y B (ihf) 138676 - 138819 AE000121/22
cutF - yaeF Y l Z2 216054 - 216138 AE000128
cvpA - dedD Y S Z2 2428946 - 2429035 AE000320
cynX - lacA Z1 360431 - 360463 AE000141
cysH - cysI Z2 2886354 - 2886394 AE000360
cysM - cysA Z2 2537624 - 2537663 AE000329
dacB - yhbZ B Y L Z1 A (ihf) 3328078 - 3328222 AE000399
dacC - deoR Z1 881158 - 881192 AE000186
dapE - f240 Y l Z2 2590997 - 2591081 AE000334
dbpA - f311 Z2 1408954 - 1408994 AE000232
deoC - deoA Z1 S Y 4615683 - 4615763 AE000508
dppA - proK Y l Z2 3705900 - 3705987 AE000432
dppB - dppA B Y L Z1 A (ihf) 3703569 - 3703712 AE000431
eco  - mqo Y<14>Z2>21<Y<14>Z2>21<Y<14>Z2>21<Y<14>Z2>21<Y<14>Z2>21<Y<14>Z2 2302436 - 2303091 AE000310
eutH - eutG Y S Z2 l Y S Z2 2566156 - 2566344 AE000332
exo  - fucO Y 2929836 - 2929873 AE000363
f135 - gyrB Y L Z1 (ihf) 3875211 - 3875314 AE000447
f254 - o207 Y 3214283 - 3214320 AE000389
f268 - mltA A Z1 L Y B - direct repeats 2943895 - 2944037 AE000364/65
f310 - f848 Y L Z1 r Y 3112392 - 3112563 AE000379/80
f392 - fabB Z2 2438360 - 2438399 AE000321
f786 - glnQ B Y L Z1 844832 - 844955 AE000183
fdnI - f120 B Y L Z1 A - direct repeats - B Y L Z1 A 1550072 - 1550392 AE000244
fsa  - moeB Y 863557 - 863594 AE000184/85
fepA - entD A Z1 L Y B (ihf) 609317 - 609460 AE000163
fhuB - hemL Z2 S Y 173501 - 173591 AE000125
fimH - gntP Z2 - 7 - D - boxC> 4547350 - 4547464 AE000502
flgF - flgG A Z1 L Y B 1133786 - 1133930 AE000208
flhB - cheZ Y > < Z2 1964343 - 1964411 AE000282
fliA - fliC B Y L Z1 A (ihf) 1999969 - 2000111 AE000285
folA - apaH Z2 50324 - 50364 AE000115
fre - fadA Z2 S Y l Z2 S Y l Z2 S Y 4024909 - 4025195 AE000460
ftsK - lolA Z2 936446 - 936485 AE000191
gabT - gabP Z2 > 4 < Y 2792046 - 2792126 AE000351
gatY - dhnA Z2 s Y 2175427 - 2175505 AE000299
gdhA - f387 Z1 L Y 1841745 - 1841843 AE000271
glnL - glnA Y S Z2 4054048 - 4054138 AE000462
glnS - o468 Y r Z1 L Y - direct repeats 706992 - 707160 AE000171
glpD - yzgL A Z1 L Y B (ihf) 3561192 - 3561335 AE000418/19
glpX - glpK Y 4113254 - 4113293 AE000467
gltP - yjcO Z2 L Y s Z2 L Y s Z2 L Y s Z2 L Y s Z2 L Y s Z2 4293411 - 4294014 AE000481
glxK - ylbA Y L Z1 542308 - 542410 AE000157
gmhA - yafJ Y l Z2 > 16 < Y 244128 - 244266 AE000131
gntT - malQ Y S Z2 3545517 - 3545381 AE000417
goaG - pspF Z1 S Y 1364833 - 1364961 AE000228
gsk  - ybaL Y l Z2 500667 - 500752 AE000154
hemN - glnG Y l Z2 4051109 - 4051194 AE000462
holC - xerB Z2 S Y 4481898 - 4481987 AE000496
hypF - hydN UP 2835483 - 2835517 AE000355
ilvA - ilvY Z1 3954502 - 3954535 AE000453
iscR - f246 Y S Z2 s Y S Z2 s Y S Z2 2660326 - 2660597 AE000339
ivbL - emrD Z2 3851336 - 3851375 AE000445
katE - ydjC B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats 1814185 - 1814329 AE000268
katE - ydjC Y 1814365 - 1814401 AE000268
kdgK - yhjJ Y 3677992 - 3678029 AE000429
kgtP - rrfG Z2 2723995 - 2724032 AE000345
lacA - lacY Y 361106 - 361143 AE000141
lamB - malM Y s Z2 S Y 4246899 - 4247027 AE000476
leuQ - rsmC Z2 >20< Y 4604124 - 4604221 AE000507
lspA - slpA Z2 S Y 25707 - 25798 AE000113
lysV - xapR Z1 2519555 - 2519587 AE000328
malF - malE Y s Z2 S Y 4242670 - 4242799 AE000476
mdoH - yceK Z1 L Y 1112637 - 1112740 AE000206
melB - yjdF A Z1 L Y B 4342371 - 4342510 AE000484
mesJ - rof Z2 213631 - 213672 AE000128
metK - galP Y 3085923 - 3085959 AE000377
metL - metF Y 4129926 - 4129963 AE000468
mgtA - yjgF B Y> 23 <Z1 A (ihf) - direct repeats 4467932 - 4468065 AE000495
mhpE - mhpT Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y 374151 - 374590 AE000142
mmuM - afuC Z1 < > Y 276898 - 276966 AE000134
moaE - o234 Y 818976 - 819010 AE000181
mpl  - yjgA Y l Z2 4454758 - 4454843 AE000494
mrcA - yrfE B Y L Z1 3523080 - 3523216 AE000415
mrr  - yjiA Y 4585439 - 4585473 AE000506
mtlA - mtlD < boxC' - Z1 L Y - <'boxC (ihf) - direct repeats 3771820 - 3772007 AE000438
mutT - yacG Y l Z2 L Y l Z2 111429 - 111630 AE000119
nadE - o295 A Z1 L Y B (ihf) 1821331 - 1821475 AE000269
nadR - yjjK Y l Z2 L Y 4626263 - 4626416 AE000509
nagE - glnS Z2 705119 - 705158 AE000171
narP - ccmH A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats 2289198 - 2289341 AE000309
ndh  - ycfH Y 1166122 - 1166159 AE000211
nrdA - nrdB Y S Z2 s Y S Z2 Y 2345177 - 2345383 AE000313
nrdG - nrdD Z2 S Y 4457986 - 4458075 AE000495
nuoM - nuoL Z2 2391148 - 2391187 AE000317
o76  - f464 A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats 1067554 - 1067697 AE000202
o91  - prpR Y 346043 - 346080 AE000140
o93  - rgdC Z2 408275 - 408315 AE000145
o98  - yaaA Z2 L Y (ihf) 5562 - 5672 AE000111
o108 - mntH Z2 S Y 2509369 - 2509462 AE000327
o119 - f248 Z2 >20< Y 2615985 - 2616083 AE000336
o128 - yjeJ A Z1 L Y B (ihf) 4370751 - 4370896 AE000487
o147 - f268 Y 2943015 - 2943052 AE000364
o156 - cpdB Z1 S Z2 s Y 4432071 - 4432189 AE000492
o164 - f290 Y 2671793 - 2671830 AE000340
o169 - f456 B Y > 22 < Z1 444401 - 444513 AE000149
o191 - f297 Y s Z2 2892830 - 2892898 AE000360
o199 - ndh Y l Z1 1164961 - 1165037 AE000211
o207 - air Y S Z2 3215072 - 3215166 AE000389
o211 - o216 Y 2039171 - 2039208 AE000288
o215 - aspC B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats 983561 - 983704 AE000195
o244 - cysM B Y L Z1 A (ihf) 2536532 - 2536675 AE000329
o278 - f277 Z2 S Y l Z2 S Y 376556 - 376748 AE000142
o281 - yddE Y S Z1 1532904 - 1532984 AE000243
o294 - exbD Y L Z1 l Y L Z1 (ihf - ihf) 3148610 - 3148826 AE000383
o299 - gatR Y 2167669 - 2167706 AE000298
o304 - hybG Y l Z2 3137635 - 3137719 AE000382
o310 - f541 B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats 3010455 - 3010598 AE000370/71
o323 - torZ (bisZ) B Y L Z1 A (ihf) 1952432 - 1952576 AE000280/81
o326 - f219 Z2 L Y l Z2 3040338 - 3040496 AE000373
o375 - artJ B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats 898896 - 899039 AE000187/88
o399 - glyA A Z1 L Y B (ihf) 2682114 - 2682257 AE000341
o463 - f308 A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats 2547463 - 2547606 AE000330
o472 - o316 Y S Z1 l Y S Z1 l Y S Z1 l Y S Z1 338978 - 339341 AE000139
o483 - f556 Y 680903 - 680940 AE000169
o502 - gusC A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats 1689425 - 1689567 AE000257
o530 - f421 A Z1 L Y B (ihf) 856816 - 856958 AE000184
o688 - f92 Y > 7 < Z2 2441806 - 2441891 AE000321
o761 - ybhC Z2 S Y s Z2 S Y 805024 - 805207 AE000179/80
ompG - ycjW Y > 2 < Z2 1380888 - 1380967 AE000230
pfkA - sbp A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats 4106128 - 4106271 AE000466
pgi  - yjbE Y s Z2 4232998 - 4233077 AE000476
pgm  - o164 A Z1 L Y B (ihf) 714464 - 714607 AE000172
pgpA - yajO Z2 436341 - 436381 AE000148
phnB - phnA Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y 4323379 - 4323963 AE000483
phnE - phnD Y l Z2 4320823 - 4320911 AE000482
phnL - phnK Z2 S Y 4315492 - 4315580 AE000482
phrB - f493 Y L Z2 (ihf) 740174 - 740285 AE000174
pitA - uspB B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats 3636816 - 3636959 AE000425
ppc  - argE Z2 r Y> 20 <Z2 r Y> 20 <Z2 r Y 4150925 - 4151272 AE000469/70
proP - basS Z2 4329593 - 4329627 AE000483
proX - o88 Y l Z2 2806150 - 2806236 AE000352
prpB - prpC Z2 S Y s Z2 S Y s Z2 S Y s Z2 S Y 348826 - 349196 AE000140
prpE - codB Z2 S Y l Z2 353861 - 353994 AE000140
pstB - pstA Z1 Y - < boxC 3906012 - 3906166 AE000449
pstC - pstS Y 3908068 - 3908106 AE000449
purC - nlpB Y 2595702 - 2595739 AE000334
putP - o39 Y 1080334 - 1080371 AE000203
pykA - msbB Y L Z1 1937119 - 1937221 AE000279
rbfA - infB Z2 s Y 3310892 - 3310968 AE000397
rcsB - rcsC Z2 l Y L Z2 l Y 2314853 - 2315051 AE000310/11
recG - gltS Z1 3824962 - 3825046 AE000442
rep  - gppA Z2 3960314 - 3960353 AE000454
rhaD - rhaA Y s Z2 S Y s Z2 S Y s Z2 S Y s Z2 S Y 4091896 - 4092301 AE000465
rhlE - ybiA A Z1 L Y B (ihf) 831488 - 831632 AE000182
rhtC - rhtB Y 4006003 - 4006040 AE000458
rplY - yejK Y 2280906 - 2280943 AE000308
rpoD - f168 Y 3212532 - 3212568 AE000388
rrfA - mobB Z2 4038441 - 4038480 AE000461
sdhB - sucA Z2 s Y S Z1 757630 - 757752 AE000175
sodB - f389 A Z1 S Y B 1733984 - 1734102 AE000261
spf  - yihA Z1 4047610 - 4047642 AE000461
srlD - gutM Z1 2826581 - 2826613 AE000354
srmB - yfiE A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats 2712280 - 2712423 AE000344
sseB - pepB Z1 L Y (ihf) 2652987 - 2653089 AE000339
sucB - sucC Y s Z2 S Y s Z2 761984 - 762152 AE000175/76
tktB - f347 UP':: Z2::'UP 2579665 - 2579737 AE000333
tldD - yhdP Y S Z2 s Y S Z2 s Y S Z2 s Y 3389708 - 3390020 AE000403
torD - yccD Z2 l Y S Z2 1061629 - 1061766 AE000201/02
trpR - yjjX Z1 l Y L Z2 4630659 - 4630802 AE000509
trs5-3 - lnt Y 688486 - 688523 AE000170
ubiA - plsB Y* Z1 L Y 4251508 - 4251612 AE000477
ubiF - o111 Z2 695529 - 695568 AE000170
ubiG - yfaL Z2 S Y 2338103 - 2338189 AE000313
ugpA - ugpB Z1 3588561 - 3588593 AE000421
ugpB - livF B Y L Z1 A (ihf) 3590172 - 3590316 AE000421
uvrB - f302 A Z1 L Y B (ihf) 814785 - 814927 AE000180
uvrD - yigI Y L Z2 (ihf) 3997760 - 3997868 AE000457
uxuB - uxuR Y 4552073 - 4552110 AE000503
vacB - yjfH B Y L Z1 (ihf) 4406708 - 4406831 AE000490
wcaA - f732 Y 2131451 - 2131488 AE000295
wcaK - walX Z2 S Y s Z2 S Y 2116484 - 2116676 AE000295
xylR - bax Z2 l Y - 48 - Z2 3733782 - 3733954 AE000434
yabI - sfuC Z2 S Y 72133 - 72223 AE000117
yafL - yafM Y l Z2 247457 - 247542 AE000131
yafM - fhiA Z2 S Y l Z2 S Y 248144 - 248337 AE000131
yajF - araJ Z2 S Y l Z2 S Y 410299 - 410495 AE000145
yajD - tsx A Z1 L Y B (ihf) 430169 - 430312 AE000147
ybaQ - copA Y l Z2 S Y l Z2 S Y 507805 - 508044 AE000154
ybgB - cydA B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats 769875 - 770019 AE000176
ybiC - ybiJ Y S Z2 s Y 836759 - 836885 AE000182
ycdB - phoH Z2 S Y 1083902 - 1084013 AE000203
yceC - yceF Y l Z1 1145150 - 1145228 AE000209
ycjC - aldH Z1 1360504 - 1360536 AE000228
yebE - yebF Z2 S Y 1927944 - 1928033 AE000278
yebI - ruvB Y S Z2 l Y 1942240 - 1942374 AE000280
yegE - alkA Z2 S Y 2144619 - 2144708 AE000296/97
yegH - asmA Z2 2137721 - 2137761 AE000296
yehZ - bglX Y 2217642 - 2217679 AE000302
yeiA - mglC Z1 l Y L Z2 l Y 2234499 - 2234704 AE000303/04
yeiI - yeiJ Z2 > 24 < Z1 2250812 - 2250909 AE000305
yeiL - yeiM Z2 2254055 - 2254095 AE000305
yfaE - inaA Z2 2346798 - 2346837 AE000313
ygbD - hypF Z2 S Y 2833087 - 2833174 AE000355
yggB - fda B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats 3068001 - 3068143 AE000375/76
yggG - speB Y r Z2 S Y(r) 3080708 - 3080858 AE000377
yggN - yggL B Y S Z1 A 3099691 - 3099814 AE000378
yggW - yggM Y S Z2 s Y 3096429 - 3096556 AE000378
ygjK - ygjL Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 3228890 - 3229178 AE000390
ygjN - ygjO Z2 S Y 3232276 - 3232367 AE000390
yhaC - rnpB A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats 3267340 - 3267482 AE000394
yhaL - yhaM Y L Z2 3252854 - 3252962 AE000392
yhbW - mtr Z1 3302144 - 3302176 AE000397
yhfK - argD Y 3486539 - 3486576 AE000411
yhfR - yhfS Z2 - 24 - boxC > 3502423 - 3502543 AE000413
yhfZ - trpS A Z1 > 25 < Y B 3510126 - 3510261 AE000414
yhgF - feoA Y 3537383 - 3537418 AE000416
yhgI - gntT Z2 3543855 - 3543894 AE000417
yhhI - yhhJ 'Y L Z1 (ihf) RhsB junction (IRR) 3623204 - 3623304 AE000424
yhhK - livJ A Z1 L Y B 3596005 - 3596150 AE000422
yhjD - yhjE Y > 21 < Z2 3672008 - 3672106 AE000428
yhjE - yhjG Z1 L Y B (ihf) 3673728 - 3673870 AE000429
yiaW - aldB B Y S Z2 3752467 - 3752574 AE000436
yibK - cysE Y 3779320 - 3779356 AE000438
yibL - lldP Y 3774690 - 3774727 AE000438
yicM - yicN Y 3839480 - 3839576 AE000444
yidC - thdF Z1 3884406 - 3884438 AE000447
yihN - yihO Z1 S Y 4061095 - 4061175 AE000463
yiiF - fdhE B Y L Z1 A (ihf) 4077577 - 4077720 AE000464
yiiM - cpxA Z2 l Y 4101087 - 4101172 AE000466
yiiX - metJ B Y L Z1 (ihf) 4125509 - 4125631 AE000467
yijF - gldA Y L Z1 (ihf) - direct repeats 4135366 - 4135469 AE000468
yijO - yijP Y S Z2 4146006 - 4146093 AE000469
yjbB - pepE Z2 Y* 4226954 - 4226994 AE000475
yjbH - yjbA Z2 4237733 - 4237773 AE000476
yjcH - acs Y s Z2 4282880 - 4282958 AE000480
yjcW - yjcX Z1 S Y 4308590 - 4308677 AE000482
yjeJ - yjeK B Y L Z1 A - direct repeats 4372053 - 4375198 AE000487
yjgD - f97 Y B 4476501 - 4476558 AE000496
yjgQ - yjgR Z2 4486072 - 4486111 AE000497
yjiQ - yjiR A Z1 L Y B 4567492 - 4567636 AE000504
yjjV - yjjW Y l Z2 S Y l Z2 S Y l Z2 S Y l Z2 4611825 - 4612214 AE000508
yohD - yohF Y l Z2 2224403 - 2224490 AE000303
yqgF - yggR Y S Z2 < 9 < Z1 3091982 - 3092112 AE000377/78
yqjG - yhaH B Y L Z1 A (ihf) 3249682 - 3249825 AE000392
yraP - yraQ Z2 S Y 3294637 - 3294726 AE000396
yrbA - yrbB Y 3334561 - 3334598 AE000399
ytfL - msrA A Z1 L Y B (ihf) 4438947 - 4439090 AE000493
ytfQ - ytfR Y l Z2 4448520 - 4448604 AE000494




BIMEs from other E. coli strains

Strain Flanking genes Structure Accession number
ECOR 39 replacement of rhsD Z1 L Y l Z2 S Y (ihf) X60997
ECOR 45 rhsF B Y L Z1 (ihf) X60997
E. coli W hpaF-hapH Z1> 18 <Y Z37980
E. coli W hpaI-hapX Z1 S Y - 14 bp- <Y Z37980

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