hsdM - hsdRsequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.

TCA TTC CTT CAC CCC ACC AAA CGC TTC TTC CAG CAA CTG ACG CTG CAA ATC

GGC CTC ATC GCT CGC CCC CAG TTC ACG CAT CAG CGC ATC CAG TTC AGA CAG

CGC CTG TAC CAG TTC GCC CAT CGC TTC TGC CGC TAA TAC ATC CGG CTC CGG

CAG GCT GTC GGC ATC AAT ACT GTC TTT ATC TTT CAG CCA GGA GAT ATC CAG

CGA ATC GGA TTT TGC GGT GCG GAT CCA CTC ACG GCT GAA CTT GCG CCA GCG

GCT GGT AGC AAG ATG CTG GTC GGT GTT TTT GTT CTC TTC GCT GTC GGC AAC

TTC CGT CTC TTC GGC GTT AAA ACT CCA TTC ACC TTC AGT GCG CGG GCT TAA

ACC GTG CGG GTC TTC GCC ATA CAC GCG CTC AAA CGG CTG CAA ATG CTC GTC

GGT AAA CGG TGT GCG CTT GCC GAA ACT CGG CAT ATT GGT ACG CAG GTC ATA

CAC CCA CAC ATC ATC GGT ACA GTT CTT ATC CTG ATT CGG GTT CGC CAC CGT

CCC TTT GGT AAA GAA CAG CAC GTT GGT CTT CAC GCC CTG AGC GTA AAA AAT

ACC GGT CGG CAG ACG CAG AAT GGT GTG CAG ATG ACA CTT ATC CAT CAG GTC

ACG ACG AAT GTC GGT GCC TTT GCC GCC TTC AAA CAG CAC GTT ATC CGG CAC

CAC CAC CGC CGC ACG ACC GCC GGG ATG CAG CGT TTC GAT AAT ATG CTG CAT

AAA GCA CAA CTG TTT GTT GCT GGT CGG GTG AAC AAA GGT GCG GGT AAT GTT

GGT GCC TGC GGC GCT GCC AAA CGG CGG GTT AGT GGC GAC AAT ATG CGC CTT

CGG CAG GTT TTC ACC GTC GCT ACC CAG AGT GTT GCC CAG ACG GAT TGC GCC

GCC GTG GTC GAG GTT GCC TTC AAT ATC GTG CAG CAG GCA GTT CAT CAG TGC

CAG ACG ACG GGT GCC GGG CAC CAG TTC GAG GCC GAT AAA CGC GCG GTG GAT

CTG GAA ATC CTG CGT GTC GCC ATC AAG GTC GTC CAG ATC ATT GGT TTG CGA

CTT AAC ATA GCG GTC GGC TTC AAT CAA AAA GCC CGC CGT ACC TGC CGC CGG

GTC CTG CAC CAC TTC ACG CGG CTG CGG TTT CAG CAG ATG AAT AAT GGT TTT

AAT CAG CGG ACG CGG GGT GAA GTA CTG GCC TGC ACC AGA CTT GGT TTC ATT

CGC GTT CTT CTG CAA CAG CCC TTC GTA CAT ATC GCC GAA GTC ATC GCG CGA

CTT ACC GTG CGC GCC GTT GTA CCA GTC CAG CGA ATC CAT ATT GCT GAC CAG

TGC GGT TAT TTG TTT CGG CTC GGT GAT GGT GGT ACT AAC ATT ATG AAA AAC

TGC CTG TAC CAG CTT TTT GTC ATC TTC GCC TAA ATG CAC GAG CAT TTT TCG

GTA GAA CTG CAA CTG CTC CTG GCC GAT GCG GGA TTT CAG GTC ATC CCA GCG

GTA ACC TTC CGG CAG GTA TTC CGC TTC CTG ACC GGT CTC TTT ACA CAT TTT

CAA AAA CAG CAG CGA GGC GAG TTC ATT GAC GTA GTT TTG ATA GGA AAC GCC

GCC ATC GCG CAG GTT GTC GCA CAG CTT CCA CAG CTT CGC GAC CAG ATC GTT

ATT GTT CAT

TGTGAGTTCCGTAAATTAAGCAGCGGCCCAAATTCATCGAGCCGCAGAAGAAGAAATTGCC

GAGGGTAATATACACAAAATCATTCAGGTTGCATCAAGGCGGCAAGTGAGTGAATCCCCGG

GAGCGTACAGAAGTACGTGACCGGGGTGAACGAGCGCAGCCAACGCAGAGGCAGCCTGAAG

GATGAAGTGTATACGTG

TCA GGC CAG CTC GTC CCA GAT ATA ATC GCT GAA TTT GCC CAG CAG GGT ATC

GAG ATT ATC GTC AAA GGT TCT TTG CAG CAT CGC CTT CCC GCC GCG ACG GTG

GAA GTT GCC GGT TTT GAA GAC ATC GTC GTC GAG CAC CAC TTT CTC TTT CAG

CGC CTG CGC TAA ACG ATC GAG CCA GCT TAA TTG CTC GCT GCT CCA GTC GTT

TTC GCC CTT AAT GCG CGT CAG CGC GTG ATC GAC ACG TTC CTC AAA CGG TTT

CAG CGC ATC GCC CAC CGC AGC GCG GCG AAT ATG ACC AAT CAG CCG GGC GGC

GAT ATC TTC ATT GCG CGT CTC TTT CCA TGC TTT GCG CAG GGA AGA TTC CTC

AAA GTG CTG GCG GTC AAA CCA CTC CTG TAG CTC GAC CAG CCC TTT ACG GGT

GAG ATC GCG CGG GCG ATT AAT AAC TGC CTG CAA TGC CGG TTG CGC GTT CGG

GGA ACG TTG CAC CAG CGA GTC AAA GGC TTC GAG GAA ATC CTG CGG CGT GTC

GTA ATC ACC GTA CAG CGA TTT TAC ACT CAC CAC TTC ATC GTC GAT ATC GAG

GAA GAT CGG CGC ATC ATT CAG GTT GTT GAT GTC CGT TTT CAG CTT TTC CAG

ACG GGC GAT AAA GCC AGG CAG TTT GTT AAA GAC TTC GGC GCT CCA GTG CGG

CCC TTT TTC CCG CAG GCG CGA GGC GAA GCC GTT AAA GTT CAC GCC CGC CGC

GTC CTG GCA TAG CTC ATC CAG ACG ACG CAC CTG TTT ATC TAT CGT TTC GCT

GCG GTC ACG GTT AAA CGT GGC CAG ACC GAT GAT ACG CTG GAG CTT CGC CAC

CAG TTG TTC ATG GCT GTG CTC GGC AAA ACT GCG GCC ATC CGC TTC GGT GAT

TTT ATA GGT TTC TGA ATC GGT AAT TTC ATT GAC CAG CGT TTG CAG TTC CAC

CTT CGG GCG CAC CAC CAC CGG ACG CAT GGT GTC GAC GCT CTC CAG CGT GCT

GTA GAT ATC GAC ACA GTC AAA AAT CTT AAA GCT GGT TTT ATT CAC CTC CGG

GCA TAA GCG CGT GGC GCG GCC TTT CAT CTG TTC GTA CAG AAT GCG GCT GCG

TAC TTT ACG CAG GAA CAC GAT ATT ACA GAT CGA CGG AAT ATC GAC GCC GGT

CGT CAG CAG GTC GAC GGT TAC CAC GAT ATT GGG CAG CCG CTC TTT ATT GAA

GCG GGT GAT CAT GGT CTG CAC TTT GCG CGC GTC TTT ATC GGC ATC ACC GGT

GAT CTT GAT GAT CGC GTC GTG CTC CAG TTG CGG ATA CTT TTT CTT GAA CGC

GGC ACG CAG CTC TTC CAC CAC CAT ATC GGC ATG GGC ATT GGT GAC GCA GAA

GAC CAG CGT TTT TTG CGA TCC GGT CGG GTC AAG ATA ATT GGT GAG TTC GTT

ACA GAC GGC GCG GTT AAA CGC CGG GAT CAC CAG GCC ACG GTT AAA GTC GGC

GAC TTC AAA ATC CTG ATC GTC TTC CAG GGT GTC ATT GAT CAC TTC TCC CTG

CGG GCT GAT GCG CTC TAC CTG CTC GCC TTT GGA GAG ATA AAC CCC CTC CTG

CGC GTT GCG GGT GAT GAT CTG AAT AGG CGG ATC CTG GTC GAT CAG AAA ACC

GTC GAT AAC CGC GGT ACG GTA GGT ATA ACG GTA AAC CGG CTC GCC GAA AAT

CTG CAC AGT ATG TAG CGC CGG GGT GGC GGT GAG AGC GAT TTT TAC CGC ATC

GAA GTG ATC GAG AAT GCG ACG GTA GGC AGA GAC GTA ATC CAG CTG GCT GCG

GAA CTG CAG TTC GCC TTC GGT CTG CTC TTT ATC GAG AAT ATA GCC GCG ATG

CGC TTC GTC AAC GAC GAT ACA GTC GTA ACG GGC CAC CGG CAT CGG TTC ATC

TGA TTG CAG GGT GCG TTT CAC CAG CGA CTG TAC GGT GGC AAC GTG AAT TTT

GGT GCT GTC TTC CGG GAA TTT ATC CGT CAG CCC TTT AAT GTC GAA AAT GCT

GTT GAA GGT GTC GCC GTT AAT ACG CGT ATC TTC AAA CGC GCC CAG CGC CTG

TTC GCC AAG AGA ACG GCG GTC GAC AAG GAA GAG AAT GCG TTT AAA ACG CTG

GGA CTG GAT CAG GCG GAA CAT CAT GGC GAT TGC CGT ACG GGT TTT ACC GGT

ACC GGT CGC CAT CGC CAG CAG GAT CTC TTG TTG CCC CTT GAC GAT TGC CTT

TTC AAC CGC GCG GAC GGC ATC TTC CTG ATA ATA ACG CAG GCC CAG CTC GCT

CAT GCC AGG GTT ATC GGC AAA CCA CTG ATT CTG TTT TTG CGG TTC GCT GCC

GAG CAT TTC CAG CAG CTC TTC CGG GCG GTG CCA CTC GGG TAA GGC TTT CGA

CAT ATT GCG GGT ATC ACG CAC GTC GCG ATA CCA GAT GCC GCT TTT GGT CTT

CAT TGT TGC GCG GTA TTC GCG CCC GTT GGT CGA GTA GCA GAA GGG GAT TTT

AAA CCG TTG TTT GCC GCT GGT GTC CTG CCA GCT GGT TTC ATA CTC TGG CAC

TGC TTC ATG CAC TTC ATC CGG TGA GTA GTG CTC AAG CAA GGT TTC CCG CAG

GAA GCC ATT ATC GAA ACA TTT ACT GTA GCG ATA CGA CTC ATT GAG CCT GGC

GGG AAC GTC GAT ATT GTT ACG TTT CGC CTC TAC CAC CGC GAT GGG TTT GAG

GCC GAC AAA CAG CAC ATA ATC CGC AAA GCC CTG ATT ACC CGT TTC ATC TTT

TCC GGT CGG CCA TTC GGC AAT GGC TTT ATT GAC GCC GGG TTC CGG ACG TGC

GCC TTT GGA GAA GCG CAG GGT TTT GCT GTC GGC CTG CCA GCC TGC TTT ACG

CAG TTG CGC ATC AAT CAG GAA GCG ACT CTC TTC TTC GCT AAG GTT GAG TGT

GCG CTT GAT GGC CTG ATC GGT AAT TTC TTT GTG GTA AGC CTT ACG TTC CTG

TTC GGT CTG TTT TGC CAG TTC CGC GTT CTT CTC GGC GAG CTG TGC TTC CAG

TGC CGC AAG GCG AGC CTG GGT TTG CGC TTC GGT TTC CTG CTG TTT GCC TTC

CAG AAT GGC GAT ATA GCC GTT CAG GGC AAC CAG CTT CTG CTG TTG CGC TTC

GAC TTC TGC CTG AGT CTG CGC TTT TTC TCG CAC CTG CTG TTC AAG CTG TTG

TTT TAG CGT CAG CAC TTC CTG GTG ATA GAG GTT TTC ACC ACG TTC CGG CAA

CAC AAA CAC CGG CAC CGG GAA GTC ATA ATC TTT AGT GAC CAG ACG GTA GTA

CCA GAC AGC CAG GCG GAA CCC GAG TCG CAG GCA CAT CTG GGC ATC GTT GAG

ATC GTT ATG ATA TTC GTG CAC CGC CTG GTT ACC AAT GCG GCG TAA TTT GTG

AAA TAC AGA GAG GAT GTT GTC ATC AAC AAA GGC GAT TTT GCC GAG TTC ACG

CAG GAG ATC GTG TTG ATT CTC ACA AGG GGG GAT GTT GAG TAA CAG ACC AAG

ATG TTT CGC TGT GGC TTC GCC AAA CAT ACG CAT TTT AAT CAG CGT CGT GTT

GGG ATC ATC CGG GTA GTT ATT TTC CGC CGC ACA GGC GAT GGC ATA AGT GAA

GTC GTT GAC GCC CTT CAG GAA TTC AAA ATT GGA TTT ATT CAT CAT TGT TAT

TAA TCC ATT GCT GTG CGG GCC TGT CCA AAT ATT TAA GGC CCA TAA CAT

Back to the table of contents

Please send questions and comments to Sophie.Bachellier@pasteur.fr.

hsdM - hsdRsequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured : BOCEs and boxC, BIMEs and PUs , IRUs, RSAs and 29 bp repeats.

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.