E. coliK-12 BIMEs

To display the list alphabetically
 
Coordinates  Flanking genes Structure  Accession number
5562 - 5672 o98 - yaaA Z2 L Y (ihf) AE000111
25707 - 25798 lspA - slpA Z2 S Y AE000113
34724 - 34763 caiF - caiE Z2 AE000114
39148 - 39235 caiB - caiA Y S Z2 AE000114
50324 - 50364 folA - apaH Z2 AE000115
66562 - 66815 araA - araD Y S Z2 s Y S Z2 s Y S Z2 AE000116
72133 - 72223 yabI - sfuC Z2 S Y AE000117
111429 - 111630 mutT - yacG Y l Z2 L Y l Z2 AE000119
138676 - 138819 cueO - gcd A Z1 L Y B (ihf) AE000121/22
173501 - 173591 fhuB - hemL Z2 S Y AE000125
213631 - 213672 mesJ - rof Z2 AE000128
216054 - 216138 cutF - yaeF Y l Z2 AE000128
244128 - 244266 gmhA - yafJ Y l Z2 > 16 < Y AE000131
247457 - 247542 yafL - yafM Y l Z2 AE000131
248144 - 248337 yafM - fhiA Z2 S Y l Z2 S Y  AE000131
276898 - 276966 mmuM - afuC Z1 < > Y AE000134
338978 - 339341 o472 - o316 Y S Z1 l Y S Z1 l Y S Z1 l Y S Z1 AE000139
346043 - 346080 o91  - prpR Y AE000140
348826 - 349196 prpB - prpC Z2 S Y s Z2 S Y s Z2 S Y s Z2 S Y AE000140
353861 - 353994 prpE - codB Z2 S Y l Z2 AE000140
356705 - 356989 codA - cynR Y S Z1 - 115 pb - Y S Z1 - 115 pb  AE000140/41
360431 - 360463 cynX - lacA Z1 AE000141
361106 - 361143 lacA - lacY Y AE000141
374151 - 374590 mhpE - mhpT Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y AE000142
376556 - 376748 o278 - f277 Z2 S Y l Z2 S Y  AE000142
408275 - 408315 o93  - rgdC Z2 AE000145
410299 - 410495 yajF - araJ Z2 S Y l Z2 S Y AE000145
430169 - 430312 yajD - tsx A Z1 L Y B (ihf) AE000147
436341 - 436381 pgpA - yajO Z2 AE000148
444401 - 444513 o169 - f456 B Y > 22 < Z1 AE000149
489160 - 489303 aefA (kefA) - setA B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats AE000152/53
500667 - 500752 gsk  - ybaL Y l Z2 AE000154
507805 - 508044 ybaQ - copA Y l Z2 S Y l Z2 S Y AE000154
542308 - 542410 glxK - ylbA Y L Z1 AE000157
550574 - 550737 arcC - purK Z2 Y/2 l Z2 S Y AE000158
609317 - 609460 fepA - entD A Z1 L Y B (ihf) AE000163
631267 - 631374 cstA - ybdH boxC > - 14 - Y  AE000165
680903 - 680940 o483 - f556 Y AE000169
688486 - 688523 trs5-3 - lnt Y AE000170
695529 - 695568 ubiF - o111 Z2 AE000170
698625 - 699768 asnB - nagD B Y L Z1 A (ihf) AE000171
705119 - 705158 nagE - glnS Z2 AE000171
706992 - 707160 glnS - o468 Y r Z1 L Y - direct repeats AE000171
714464 - 714607 pgm  - o164 A Z1 L Y B (ihf) AE000172
740174 - 740285 phrB - f493 Y L Z2 (ihf) AE000174
757630 - 757752 sdhB - sucA Z2 s Y S Z1 AE000175
761984 - 762152 sucB - sucC Y s Z2 S Y s Z2 AE000175/76
769875 - 770019 ybgB - cydA B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats AE000176
785915 - 785995 aroG - gpmA UP > 2 < Z2 AE000178
805024 - 805207 o761 - ybhC Z2 S Y s Z2 S Y AE000179/80
814785 - 814927 uvrB - f302 A Z1 L Y B (ihf) AE000180
818976 - 819010 moaE - o234 Y AE000181
831488 - 831632 rhlE - ybiA A Z1 L Y B (ihf) AE000182
836759 - 836885 ybiC - ybiJ Y S Z2 s Y AE000182
844832 - 844955 f786 - glnQ B Y L Z1 AE000183
856816 - 856958 o530 - f421 A Z1 L Y B (ihf) AE000184
863557 - 863594 fsa  - moeB Y AE000184/85
881158 - 881192 dacC - deoR Z1 AE000186
898896 - 899039 o375 - artJ B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats AE000187/88
899971 - 900059 artJ - artM Y l Z2 AE000188
936446 - 936485 ftsK - lolA Z2 AE000191
983561 - 983704 o215 - aspC B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats AE000195
1039765 - 1039804 appB - appA Z2 AE000200
1041207 - 1041244 appA - yccC Y AE000200
1061629 - 1061766 torD - yccD Z2 l Y S Z2 AE000201/02
1067554 - 1067697 o76  - f464 A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats AE000202
1080334 - 1080371 putP - o39 Y AE000203
1083902 - 1084013 ycdB - phoH Z2 S Y AE000203
1112637 - 1112740 mdoH - yceK Z1 L Y AE000206
1133786 - 1133930 flgF - flgG A Z1 L Y B AE000208
1145150 - 1145228 yceC - yceF Y l Z1 AE000209
1164961 - 1165037 o199 - ndh Y l Z1 AE000211
1166122 - 1166159 ndh  - ycfH Y AE000211
1179574 - 1179695 cobB - f262 Z1 L Y B (ihf) AE000212
1360504 - 1360536 ycjC - aldH Z1 AE000228
1364833 - 1364961 goaG - pspF Z1 S Y AE000228
1380888 - 1380967 ompG - ycjW Y > 2 < Z2 AE000230
1408954 - 1408994 dbpA - f311 Z2 AE000232
1532904 - 1532984 o281 - yddE Y S Z1 AE000243
1550072 - 1550392 fdnI - f120 B Y L Z1 A - direct repeats - B Y L Z1 A AE000244
1689425 - 1689567 o502 - gusC A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats AE000257
1733984 - 1734102 sodB - f389 A Z1 S Y B AE000261
1814185 - 1814329 katE - ydjC B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats AE000268
1814365 - 1814401  katE - ydjC Y AE000268
1821331 - 1821475 nadE - o295 A Z1 L Y B (ihf) AE000269
1841745 - 1841843 gdhA - f387 Z1 L Y AE000271
1927944 - 1928033 yebE - yebF Z2 S Y AE000278
1937119 - 1937221 pykA - msbB Y L Z1 AE000279
1942240 - 1942374 yebI - ruvB Y S Z2 l Y AE000280
1952432 - 1952576 o323 - torZ (bisZ) B Y L Z1 A (ihf) AE000280/81
1964343 - 1964411 flhB - cheZ Y > < Z2 AE000282
1999969 - 2000111 fliA - fliC B Y L Z1 A (ihf) AE000285
2039171 - 2039208 o211 - o216 Y AE000288
2116484 - 2116676 wcaK - walX Z2 S Y s Z2 S Y AE000295
2131451 - 2131488 wcaA - f732 Y AE000295
2137721 - 2137761 yegH - asmA Z2 AE000296
2144619 - 2144708 yegE - alkA Z2 S Y AE000296/97
2163038 - 2163075 baeR - o123 Y AE000297
2167669 - 2167706 o299 - gatR Y AE000298
2175427 - 2175505 gatY - dhnA Z2 s Y AE000299
2217642 - 2217679 yehZ - bglX Y AE000302
2224403 - 2224490 yohD - yohF Y l Z2 AE000303
2230753 - 2230790 cdd  - sanA Y AE000303
2234499 - 2234704 yeiA - mglC Z1 l Y L Z2 l Y AE000303/04
2250812 - 2250909 yeiI - yeiJ Z2 > 24 < Z1 AE000305
2254055 - 2254095 yeiL - yeiM Z2 AE000305
2280906 - 2280943 rplY - yejK Y AE000308
2289198 - 2289341 narP - ccmH A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats AE000309
2302436 - 2303091 eco  - mqo Y<14>Z2>21<Y<14>Z2>21<Y<14>Z2>21<Y<14>Z2>21<Y<14>Z2>21<Y<14>Z2 AE000310
2314853 - 2315051 rcsB - rcsC Z2 l Y L Z2 l Y AE000310/11
2338103 - 2338189 ubiG - yfaL Z2 S Y AE000313
2345177 - 2345383 nrdA - nrdB Y S Z2 s Y S Z2 Y AE000313
2346798 - 2346837 yfaE - inaA Z2 AE000313
2391148 - 2391187 nuoM - nuoL Z2 AE000317
2428946 - 2429035 cvpA - dedD Y S Z2 AE000320
2438360 - 2438399 f392 - fabB Z2 AE000321
2441806 - 2441891 o688 - f92 Y > 7 < Z2 AE000321
2509369 - 2509462 o108 - mntH Z2 S Y AE000327
2519555 - 2519587 lysV - xapR Z1 AE000328
2536532 - 2536675 o244 - cysM B Y L Z1 A (ihf) AE000329
2537624 - 2537663 cysM - cysA Z2 AE000329
2547463 - 2547606 o463 - f308 A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats AE000330
2566156 - 2566344 eutH - eutG Y S Z2 l Y S Z2 AE000332
2579665 - 2579737 tktB - f347 UP':: Z2::'UP AE000333
2590997 - 2591081 dapE - f240 Y l Z2 AE000334
2595702 - 2595739 purC - nlpB Y AE000334
2615985 - 2616083 o119 - f248 Z2 >20< Y AE000336
2652987 - 2653089 sseB - pepB Z1 L Y (ihf) AE000339
2660326 - 2660597 iscR - f246 Y S Z2 s Y S Z2 s Y S Z2 AE000339
2671793 - 2671830 o164 - f290 Y AE000340
2682114 - 2682257 o399 - glyA A Z1 L Y B (ihf) AE000341
2712280 - 2712423 srmB - yfiE A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats AE000344
2723995 - 2724032 kgtP - rrfG Z2 AE000345
2792046 - 2792126 gabT - gabP Z2 > 4 < Y AE000351
2806150 - 2806236 proX - o88 Y l Z2 AE000352
2826581 - 2826613 srlD - gutM Z1 AE000354
2833087 - 2833174 ygbD - hypF Z2 S Y AE000355
2835483 - 2835517 hypF - hydN UP AE000355
2840443 - 2840548 ascB - hycI Y S Z1 A AE000355/56
2886354 - 2886394 cysH - cysI Z2 AE000360
2892830 - 2892898 o191 - f297 Y s Z2 AE000360
2915888 - 2916027 barA - gudD B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats AE000362
2929836 - 2929873 exo  - fucO Y AE000363
2943015 - 2943052 o147 - f268 Y AE000364
2943895 - 2944037 f268 - mltA A Z1 L Y B - direct repeats AE000364/65
2948605 - 2948653 argA - recD Y AE000365
3010455 - 3010598 o310 - f541 B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats AE000370/71
3040338 - 3040496 o326 - f219 Z2 L Y l Z2 AE000373
3068001 - 3068143 yggB - fda B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats AE000375/76
3080708 - 3080858 yggG - speB Y r Z2 S Y(r) AE000377
3085923 - 3085959 metK - galP Y AE000377
3091982 - 3092112 yqgF - yggR Y S Z2 < 9 < Z1 AE000377/78
3096429 - 3096556 yggW - yggM Y S Z2 s Y AE000378
3099691 - 3099814 yggN - yggL B Y S Z1 A AE000378
3112392 - 3112563 f310 - f848 Y L Z1 r Y AE000379/80
3137635 - 3137719 o304 - hybG Y l Z2 AE000382
3148610 - 3148826 o294 - exbD Y L Z1 l Y L Z1 (ihf - ihf) AE000383
3200782 - 3200910 cca  - bacA Y S Z2 s Y AE000387
3212532 - 3212568 rpoD - f168 Y AE000388
3214283 - 3214320 f254 - o207 Y AE000389
3215072 - 3215166 o207 - air Y S Z2 AE000389
3228890 - 3229178 ygjK - ygjL Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 AE000390
3232276 - 3232367 ygjN - ygjO Z2 S Y AE000390
3249682 - 3249825 yqjG - yhaH B Y L Z1 A (ihf) AE000392
3252854 - 3252962 yhaL - yhaM Y L Z2 AE000392
3267340 - 3267482 yhaC - rnpB A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats AE000394
3279340 - 3279427 agaA - agaS Z2 S Y AE000394
3294637 - 3294726 yraP - yraQ Z2 S Y AE000396
3302144 - 3302176 yhbW - mtr Z1 AE000397
3310892 - 3310968 rbfA - infB Z2 s Y AE000397
3328078 - 3328222 dacB - yhbZ B Y L Z1 A (ihf) AE000399
3334561 - 3334598 yrbA - yrbB Y AE000399
3389708 - 3390020 tldD - yhdP Y S Z2 s Y S Z2 s Y S Z2 s Y AE000403
3486539 - 3486576 yhfK - argD Y AE000411
3502423 - 3502543 yhfR - yhfS Z2 - 24 - boxC > AE000413
3510126 - 3510261 yhfZ - trpS A Z1 > 25 < Y B AE000414
3523080 - 3523216 mrcA - yrfE B Y L Z1 AE000415
3537383 - 3537418 yhgF - feoA Y AE000416
3543855 - 3543894 yhgI - gntT Z2 AE000417
3545517 - 3545381 gntT - malQ Y S Z2 AE000417
3561192 - 3561335 glpD - yzgL A Z1 L Y B (ihf) AE000418/19
3588561 - 3588593 ugpA - ugpB Z1 AE000421
3590172 - 3590316 ugpB - livF B Y L Z1 A (ihf) AE000421
3596005 - 3596150 yhhK - livJ A Z1 L Y B AE000422
3623204 - 3623304 yhhI - yhhJ 'Y L Z1 (ihf) RhsB junction (IRR) AE000424
3636816 - 3636959 pitA - uspB B Y L Z1 A (ihf) - direct repeats AE000425
3648319 - 3648464 arsC - yhiS B Z2 L Z1 A AE000426
3672008 - 3672106 yhjD - yhjE Y > 21 < Z2 AE000428
3673728 - 3673870 yhjE - yhjG Z1 L Y B (ihf)  AE000429
3677992 - 3678029 kdgK - yhjJ Y AE000429
3703569 - 3703712 dppB - dppA B Y L Z1 A (ihf) AE000431
3705900 - 3705987 dppA - proK Y l Z2 AE000432
3733782 - 3733954 xylR - bax Z2 l Y - 48 - Z2 AE000434
3738571 - 3738713 avtA - yiaI Z1 L Y B (ihf) AE000434/35
3752467 - 3752574 yiaW - aldB B Y S Z2 AE000436
3771820 - 3772007 mtlA - mtlD < boxC' - Z1 L Y - <'boxC (ihf) - direct repeats AE000438
3774690 - 3774727 yibL - lldP Y AE000438
3779320 - 3779356 yibK - cysE Y AE000438
3824962 - 3825046 recG - gltS Z1 AE000442
3839480 - 3839576 yicM - yicN Y AE000444
3851336 - 3851375 ivbL - emrD Z2 AE000445
3875211 - 3875314 f135 - gyrB Y L Z1 (ihf) AE000447
3884406 - 3884438 yidC - thdF Z1 AE000447
3906012 - 3906166 pstB - pstA Z1 Y - < boxC AE000449
3908068 - 3908106 pstC - pstS Y AE000449
3954502 - 3954535 ilvA - ilvY Z1 AE000453
3960314 - 3960353 rep  - gppA Z2 AE000454
3981830 - 3981939 aslA - aslB Y L Z2 (ihf) AE000456
3997760 - 3997868 uvrD - yigI Y L Z2 (ihf)  AE000457
4006003 - 4006040 rhtC - rhtB Y AE000458
4024909 - 4025195 fre - fadA Z2 S Y l Z2 S Y l Z2 S Y AE000460
4038441 - 4038480 rrfA - mobB Z2 AE000461
4047610 - 4047642 spf  - yihA Z1 AE000461
4051109 - 4051194 hemN - glnG Y l Z2 AE000462
4054048 - 4054138 glnL - glnA Y S Z2 AE000462
4061095 - 4061175 yihN - yihO Z1 S Y AE000463
4077577 - 4077720 yiiF - fdhE B Y L Z1 A (ihf) AE000464
4091896 - 4092301 rhaD - rhaA Y s Z2 S Y s Z2 S Y s Z2 S Y s Z2 S Y AE000465
4101087 - 4101172 yiiM - cpxA Z2 l Y AE000466
4106128 - 4106271 pfkA - sbp A Z1 L Y B (ihf) - direct repeats AE000466
4113254 - 4113293 glpX - glpK Y AE000467
4125509 - 4125631 yiiX - metJ B Y L Z1 (ihf) AE000467
4129926 - 4129963 metL - metF Y AE000468
4135366 - 4135469 yijF - gldA Y L Z1 (ihf) - direct repeats AE000468
4146006 - 4146093 yijO - yijP Y S Z2 AE000469
4150925 - 4151272 ppc  - argE Z2 r Y> 20 <Z2 r Y> 20 <Z2 r Y AE000469/70
4216014 - 4216150 aceA - aceK Y l Z2 S Y AE000474
4226954 - 4226994 yjbB - pepE Z2 Y* AE000475
4232998 - 4233077 pgi  - yjbE Y s Z2 AE000476
4237733 - 4237773 yjbH - yjbA Z2 AE000476
4242670 - 4242799 malF - malE Y s Z2 S Y AE000476
4246899 - 4247027 lamB - malM Y s Z2 S Y AE000476
4251508 - 4251612 ubiA - plsB Y* Z1 L Y AE000477
4264446 - 4264534 alr  - tyrB Y L (ihf) AE000478
4282880 - 4282958 yjcH - acs Y s Z2 AE000480
4293411 - 4294014 gltP - yjcO Z2 L Y s Z2 L Y s Z2 L Y s Z2 L Y s Z2 L Y s Z2 AE000481
4308590 - 4308677 yjcW - yjcX Z1 S Y AE000482
4315492 - 4315580 phnL - phnK Z2 S Y AE000482
4320823 - 4320911 phnE - phnD Y l Z2 AE000482
4323379 - 4323963 phnB - phnA Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y S Z2 l Y AE000483
4329593 - 4329627 proP - basS Z2 AE000483
4342371 - 4342510 melB - yjdF A Z1 L Y B AE000484
4370751 - 4370896 o128 - yjeJ A Z1 L Y B (ihf) AE000487
4372053 - 4375198 yjeJ - yjeK B Y L Z1 A - direct repeats AE000487
4406708 - 4406831 vacB - yjfH B Y L Z1 (ihf) AE000490
4413535 - 4413572 aidB - yjfN (Z S) Y AE000490
4432071 - 4432189 o156 - cpdB Z1 S Z2 s Y AE000492
4438947 - 4439090 ytfL - msrA A Z1 L Y B (ihf) AE000493
4448520 - 4448604 ytfQ - ytfR Y l Z2 AE000494
4454758 - 4454843 mpl  - yjgA Y l Z2 AE000494
4457986 - 4458075 nrdG - nrdD Z2 S Y AE000495
4467932 - 4468065 mgtA - yjgF B Y> 23 <Z1 A (ihf) - direct repeats AE000495
4476501 - 4476558 yjgD - f97 Y B AE000496
4481898 - 4481987 holC - xerB Z2 S Y AE000496
4486072 - 4486111 yjgQ - yjgR Z2 AE000497
4547350 - 4547464 fimH - gntP Z2 - 7 - D - boxC> AE000502
4552073 - 4552110 uxuB - uxuR Y AE000503
4567492 - 4567636 yjiQ - yjiR A Z1 L Y B AE000504
4585439 - 4585473 mrr  - yjiA Y AE000506
4604124 - 4604221 leuQ - rsmC Z2 >20< Y AE000507
4611825 - 4612214 yjjV - yjjW Y l Z2 S Y l Z2 S Y l Z2 S Y l Z2 AE000508
4615683 - 4615763 deoC - deoA Z1 S Y AE000508
4626263 - 4626416 nadR - yjjK Y l Z2 L Y AE000509
4630659 - 4630802 trpR - yjjX Z1 l Y L Z2 AE000509



BIMEs from other E. coli strains

Strain Flanking genes Structure Accession number
ECOR 39 replacement of rhsD Z1 L Y l Z2 S Y (ihf) X60997
ECOR 45 rhsF B Y L Z1 (ihf) AF044502
E. coli W hpaF-hapH Z1> 18 <Y Z37980
E. coli W hpaI-hapX Z1 S Y - 14 bp- <Y Z37980

Back to the table of contents.

Please send questions and comments to Sophie.Bachellier@pasteur.fr.