S. typhimurium sdhA - ratC sequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.

TTA CCA GTT ATA GCG CAG ATT GAG GCT ACC GTT CAG ATC GCC AAA GTC ATT

GCT GCC AGT CTG CCC GGC AAC CTG AGC GCG AAC GCT CCA CTG CTT ATC GAT

ATC TGC CTG CAG ACC CAC TTT CAG CTC CGC ACG GTT AGC CGG AAG ATC CTG

TTT CAC CGT AGC ATC ATC AAA CGA TAC CGA CAC ATC ATC GCT GGT GTG CAG

CCA GTT AGC TTC AGC AAA CGG CTG GAT AAC CGT ACG GCT GCC TTT GTA CAG

CTT GCC GTC AAC ACG CAG ACC CAG ACG CGT TGT CCA ACT GTC GCC ATC CTG

ACC ATC GAT CCG GGT GCC GTA GTT ATC CTT CAC GCT ATC CGC TGA GTA ATT

CTG CCA GAC AAC CTG CGC CTG CGG CGT CAG ACT GAC AGT ATT ACC GTT GCT

AAG CGC AAT ATC GTA GCG ATA ACC AGT TTC CAG CGA GAC GGC GTT AGC GGT

TGA ATC ATA AGA TTC AGA TCC CGC ATC ACC GCT CTC TAC GCT GTT GTT GTA

GAA ACC ATA TTG GTA CCA GCT GTC GAC ATA CGC GCC GCT ATG CGT TTG GGC

ATC GGC AAA CCA GGT GGC ATA GAC GCC AAG GTT GTA GCC GTC TAC GTT GCC

GCT ACT GGT GAA CTG GCT ACC GTC TGC GCC ACG GTT ACC GGT GCT GTC GGT

ATC GGC GTT GAT GTA GCT CGC CAT GAC GCC AAC GGT AAC GCT CTG CTG GCC

GTT ACC CCA GGC CAG AAT GTC GCC GCC TAA CTG GAA CTG GGA GTA GTT GCT

GTC CAT ATC GAT ATT GCC GCT GAC AGC CTC GGA TTC CGC TTT ACC CGC TTT

GAA GCG CGC CCA TAC GCT GCC ATC GGC ATT ACG ATA CTG GCT GCC CTC GCG

GTC ATA GAG GGT CTG CAT TTG CAG GTT GCG CGC CAT CCA CTG GTT GCC CAT

GTA CGC GCC GAT ATC CGC ACG GTA CTG CGG TGC GAC ATC GCC GCC GTG GTC

CGG AGG CGT GAC ATC GCC GCC GTC GCC GCC GTC GTC CGG AGG CGT GAC ATT

ACC GCC ATC GCC GCC GTC GTC CGG AGG CGT GAC ATT ACC GCC ATC GTC ACC

GCC ATC CGA AGG CGT GTC ATC ACC GCC GCT GTC GTC ATC ATC AGA CTG TGC

TTT TGA CGC CAG ATA CCA GTC GTT GTC ACT TTC ATT CCA GTA CAG ACG GTA

GGT ATA CAG ACC GGC GTT AAC CTC ATT TTT TAG CTC AAA CGC ATC GCT GGT

CGA TAC GCC GCC AAC ATC CAC CAC TTC GAT ACC GTT AGT GGT CTG TGC TCC

ATC GCC GAT GCC GTT GAT GTA CAG ATC GGT GGT GCC GGA AGC ATC GCC GGT

AAT GAC CAA CTT ATC GGT TGC CGA ATC ATC GTC GCC CAG GAC GGT ATT CAG

GTA AAG CGA GCC GCC GTT GCC GGT GTA ATT GCC ATC GAC ATA AAG CGT ATT

GCC AGG CGT GCT GGA GCT GCT ACC ACT GGT CAT TGT CCC CAT GTT GAT CAG

ATC GCC ATT GAA GGT GAA GAT AGC GCC TGT TTC CTC GCT GTT GCC GAA GAC

CAG CGT CCC TTC GTT GGT CAC CTT ACC GTT AAC GGT CGT ACC ATT GCT GCC

GCC GAA GGT CGC CCC GGA GGC GAC GTT CAC CGC CTG CTG GCT GCC CAT CTC

GCC AAT CGA GCC GTC TCC GGA CAG CCA TAG CGT GCC TTC CTG TAC GTT GGT

ATC GCC GCT ATA AGT GTT CGC GCC GCT CAG CGT CAG TTT ACC CGC GCC CAG

TTT GGT CAG CGA TTT ACC GTC CCA GTC GCC GTT GCC GGT TTT ATC GCC CAG

TAC GCT GGT GAC TTC AAA ACT GTC GCC TGC GCC CAG GGT AAA CGT GCC GTG

TGC TGG CGT CGC TGA CGT GGC GGT CGC ATT CCA GCT CAG CCC TTC GGT AAG

CAG ATA TTC TGA CGC ATC TTC AGG ATT GAT TGT CCC GGT TAC GGT CAG ATA

GTC CGG CTT GTC AGT GAG GTT CAT CGT CAG GCT GGT AAA GTC GCC GCT GAT

ATC GCT GGT CAT ATC CAT CAG TTT AAA GGA CTG GAA CTC CGC GTC GGA GGC

GCG CGC TTG CAG GCT GGC GTC GCT GAC GAC CAA ATC GCC GCC AAG CGT GGC

GCT GCT GCC GGT AAT CAG CGG TTG CAC TGA GTC ACT ATT CAG CTC AAC GTT

CAG CGT ACT GCC ATC TTG CTG AAT TAA CGC GCT GTC GCC GAG ATC CAA CGA

GGT GCC GAG CGC CAG TTG GGT CGT CGC GCC GCT ATG AGT GGT GAT GCC GCC

CAC CGC GCT GAC TTC ACC GTC TGC GTC CAG CAC CAG CGT GGC ATT ATT GTC

TAC CAG ACC GGT GCC CAG CGC CGT CGT ACT GGC GGC GAC CAG CGT ACC TTC

ATT GAT GGT GGT GCC GCC GCT GTA GTC GTT GTC GCC AGA GAG GAT CAG CGT

GCC TGC GCC TTC TTT GGT CAG CGA TTT ACC GTC CCA TCT GCT ACC CGG ATC

CAG CGT ATC GTC AAC GTC TGT CAG TGT AGC CGC AAC GTT AAA GCT GCC GTC

AGG GTC GCT CAG GGT AAA GGT GCC GTG GGC GTC GGT AGT GGC GTT GTC TCT

GTC CGC ATA CCA GGA GAG GGA GGC CGT CAG ATC ATA GTG GGT GTT GTC TGC

TTC ATC GAC TTT TCC GTC GAT AGT CAG GAA GTC AAC ATC TTC TCT ATT CAT

TCC CGC GAC GGT CAG ATC GTC GAA ATC GGT CGT AAT GGC GCT GTC GCT GCC

AAT CAG CGT GTA TGT GTA TGC CTC AGG CGT CCA GCT GTC TGT AAC GCT GCC

AAT GCC GGT AAC ATT CAG CGT GCC GCC CAG CGC GAC GCT GTC GGC GGT AAT

CAC GGC GTC GTC GGT GGC CGC GCC GAG GTC AAT ACT TAG CGT ACT GCC GTC

TTC CTG GGT GAA CTG GCC CGC GTC AAG GGT GCT GCC CGC TGC CAG CGC GGT

AGT GGC GCC GCT ATG GGT GGT GAC GTT CGC AAG CTC AAA TGC GCC GTT GGC

ATC CAG TAT CAG CGT ACC GCT GTT GTC GAT ATT GCC GCT GCC CAG CGC GTT

GAC GTT GGC GGC AAT CAG CGT GCC GTC AGT GAT AGT GGT GGC GCC GGA ATA

GCT GTT GTC GCC GCC TAA CGT CAG CTC GCC GGT ACC GGT TTT GAC CAG CGA

ACC GCT GCC GGA AAG CGT ATT TTC CAG CTC GCC CTC ACC GAC CTG AAG CAC

ACC GCT GTT GGC AAC AGC TCC GGT ACC CAG CGA ATC CGC ATG GTC AGC CGT

CAG CGT ACC GCC GAT AAT GGT GGT GCC GCC GGA GTA ACT GTT ATC GCC GCT

TAA CGT CAG TTC GCC CGT ACC GGT TTT GAC CAG CGA ACC GCT GCC GGA AAG

CGT ATT TTC CAG CTC GCC CTC GCC GAC CTG AAG CAC ACC GCT GTT GGC AAC

AGC TCC GGT ACC CAG CGA ATC CGC ATG GTC AGC CGT CAG CGT ACC GCC GAT

AAT GGT GGT GCC GCC GGA GTA ACT GTT ATC GCC GCT TAA CGT CAG TTC GCC

CGT ACC GGT TTT GAC CAG CGA ACC GCT GCC GGA AAG CGT ATT TTC CAG CTC

GCC CTC GCC GAC CTG AAG CAC GCC GCT GTT GGC AAC AGC TCC GGT ACC CAG

CGA ATC CGC ATG GTC AGC CGT CAG CGT ACC GCC GAT AAT GGT GGT GCC GCC

GGA GTA ATC GTT GCC GCC GCT TAA CGT CAG CTC GCC GGT ACC GGT TTT CAC

CAG CGA ACC GCT GCC GGA AAG CGT ATT TTC CAG ATC GCC TTC GCC CAC CTT

AAG CAC GCC GCT GTT ATC GAT ATC GCC GCT GCC CAG CGA ATC CGC ATG GTC

AGC CGT CAG CGT ACC GCC GGT AAT GGT GGT GCC GCC GGA GTA AGT GTT GTC

GCC GCT TAG CGT CAG TTC GCC TGT GCC GGT TTT CAC CAG CGA GCC GCT GCC

GGA AAG GAT GTT TTC CAG CTC GCC TTC GCC CAC CTT AAG CAC GCC GCT GTT

GTC GAT ATC GCC GCT GCC CAG CGA ATC CGC ATG GTC AGC CGT CAG CGT ACC

GCC GGA AAT AGT GGT GCC GCC GCT GTA GTT GTT ATC GCC GGT CAC GAT CAG

CTC ATC GCT ACC GCT TTT GAC AAT TTG GCC CTC GCC GGT CAC GTT GTT ATC

CAG CGT GCC CTG GCT CAG CGC AAG CGT TGC GCT TTC TGC AAT CGT CAC ATC

GCC AGT GCC GAG CGC GGC GGC GTC TTT GGC GGC CAG AAT GCC GCC GTC AAT

TTC AGT ATC GCC GTA GTC GTT GCC GGT GTT GCT GAG GAT CAG CGT GCC GTC

GCC TTG TTT GGT TAG CTT GCT GCC GTT CCA GTT GGA GGT CGC CGT GGT TTC

GTC CAG TTC GCT GGT GAC GGT AAA GGT ACT GCC TGC ATC AAC GGT AAA AGT

GCC ATG CGC AGC GCG CGC AGA ATT TGC GCC CGC GTA CCA ACT CAA GCC CGT

AGA CAA CTC GTA GTT GGT ATT ATC ATT CGC ATC AAC GCC CGC GTT GAT CGT

CAG ATA ATC CGG CAT AGC GGA GGT GTC AGC ATC CAG TGT TAC GCT GTC AAA

ATC GGT AGT GAT TGC AGT TTG CGA ATC AAT CAG CGT GAT CGA TCC AAA GTG

TTC GTC GGT TTC GGG CGC GAC AAA GGT GGC CGT TGA GCT AAG GTT CAG CGT

CCC GTC CAG CGT GAC GTT GGC GGC TTT GAT AAT TGG CGC GCT GTT GGC GGT

ATC CAG CGT CGC GTT TAT CTG GCT GCC GTC CTG CAA GGT CAG GGT ATT GTC

CAC CGT CAG CAG CGT ACC TGT CGA ACC GCT CGC GTT GCC CAG CGT AAT ATC

GCC GTC GTT GGT CAG ATT GCC GAC GGT TGA CGG GTC GGT CAT GTT CCA CTG

GCT GGT GTC GTC GAG CGA CAG CGT AGT AAA CAT CGC ATC TAC ACT ACC GGT

TAA CGT GGA CCC CTG GCT TAA AGA GAG CGA TGA CGA TGA CGC GTC AGT CTG

GAC AAT GTT GCC GGT CAG CAT CGT TTT TTC GGC CTG AAT AGT CGC TTT GCT

GCC TAA TTT GAT CGC GGT CGG CGC CGT AAA GGT GCT GTT GGT GAG CTC AAT

GGG GTC GTT AAT GGT CGT GCT GCC ATC AAT GTT CAG TGC GAC AGT TTT TGA

GGT GAC GTT TGC GTC GCT GAC CGT CAG CGC GTT GAG ATC CTC ATA CCC GTC

GAG TTT TCT TTT GCT GGT TAT AAA GAT ACC GTC GCC GTC GGC GTT GAT GGT

GGC GCC GTC GAT CCT GGC GTC CGA CGC CAG AAT ATA CAC GCC CGT ACC GGC

AGA GGT AAT GTT GCC GCC TGT AAT ATC CAG GGT AGT GGC GTT ATT GGC CTG

TAC CGC CGC GCC GCT GGC ATT GGT ATG TGT TAT GGT CGC GTT GGT GAG ATT

AAG AGC GGC CTT ATT GGT ACC CTG GAT GGT GCT CAT CGT ACC TGC AGA GCT

GAC CGA GCT ATC AGA CAG GTT CAG GGT GGA ACC CTC GTC TGT CGC GGT GTT

TCC GGC AAC AAC GTT TAT CTG GCC TTG CGC CAG GGT GAT TGT GCT ACC GTC

CAG CAC GTT CAG CGT ACT GCC TTG TTG CAC CTG CGC GCT GCT GCT GTT AGC

TGC CTC AAC GAT GGT ACC GTC CAG CGT TGC TTC TGA ACC CGT ATA CAA CGT

CAT TAC GCC GAA ATT GCC GTC AAT CGT TAG CGT ACT GTC TGT TAA CCT CAG

TGT GCT GCC ATC CGC TGC GGA AAT ACC CTG GGT ATA AAT ACC CGT AGT GGT

TAT CTT CGC GTC GGT AAG CTC AAG GAT AGC GTA ATG ATC CAG CGA AAT GGC

GTT GGA AAC ATA CTT ACC GCC ATC CGG ATC ATC AGC CCC GCC TCC GCT TGT

TTC AAT GAC GAG CCC CGT CCC TGT GAC CGT GGT GGG CTG CCA GCC GAC GGT

GGC GAC ACC CGA GAC ATA TAG CGC CGC GCC TTC ATC GGT GCC CGA ATA GCT

TAT CGG CGG CGT TGA CGC ATC CAG AAC GTG GGG CTG CGC ATC AGC ATA TGA

TAC CTG ATT ATC GGC CAT

AGCCAGCGGGCTGAAAAATCCGAGCGCCGCAGCCACGGCGCAAGCCAGCGCCGCGCGCGTT

GCTTTTATTATTTGTCCATATTCGGACTTTTGGTTTGGAGAATGGGTTTCACTCGCGCATA

CTTGCGCTTTAACTTTGCTGTGGCCTCACGCCAGTTCTGAAGCCACGACATACATATTTCG

CACGGCGCTCCAGACAATACTGTAAGTCCTGTTCAATTTTTAAATTTCCCTTTAATAACGT

TCACGAAGCAAACTGGATTTTGATTGGGCTGCAAATAGCCTTTAAATGCTACATTATCAAT

GAGTTAAATAATAAATAACAAAAATACAGCTCTATGAATGGTTGCAATCACCTGAAACAAT

ATATTATCCAAGCCCAAATTATTAACTAATTTCAAGGCTTATTTCAATGCCAGGTCAATTT

CTGGTTGATTTATAATTGATATAAATACATTCATCCATTTAATAAATATTTATATCGTGAA

TAACATTTAATAACTTCATATATTGAAATAAATAAATGCGTGAAACAAAAAGGTGTGATTA

TCATGCGACACCTGGCGTTATTTTAAATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGC

TGCGTTCCCTCACCCCAGTCACTTACTTTAGTAAGCTCCCGGGGATTCGCTCGCTTGCCGC

CTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATACGTAGCGCCAGATGCCGGGTTGCAGAAGG

AGACGGCGCTTTTACACACGCGTGGCAAACGGTGGTGACGCCAATTAGCAGAACATATACT

TTTCAATGAATGCTACTTTCACTTTTTCATGAAGCTCAATTGAACGTGAAAAGCAGATTAT

TTTCGTGCCAGACGCATAATACG

TTA CTC CAC GCA CGT CGC ATA ACC CGC TGA GCC TGC CGG CTT AAT GGC GCA

GTT TTG ACT CTT GGT ATT CTC ATC TAC GCC GCA ATA CAT GCC GCC GCT TGA

GGT TGA TTT AGA TAA ATA GGG ATA GCC CTG CGT CGG CCA GCC TAA CGA GCT

AAT TGA ATG ATA CAG CGT CAA CAG GTC GTT ATT ATC CGG TGC TTT GCT AAG

GCT ACC GCA CTG TTT GGC AAT ATC CCA TTT CGT GTT GTC CAC CGT ATG CGC

CAT CGC CCA GTA CTC GTT ATT TGC ATG CAC TCC GTT GGT AAA TAC TGG CGT

TAC GCC TGA CAG CAT CTC AGC CTG AAG CCA CGG ACG ATG CAG CGT TTT TCC

GTT GAC GGA TGT CGT ATC CGA CAT ATT TCC CCA GAA CAA CGC TTT ATC CGT

ATC CGG GCT GGT AAG TAC CAT AAA AAT CAC ATC CAG CGA TGC GTG AAG AGT

CGT ATT GTC CGT CAC TTT CAC CGT GAG TGG CGT TTT CAA CCC CAG GCT TTT

ATC CTG ATT AAG CGT AAA CGT TGC CGT ACC GTC GCT GCC GGT AGT GCC GGT

AAA GAC AAT CCC GGT GGT GGT CAT ACT TTG GCT GGC GCT TGC GGG AGT CAG

CTC TTT AAG CAT GAG ATC GTC TGC TCC GGC ATC CGC TGC CAC GTC GCC ATC

CGT TAT CAC CAT ACC TGC CCG ATT TTT CGA ATC GCC ACG TGA CAA CGT AAA

ACC GAC GTT GGC GAC CGG GTT ACC GCT GCT ATC TTT TAC CGT CAC CGT TAA

CGG CAT CGC GCT TCC CTT CGC CAC TAC CGC CGC ATT TTT CGC GCT GTC CAT

CGC CGT CGA GGT CAG CGT AAT ACT GGC AGG AGT AGA AGT ACG CGG CTC GAC

CAG ACA CAC CTG AGC GCC GGT GGC AGT CGA TGA ACT GGC GGT GCC CTT ACC

GCC GCT ATT CAG GTT TAT AAA TTG GTA ATA TCC GGT ATT CGG CGC ACG ATC

CGC CGC CCA CCA GGA TTT GTT CCC CGC CAC CGG CCA GCC GTA ATT TGT ACC

GAT TGC GCC GTT AGG ATT GTC GCT ATA CAA CGT TTG CAG ATC GCC CGA CAA

CGG CTG GTA TTC CGC ATC ACA GCC GGT TGC GCC CGC TTT TTC AGT GTT CGC

TGC GGT GAC TAA GGG CCA TGT TTC ATT GTT AAC CAG GTA AGT ACC GCT ATT

CGA CGT CAT CTC CGC CGC CAG CAG CGG ACG CCG GAA CTT CAC GCC CGC GCT

GTT GGT TAC GGT TTC CGG CAT GTG TCC CCA GTA TTT AGC TTT ATC ACT GTC

CGG GCT GGT AAT GAC GGT GAA AAT GAC GTC CAT ATC GCT AAC TGT CAG CGG

ATC GTC GAC AAG CAT CGC CTG TAG CGG TGT TCT CAG GCC ACG GGA ATC ATC

CTG CGT CAC TTC GAG TTG CGC TTT ACC ATC CTC ATC CGT AAT GCC ATA CCA

ATA ACT TGT GCA CGA AGA TAC CGT GCA GTT AAA CGT CAT

Back to the table of contents

Please send questions and comments to Sophie.Bachellier@pasteur.fr.

S. typhimurium sdhA - ratC sequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured : BOCEs and boxC, BIMEs and PUs , IRUs, RSAs and 29 bp repeats.

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.