barA - gudD sequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.
Direct repeats bracketing BIMEs are underlined.

ATG ACC AAC TAC AGC CTG CGC GCA CGC ATG ATG ATT CTG ATC CTG GCA CCG

ACC GTC CTT ATT GGT TTA TTG CTG AGT ATC TTT TTC GTC GTG CAT CGC TAT

AAC GAC TTG CAG CGT CAA CTG GAA GAT GCC GGT GCC AGC ATT ATT GAG CCG

CTT GCA GTT TCT ACT GAA TAT GGC ATG AGC CTG CAA AAT CGC GAA TCT ATC

GGT CAG TTA ATA AGC GTA CTG CAT CGT CGC CAT TCC GAT ATT GTT CGC GCG

ATT TCG GTT TAT GAT GAA AAT AAC CGA CTC TTT GTC ACC TCC AAT TTT CAT

CTT GAT CCC TCA TCA ATG CAG CTC GGC AGC AAC GTG CCG TTT CCT CGC CAG

CTC ACT GTC ACT CGT GAC GGC GAT ATT ATG ATC CTC CGC ACG CCG ATT ATT

TCT GAG AGT TAC TCC CCC GAC GAA TCG CCC AGT AGC GAT GCC AAA AAT AGT

CAA AAT ATG TTG GGA TAT ATT GCG CTG GAG CTG GAT CTT AAA TCG GTT CGC

TTG CAG CAA TAT AAA GAG ATC TTT ATT TCC AGC GTG ATG ATG CTG TTT TGT

ATC GGT ATT GCG CTT ATT TTT GGC TGG CGC TTA ATG CGC GAT GTA ACC GGT

CCG ATT CGC AAC ATG GTG AAT ACC GTC GAC CGC ATC CGT CGC GGG CAA CTC

GAC AGC CGG GTG GAA GGA TTT ATG CTC GGC GAG CTG GAT ATG CTG AAA AAC

GGT ATC AAC TCG ATG GCA ATG TCG CTG GCT GCT TAT CAC GAA GAG ATG CAG

CAC AAT ATC GAC CAG GCG ACG TCC GAT CTG CGT GAA ACG CTG GAG CAG ATG

GAA ATT CAG AAC GTT GAG TTA GAT CTG GCG AAA AAG CGC GCC CAG GAA GCG

GCG CGT ATT AAA TCC GAG TTT CTG GCA AAT ATG TCA CAC GAG CTG CGT ACA

CCA CTG AAT GGT GTT ATT GGC TTT ACC CGC CTG ACG CTG AAA ACA GAA TTA

ACA CCA ACG CAG CGC GAT CAC CTG AAT ACG ATT GAA CGT TCG GCA AAT AAT

TTG CTG GCA ATT ATT AAT GAT GTT CTC GAC TTC TCG AAA CTG GAA GCA GGT

AAG CTG ATT CTG GAA AGT ATT CCA TTC CCA CTA CGC AGC ACG CTG GAT GAA

GTC GTT ACT CTG CTG GCA CAT TCT TCT CAC GAT AAA GGG TTA GAA CTG ACG

CTC AAT ATT AAA AGC GAC GTG CCT GAT AAC GTG ATC GGC GAC CCG CTG CGA

TTA CAG CAA ATC ATC ACT AAC CTG GTG GGG AAT GCA ATT AAA TTC ACC GAG

AAT GGC AAC ATT GAT ATT CTG GTA GAA AAA CGT GCG CTG AGT AAT ACC AAA

GTG CAG ATT GAA GTG CAG ATT CGG GAT ACC GGC ATT GGT ATT CCT GAA CGC

GAT CAA TCG CGC TTA TTC CAG GCC TTC CGA CAG GCT GAT GCC AGT ATT TCC

CGC CGT CAT GGT GGC ACC GGG CTG GGG CTG GTG ATT ACA CAA AAA CTG GTT

AAT GAA ATG GGC GGC GAT ATT TCG TTC CAT AGC CAG CCG AAT CGC GGT TCA

ACT TTC TGG TTC CAC ATT AAT CTC GAT CTG AAC CCG AAC ATT ATT ATC GAA

GGG CCA TCC ACC CAG TGC CTC GCA GGT AAG CGC CTG GCC TAT GTC GAA CCA

AAC TCC GCA GCA GCG CAA TGC ACG CTG GAT ATT TTA AGT GAA ACG CCG CTG

GAA GTG GTT TAT AGC CCA ACG TTC TCC GCG CTG CCT CCC GCG CAT TAC GAC

ATG ATG TTG TTA GGC ATC GCG GTG ACC TTC CGC GAG CCG CTA ACA ATG CAA

CAT GAG CGA TTA GCG AAA GCG GTA TCG ATG ACC GAT TTC CTG ATG CTG GCA

CTT CCT TGC CAT GCA CAA GTC AAT GCT GAA AAA CTC AAG CAA GAT GGT ATC

GGC GCG TGT CTG CTG AAA CCA TTA ACA CCT ACA CGC CTG TTG CCT GCC CTG

ACG GAA TTT TGT CAT CAC AAA CAA AAC ACG CTT TTG CCT GTA ACC GAT GAA

AGT AAG CTG GCA ATG ACA GTC ATG GCG GTT GAT GAC AAC CCC GCT AAC CTG

AAA CTT ATC GGC GCA TTG CTG GAA GAT ATG GTG CAA CAT GTG GAA CTT TGC

GAT AGC GGG CAT CAG GCG GTT GAA CGG GCG AAA CAG ATG CCG TTC GAT TTG

ATC TTA ATG GAT ATT CAA ATG CCG GAC ATG GAT GGC ATT CGG GCC TGC GAA

CTC ATC CAC CAA CTC CCG CAT CAG CAA CAA ACG CCG GTT ATC GCG GTA ACG

GCG CAT GCA ATG GCC GGG CAA AAA GAG AAG CTG CTT GGC GCA GGG ATG AGC

GAT TAT CTG GCG AAA CCG ATT GAA GAA GAG CGA TTG CAT AAT TTG TTG TTG

CGC TAC AAG CCT GGC AGC GGT ATT TCC TCT CGC GTC GTG ACG CCC GAA GTC

AAC GAA ATT GTG GTG AAC CCG AAT GCG ACC CTC GAC TGG CAA CTG GCA CTA

CGC CAG GCA GCA GGA AAA ACC GAT TTA GCG CGC GAT ATG CTG CAA ATG TTA

CTC GAT TTC CTG CCT GAA GTT CGC AAC AAA GTT GAG GAA CAG CTG GTT GGA

GAA AAC CCG GAA GGC CTG GTT GAT TTG ATT CAT AAA CTG CAT GGC AGT TGC

GGC TAT AGC GGT GTG CCA CGT ATG AAG AAT CTC TGC CAA CTG ATC GAA CAA

CAG CTA CGT AGC GGT ACT AAA GAA GAA GAT TTG GAA CCG GAG CTG CTG GAA

CTG TTG GAC GAG ATG GAT AAT GTC GCG CGC GAA GCC AGC AAA ATT CTC GGG

TAA

TGGATGTCTTGTCGAGTAGCAATCGGCTTTTTATGACGCTGGTTTCAGATTGGTGACAAAG

TGCCTGTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAAT

TCAATGAATTAAAAAATGATGTAGACCTGATACATAGCACAACAGGCTATTTTGCGTTTAG

CATCAGTCTCAAACCGGCTCCAGATAGAGCCGGTTTTGGTTTTCTGTC

TTA ACG CAC CAT GCA CGG GCG CTT GTT ATC GAA CGT CCA GCC AGG AAT CAG

ATA CTG CAT TCC CAT CGC ATC GTC ACG CGC GCC AAG CCC GTG TTT CTG ATA

CAG CTC ATG GGC TTT CAT CAC TTG ATC CAT ATC GAT TTC TAC ACC CAG CCC

CGG TTT TTC TGG CAC CTG TAC CAG CCC GCC TTT GAT CTC AAA CGG TTC TTT

GGT CAG GCG CTG ATT GCC TTC CTG CCA AAT CCA GTG CGT ATC AAT AGC AGT

AAT TTT ACC CGG TGC AGC GGC GGC AAC ATG GGT AAA CAT CGC CAG GGA AAT

ATC GAA GTG GTT GTT AGA GTG TGA ACC CCA GGT CAG GCC AAA TTC ATG GCA

CAT TTG CGC CAC ACG TAC CGA ACC TTG CAT TGT CCA GAA ATG CGG ATC CGC

CAG CGG GAT ATC AAC GGA TTG CAG GGA GAG CGT ATG GCC CAT TTG CCG CCA

GTC GGT GGC GAT CAT ATT GGT TGC AGT CGG TAG ACC TGT CGC GCG ACG GAA

CTC TGC CAT CAC TTC ACG CCC GGA GAA ACC TTG CTC CGC ACC ACA CGG ATC

TTC TGC ATA AGC CAG CGA ACC TTT CAG GTA TTT ACC GAT TTT AAT CGC TTC

GTT CAG CGA CCA GGC ACC GTT AGG ATC GAG CGT AAT ACG CGC CTG CGG GAA

GCG TTG CGC CAG TGC CAC AAT AGA CTC GGC CTC TTC TTC CCC GGC CAG TAC

ACC GCC CTT CAG TTT GAA ATC GTT GAA GCC ATA TTT TTC ATA TGC CGC TTC

CGC CAG GCG CAC CAC CGC ATC CGG CGT CAT CGC TTC TTC ATG ACG CAG GCG

ATA CCA GTC GCA TGA GTC ATC CGG CTG GCT TTG ATA CGG CAG CGG CGT GGC

TTT GCG ATT ACC GAC GAA GAA CAG ATA ACC GAG CAT TTC GAC TTC GCT ACG

CTG TTG ACC ATC GCC CAG CAG CGA TGC CAC GTT TAC CCC CAG ATG CTG CCC

CAG CAG ATC CAG CAT TGC CGC TTC TAT CCC GGT AAC TAC ATG AAT AGT GGT

ACG TAG GTC AAA TGT CTG CAA ACC GCG CCC ACC AGC ATC ACG ATC GGC AAA

AGT ATT ACG CAC CAG CGT CAG AAC GTT TTT GTA TTC ACC CAG CGT TTT ACC

TAC CAC CAG CGG AAT CGC ATC TTC CAG CGT TTT ACG GAT TTT CTC GCC GCC

GGG AAT TTC CCC TAC GCC AGT GTG ACC AGA ATT ATC TTT GAT AAT CAC AAT

ATT ACG CGT AAA GAA CGG TGC GTG TGC ACC ACT CAG ATT CAT CAG CAT ACT

GTC ATG ACC CGC CAC CGG GAT AAC CTG CAT TTC AGT AAC AAC AGG CGT CGT

AAA TTG AGA ACT CAT

Back to the table of contents

Please send questions and comments to Sophie.Bachellier@pasteur.fr.

barA - gudD sequence

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured : BOCEs and boxC, BIMEs and PUs , IRUs, RSAs and 29 bp repeats. Direct repeats bracketing BIMEs are underlined.

Intergenic regions are in italics. The following repeats are coloured :
BOCEs and boxC,
BIMEs and PUs ,
IRUs,
RSAs and 29 bp repeats.
Direct repeats bracketing BIMEs are underlined.