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Génétique des Génomes Bactériens | CNRS
- Institut Pasteur |
Genetics
of Bacterial Genomes |
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Philosophy |
In green: popularisation of Science; une vue générale en français se trouve au Chapitre 4 du résumé de l'activité du responsable de l'Unité
This sign indicates that the corresponding work has been performed
with or at the HKU-Pasteur
Research Centre
1973-1981 [Selective stabilization as a general principle for embedding "discoveries" in material systems]
JP Changeux, P Courrège, A Danchin
A
Danchin, JP Changeux
Apprendre par stabilisation sélective de synapses en développement
In: "L'Unité de l'Homme" (Centre Royaumont pour
une Science de l'Homme) Le Seuil (1974): 320-350
A Danchin
L'inné et l'acquis: une théorie sélective de l'apprentissage
La Recherche (1974) 5: 184-187 (repris dans des ouvrages généraux,
traduit en espagnol et en italien)
P
Courrège, A Danchin
Apprentissage et changement dans le système nerveux central
Colloque de Cerisy-la-Salle, Change (ed. 10/18) (1975): pp 60-73
A Danchin
I principi biologici della comunicazione
Enciclopedia della Scienza et della Technica (Annuaria 75 EST)
Mondadori (1975): 151-160
JP Changeux, A Danchin
Selective stabilisation of developing synapses as a mechanism
for the specification of neuronal networks
Nature (1976) 264: 705-712
A Danchin
A selective theory for the epigenetic specification of the monospecific
antibody production in single cell lines
Ann Immunol (Paris) (1976) 127: 787-804
JP Changeux,
A Danchin
Biochemical models for the selective stabilisation of developing synapses
SES Symposium Book (WL Nastuk and GA Cottrell, eds.)(1977)
A Danchin
Stabilisation fonctionnelle et épigenèse: une approche biologique
de la genèse de l'identité individuelle
In: "L'Identité" (JM Benoist, ed) Grasset (1977):
185-221
 Le
dialogue entre préformation et épigenèse est au cœur
de la vie. Ce qui est transmis de façon héréditaire
et stable, est une règle de mise en place. Cette règle a
la particularité d'offrir des choix multiples. Cela se remarque
aussi bien dans le système nerveux, que le système circulatoire
ou le système immunitaire. L'interaction avec l'environnement
(qui ne peut être le même pour deux individus), conduit à
la sélection, par stabilisation (simple pérennité)
d'une partie de ce qui a été offert initialement. On a là
la base de l'apprentissage, et de la genèse de l'identité. |
 The
dialogue between preformation and epigenesis is at the core of life. A
construction rule is what is transmitted through heredity. This rule offers
multiple choices. This can be seen most easily in the nervous system,
the blood system or the immune system. The interaction with the environment
(which cannot be the same for two individuals), leads to the selection,
by a stabilisation process (ensuring perennity) of a fraction of what
has been offered initially as choices. This is the basis for learning,
as well as for the generation of identity. |
A Danchin
Spécification épigénétique des réseaux nerveux
par stabilisation fonctionnelle de synapses en développement
In: "Neurobiologie de l'Apprentissage" (R Delacour, ed)
Masson (1978): 198-209
A Danchin
The specification of the immune response: a general selective
model
Mol Immunol (1979) 16: 515-526
JP Changeux, P Courrège,
A Danchin, JM Lasry
Un mécanisme biochimique pour l'épigenèse
de la jonction neuro-musculaire
C R Séances Acad Sci III (1981) 292: 449-453
A Danchin
Tempi critici dell'apprendimento, tempo critici dello sviluppo.
In: Le Frontiere del tempo (R Romano, ed.) Il Saggiatore (1981): 165-181
| Les
théories sélectives, malgré leur difficulté
conceptuelle (l'esprit humain tend spontanément à chercher
un moteur à toutes choses), sont remarquablement puissantes. Le
principe de stabilité dans le temps leur donne un pouvoir créateur
exceptionnel. Les travaux ici décrits combinent plusieurs approches
menées au sein d'un séminaire
régulier tenu le mercredi après-midi à l'Institut
de Biologie Physico-Chimique de 1971 à 1977. L'application de ces principes à la réponse immune a permis l'écriture
d'un modèle ancestral de ce qui a constitué plus tard les
théories des réseaux neuromimétiques. |
In
spite of their conceptual difficulty (the human mind tends to look first
for an external driving principle in all things), selective theories provide
remarkably powerful explanations. The principle of stability in time provides
them with an exceptional power of creation. The work published here combine
several approaches discussed during a weekly seminar held at the Institut
de Biologie Physico-Chimique on wednesday afternoons from 1971 to 1977.
Application of the principle to the immune response, in collaboration
with Gabriel Ruget, led to the design of a first model for neuronal networks. |
A
Danchin
"The self and its brain" by K Popper et J Eccles [Book review]
La Recherche (1979) 96: 89-90
A Danchin
"La
Dominance cérébrale" (H Hécaen) [Book
review]
L'Homme (1979) 19: 86-87
A Danchin
Note critique sur l'emploi du terme phénocopie
In: "Théories du langage, théories de l'apprentissage"
(CRSH)
Le Débat Chomsky-Piaget, Le Seuil (1979) pp 109-114 (traduit en anglais
en 1981)
A Danchin
Comment peut-on parler de l'automate cérébral aujourd'hui ?
Revue Philosophique (1980) 3: 287-304
| Depuis
le XVIIIe siècle la philosophie a été envahie par
un "biologisme" mécaniste. La Mettrie en est l'un des
meilleurs exemples. D'où la tentation de parler de l'automate cérébral
comme d'un automate (servo-)mécanique. La science du calcul, qui
est en révolution depuis le début des années 1930
ne s'accomode pas de la mécanique, même de sa forme élaborée
en servo-mécanisme. Il existe en effet un rôle essentiel
du lieu du calcul dans son développement. Si, donc, on devait encore
parler d'automate cérébral, il serait essentiel de le placer
dans le lieu où il apprend sans cesse, dans son environnement.
En quelque sorte les approches kantienne doivent s'incarner pour prendre
en compte la réalité de l'objet qu'est le cerveau. |
Since
the time of "enlightment" philosophy has been continously invade
by a mechanicist "biologism". Julien Offroy de la Mettrie is
one of the best examples of this tendency. Hence the images of the brain
automaton as a (servo-)mechanism (mostly controlled by feedback cybernetic
processes). In contrast the science of computation, which is witnessing
a revolution since the early '30s cannot accomodate mechanics, even considering
servo-mechanism. It is indeed imbedded in a development where the situation
of computation in time and space plays a crucial role. If, then, one
still had to speak about a brain automaton, it would be essential to
place it in the place where is learns, in its environment. In a way,
the kantian views must become flesh, to take into account the brain object. |
A
Danchin
Le pilote fantôme (le cerveau et la conscience)
Le Débat (1982) 21: 123-130
A Danchin
Les bases cérébrales du langage
Le Débat (1987) 47: 158-171
A
Danchin
Biological foundations of language: a comment on Noam Chomsky's approach of
syntactic structures
In: Noam Chomsky: Consensus and Controversy. (Ed. Drs S& C Modgil)
(1987) pp 29-39
A Danchin
Biological foundations of language: a reply to Dr. Marshall
In: Noam Chomsky: Consensus and Controversy. (Ed. S& C Modgil)
(1987) pp 50-52
A Danchin
Concept et langue, question de neurologie
Colloque Transcultura, (1988), Louvain-la-Neuve
In: "Connaissance et Réciprocité" (ed. Ciaco),
pp 41-56
A Danchin
Noama Chomsky'ego Proba Rewolucji Naukowej
IFiS Publishers (1996) Tom 2 pp 193-208
Un ensemble de travaux non publiés, rassemblés sous la forme d'une série de manuscrits reliés par Philippe Courrège décrit un certain nombre des conjectures élaborées durant ces années. |
The
conceptual consequences of the principle of selective stabilization
of neuronal networks ask questions about the nature of language.
A deep conjecture
about its consequences needs to be explored, around the concept of homeostasis.
It starts from the very simple idea that strength comes from weakness:
it is because neuronal networks cannot be exactly programmed to make
accurate homeostats that they lead to repeats of approximate structures
that are quasi-homeostatic. Such networks have the interesting property
that they can trigger an automatic scanning process of the network. Why
not propose this at the origin of consciousness, once the linguistic
structures have appeared, perhaps as the consequence of another approximation,
a duplication of a primitive structure. This was the root of a dialog
between biology and formal properties of syntactic structures proposed
by Noam Chomsky. |
1980-2004 [Philosophy: at the root of the exploration of genomes, paths meant to solve Kant's aporia]
A Danchin
La Permanence et le Changement
Le Débat (1981) 15: 106-114
A Danchin
Permanence and Change
Substance (1983) 10: 25-35
A Danchin
Epigenesi
Prometeo (1984) 5: 34-43
Epigenèse
Aprendizagem desenvolvimento (1985) 2: 9-15
A Danchin
Hérédité génétique, hérédité
épigénétique
Confrontations psychiâtriques (1986) 27: 43-61
A
Danchin
Order and Necessity
In "From enzyme adaptation to natural philosophy: heritage from
J Monod" (E Quagliariello, G Bernardi, A Ullmann, Eds) Elsevier Sciences
Publishers. (1987) pp 187-196 (Symposium "J Monod and molecular biology,
Yesterday and Today". Trani. Italy: 13-15 dec 1986)
| Dans
cette conférence à l'occasion du dixième anniversaire
de sa mort, j'ai montré que l'épigraphe du livre célèbre
de Jacques Monod, Le Hasard et la Nécessité, la
citation qu'il attribue à Démocrite
ne peut être correcte, mais que, bien au contraire, la pensée
Grecque supposait le règne de l'ordre, et que les choses évoluent
par l'exploration. Je montrais de plus que le concept d'entropie était
associée de façon erronée au désordre, alors
que, là encore, il aurait fallu l'associer à l'exploration.
Quelques conséquences biologiques de ces observations étaient
aussi discutées. |
In
this lecture in memory of the tenth anniversary of his death, I showed
that the epigraph of the famous book of Jacques Monod, Chance and
Necessity, the quotation he attributes to Democritus
cannot be correct, but that, in contrast, there was rule of order in Greek
thought that allowed things to evolve through exploration. I further argued
that the concept of entropy was wrongly associated to disorder, instead
of, once again exploration. Some biological consequences of these views
were also discussed. |
A
Danchin
The tree and the ring. Hierarchical and
acentered structures in biology [a paper in System's
Biology that exposes the function of closure in creating global
behaviour]
The Cancer Journal (1989) 2: 285-287
A Danchin
La Permanence et le Changement
Repris avec modifications dans "La Querelle du Déterminisme"
(K Pomian, ed.) Gallimard, 1990
A Danchin
Permanenza e cambiamento
In: "Sul determinismo. La filosofia della scienza oggi."
a cura di Krzysztof Pomian. Il Saggiatore (1991) pp 103-118
A Danchin
Dieu est-t-il thermodynamicien ?
La Recherche (1991) 22: 1352
A Danchin
Hasard et biologie moléculaire
In: "Le hasard aujourd'hui" (Entretien avec Emile Noel) Ed.
Le Seuil (1991): pp 111-125
A Danchin
Une Image inattendue de l'Identité, l'image alphabétique,
XXXIVes Rencontres Internationales de Genève 1993 - "Nos Identités"
(1994) Editions de la Baconnière - Boudry-Neuchâtel (Suisse) pp
209-250
A Danchin
La métaphore alphabétique de l'hérédité génétique
Revue Internationale de Psychopathologie (1993) 13: 859-883
[enregistrement
sonore; introduction par Alex Mauron ; suivi d'un entretien avec Marino
Buscaglia... [et al.]. - Genève : Laboratoire audiovisuel universitaire
[prod.], 1993. - 2 cassettes sonores (90, 25 min.)]
A Danchin
On genomes and cosmologies
In: "Integrative Approaches to Molecular Biology" (J Collado-Vides,
B Magasanik and TF Smith eds), The MIT Press (1996) pp 91-111
A Danchin
The Delphic boat or what the genomic texts tell us
Bioinformatics (1998) 14: 383
A Danchin
La Barque de Delphes, ce que révèle le
texte des génomes
Odile Jacob, Paris (1998)
A Danchin
Génomes et évolution
Annales de l'Institut Pasteur/Actualités (2001) 12:
9-18
A Danchin, D Mange
Le Vivant et la Machine de Turing
La Recherche (2001) 345: 88-93
|
A Danchin |
| The Delphic Boat. What genomes tell us, Harvard University Press (2003) | |
[ comment in EMBO
Reports, comment in Nature
Genetics, comment in Nature ,
comment in the American Journal of Human Biology , comment
in Magyar A
genetikai identitás (a memóriától a manipulációig)  ,
see also a surprising but unfortunately politically significant example
of "bushism" in science, a comment in the American Scientist,
under the revealing label 'French symbolism'! To check the incredible
stupidity of the comment, please read the book and test your intellectual
background; the improbable author of the book review certainly did not.
As an example (but all the review goes along many similar totally lazy
illiterate readings) the reviewer ascribes to the author of the book
the contention that "The concept of energy, [the author]
curiously ascribes to Mesmer...", which, of course, is a totally
fanciful view of what is in the book... The rest is even more comical.
Reviewers should have some general intellectual education (and be knowledgeable
in domains other than their strict technical competence) and read first,
before reviewing, and should not invent data as irreal as the "arms
of mass destruction"
in Iraq!] |
A
Danchin, S Noria
Genome structures, operating
systems and the image of the machine
In: Molecules
in time and space. Bacterial shape, division and phylogeny
(M Vicente, J Tamames, A Valencia, J Mingorance, eds) Kluver (2004) pp 195-208
A Danchin
Genome diversity: A grammar of microbial genomes
ComPlexUs (2004/2005) 2: 61-70 
| "Il
ne peut pas y avoir de commencement; mais tout a un début"?
Ce paradoxe apparent remarquablement redit par Kant, anime la philosophie
depuis des millénaires. La science elle-même est le plus
souvent une science des origines, quand elle ne se tient pas à
l'Eternel Retour. Nous proposons l'exploration d'une alternative: le Monde
est le déploiement d'un commencement. Ou bien encore, la Création
est postérieure au Monde. Parmi les découvertes les plus
récentes de la conceptualisation du Monde l'idée de la récursivité,
au sein même des objets les plus simples, ceux de l'arithmétique,
indique la voie à suivre. Ne serait-ce pas cette voie qu'explore
la matière lorsqu'elle se fait Vie? C'est toute la question de
nos approches les plus récentes, et la raison même de chercher
à comprendre ce que sont les génomes... |
"There
is no beginning, but everything starts from an origin"? Kant has
remarkably pointed out this paradox that is at the core of Philosophy
for the past millenia. Science is indeed often a science of the origins,
when it does not care for cycles and Eternal Return. We propose to explore
an alternative: the World is the unfolding of a permanent Beginning.
Said elseways: Creation postdates the World. Among the most recent discoveries
in the conceptualisation of the World (Reality) the idea of recursivity,
within the simplest objects, those of arithmetics, suggests a path to
follow. Would not it be that path that matters follows when it becomes
Life? This is the core of the question within our most recent approaches,
and the very driving principle that led us to try and understand the
nature of genomes... |
1974-1985 [The principles of Molecular Biology and their formal consequences]
A
Danchin
Règles de réécriture en biologie moléculaire
Change (1974) 19: 10-24
| Dans
sa leçon inaugurale au Collège de France, François
Jacob s'interrogeait sur les analogies possibles entre la structure du
langage écrit, et le programme génétique. Un peu
plus tard il en débattait avec le linguiste Roman Jakobson. Ce
thème a été le déclencheur des travaux d'Antoine
Danchin sur le rôle de la "ponctuation secondaire" dans
le phénomène de traduction du message génétique,
et c'est ce qu'il expose dans ce texte de la revue Change
(Seghers), après avoir découvert une
fonction inattendue de la ponctuation secondaire chez
les bactéries. |
In
his inaugural lesson at the Collège de France, François
Jacob reflected about possibly analogies between the structure of the
written language and that of the genetic programme. A few years later
he discussed the topic with the linguist Roman Jakobson. This theme has
initiated the experimental work of Antoine Danchin on the role of "secundary
punctuation" in the process of tranlation of the genetic message.
This is discussed in this text of the journal Change
(Seghers), after he had uncovered an
unexpected function of secundary punctuation in bacteria. |
A Danchin
La relecture du message génétique
La Recherche (1977) 83: 989-991
A Danchin
Ordre et Dynamique du Vivant. Chemins de la Biologie Moléculaire
Le Seuil (1978) 350 p
A Danchin
Entropie et Ordre Biologique
La Recherche (1978) 92: 788-791
A Danchin
Macromolecole
Enciclopedia Einaudi (1979) 8: 660-690
A Danchin
Metabolismo
Enciclopedia Einaudi (1980) 9: 141-159
A Danchin
Organico-Inorganico
Enciclopedia Einaudi (1980) 10: 108-134
A Danchin
Osmosi
Enciclopedia Einaudi (1980) 10: 253-277
A Danchin
Liaisons biochimiques faibles
Encyclopaedia Universalis sup 1980: 867-868
A Danchin
Règles de réécriture en biologie moléculaire
Le Débat (1980) 3: 111-113
A Danchin
Vita
Enciclopedia Einaudi (1981) 14: 1145-1205
A Danchin
Eredità
Enciclopedia Einaudi (1982) 15: 215-225
A Danchin
Evoluzzione
Enciclopedia Einaudi (1982) 15: 233-243
A Danchin
Organico/Inorganico
Enciclopedia Einaudi (1982) 15: 458-468
A Danchin
Organismo
Enciclopedia Einaudi (1982) 15: 469-479
A Danchin
Génétique moléculaire
Encyclopaideia Universalis (1984) sup 84: 355-358
A Danchin
Les surprises de la génétique moléculaire.
In: L'Etat des Sciences et des Techniques (1983) pp 206-211, Maspero
| La
période considérée recouvre l'apogée du développement
des grands concepts de la biologie moléculaire. Résultat
d'un cours de quatre années à l'Ecole Polytechnique, Ordre
et Dynamique du Vivant tente d'en extraire les plus importants par
leurs conséquences pratiques et philosophiques. Une partie significative
de cette réflexion est développée en Italien . |
After
the discovery of the genetic code in the mid-sixties, molecular biology
developed most of its major concepts. Ordre et Dynamique du Vivant (not
translated) tries to extract those that have the most important consequences
in terms of practice and philosophical questioning. A significant part
of this reflection is published in Italian . |
A Danchin
Entropie et Ordre Biologique
La Recherche (1978) 92: 788-791
|
Le second principe de la thermodynamique n'implique
pas une augmentation du désordre. |
|
A Danchin
Placage et modèles totalitaires.
In: "Elaboration et justification de modèles" (P
Delattre, M Thellier, eds.) Maloine (1979): pp 39-56
A Danchin
Thèmes de la biologie. I. Théories instructives
Revue des questions scientifiques (1979) 150: 151-164
A Danchin
Thèmes de la biologie. II. Théories sélectives
Revue des questions scientifiques (1979) 150: 323-337 (repris,
avec l'article précédent, dans la revue portugaise Aprendizagem-Desenvolvimento,
(1981) 1: 65-68; 1 , 51-54)
A Danchin
Conjectures and refutations
In: "Origins of Molecular Biology, a Tribute to Jacques Monod"
(A Lwoff, A Ullmann, ed) Academic Press (1979): 243-246
A Danchin
Progressing towards the end of progress [comment]
Trends in Biochem Sci (1979) 4: 217-219
A Danchin
L'invasion du biologisme
Le Débat (1980) 2: 66-81
A Danchin
Expérience et Méthode
Le Débat (1985) 35: 80-86
A Danchin
Nature ou Culture
Le Débat (1985) 36: 20-24
A Danchin
Les frères Bogdanov, Jean Guitton et Dieu : Dieu est-t-il thermodynamicien
?
La Recherche (1991) 237: 1352-1353
A Danchin
Science and Technology: A Western imbroglio
Projections (1992) 7/8: 39-48
A Danchin
La science hors d'elle-même ? La science et les modèles du savoir
Esprit (1993) 191: 85-90
A Danchin
"Lun Ke Shue Mou Shi"
In: Shi hua xia Editions 93 de l'Université Sun Yat Sen (Zhong
Shan Da Shue) Canton (Guang Zhou) (1993) pp 231-246
A Danchin
The models of knowledge
Enciclopedia Multimediale delle
Scienze Filosofiche (Multi-Media Encyclopaedia of the Philosophical Sciences)
Philosophy
and Current Affairs: Videotape
A Danchin
Nankin 1965 - 1996: Mémoires chinois .
In: Culture: Diversité et coexistence dans le dialogue Chine
- Occident, Actes du colloque international de Nanjing (1998) pp 149-156
A Danchin
By way of introduction: some constraints of the cell physics
that are usually forgotten, but should be taken into account for in silico genome
analysis
Biochimie (1996) 78: 299-301
A Danchin
Dialogue entre Chine et Occident: une question d'énergie potentielle
In: "La Licorne et le Dragon" - Les Malentendus dans la Recherche
de l'Universel - (Ed D Yue, A Le Pichon) Peking University Press (1996)
pp 66-77
Texte de l'ouvrage : article page 215
A Danchin
Silice, basophiles
et comités de lecture
La Recherche (1998) 310: 85-87
A Danchin
From protein sequence to function
Curr Opin Struct Biol (1999) 9: 363-367
A Danchin
From function to sequence, an integrated view of the genome texts
Physica A (1999) 273: 92-98
|
A Danchin |
|
Sheng wu ji shu jie he dian; meng huw xian shi? In: Yin te wang chuang xin ji tou zi - lai zi hua er jie he gui gu de bao gao |
|
published by the Chinese
Association for Science and Business (
The biotech connection: dream or reality?) (2000) 166-179 |
|
A Danchin |
| Zi ran yu ren wei
(en Chinois) (
Nature and Artifice) |
|
| Ke xue yu ren wen, Transcultural Dialogue (2000), Yue Daiyun ed., Beijing University Press 5: 1-9 |
|
A Danchin |
| Dalla funzione alla struttura | |
| Prometeo (2000) 71: 24-29 |
|
A Danchin |
| II modi di produzione del sapere: esiste une specificità occidentale? | |
In
" Tecnocrazia " Kéiron (2001) 9:
52-62 |
|
A Danchin |
| Nature et artifice [Nature and Artifice] | |
Alliage
(2001) 45-46: 125-133
|
A
Danchin
Physique, chimie, biologie : un demi-siècle d’interactions, 1927-1977
Plaquette éditée par l’Institut de Biologie Physico-Chimique à l'occasion de
son cinquantenaire
A Danchin
Jacob
I protagonisti della storia universale
Nuova CEI (1980)
A Danchin
L'Oeuf et la Poule
Histoires du Code Génétique, Fayard ed., (1983, livre de poche
1986) 282 p
in
Japanese, 1985
O Ovo e a Galinha - Historias do codigo genetico,
Editeur: Relogio d'Agua, Rua Sylvio Rebelo, 15, 1000 Lisboa) (1993). Traduction:
Ana Luisa Faria
A Danchin
Préface à la traduction de Schrödinger "What is
life?"
(1986) C Bourgois. pp 7-28
| Dans
ce livre remarquable Schrödinger postule que le support de l'hérédité
se comporte comme un "cristal apériodique", préfigurant
la découverte de la double hélice. Ce texte est cependant
placé dans l'idéologie du temps (1944) où la dégradation
des choses joue un rôle central. Marqué par cette idée
il voit la vie comme une lutte contre l'augmentation de l'entropie, mais
il remarque avec raison que cela correspond mal avec la physique des phénomènes,
où finalement, l'entropie minimale serait celle du cristal proche
du zéro absolu. Ce n'est pas vraiment ce qu'on remarque dans la
vie... |
In
this prescient book Schrödinger postulates that heredity behaves
as if borne by an "aperiodic crystal", thus foreseeing the
discovery of the double helix. This text is however marked by the ideology
of the time (1944), obsessed by the idea of degradation. This made him
see life as a perpetual fight against the increase of entropy, but he
notes that this would not fit with what his colleagues physicists would
think. After all the lowest entropy would be found in a crystal at zero
Kelvin, not quite life conditions.... |
A Danchin
"High-dilution" experiments a delusion
Nature (1988) 334: 286
A Danchin
Origin of mutants disputed
Nature (1988) 336: 527
A Danchin
René Thom l'Aristotélicien. (Esquisse d'une sémiophysique,
InterEditions 1988)
La Recherche (1989)
210: 508
A Danchin
Un retour des objections créationistes ? 20
La Recherche
(1989)
A Danchin,
C Médigue, O Gascuel, H Soldano, A Hénaut
From data banks to data bases [keywords:
Data bank, Data base, Library; B. subtilis, E. coli, Nucleotide
and protein sequences, Updating, Learning techniques, In silico.]
Res Microbiol (1991) 142: 913-916
| L'apparition
des ordinateurs a complètement modifié notre accès
à la biologie, en particulier au moment de la création des
programmes de génomique. J'ai utilisé l'expression "in
silico" pour exprimer ce fait que désormais, il faudrait
compter, outre l'expérience in vivo et in vitro,
l'expérience in silico, avec des ordinateurs. Cette expression
a été utilisée dans de nombreux exposés de
présentation des programmes génomes, et elle est apparue
probablement pour la première fois par écrit dans le compte
rendu d'un exposé fait pour la réunion internationale du
consortium de Bacillus subtilis au cours de laquelle le Japon
a choisi de faire partie du programme. |
"Experimentation in silico Using the
data available in libraries [...] |
A Danchin
Ce que peut apporter le séquençage des grands génomes
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte
(1991): pp 227-229
A Danchin
Crick (Francis Harry Compton Crick)
Dictionnaire des Philosophes (A Jacob, ed.). (1992) Presses Universitaires de
France, Paris
A Danchin
Informatics
and genome sequencing programs
Biochimie (1993) 75: 319
A Danchin
Pour l'unité de l'esprit scientifique
Le Débat (1993) 73: 71-76
A Danchin
La mathématique e(s) t la vie ?
Contribution à l'ouvrage réalisé en hommage à René
Thom à l'occasion de son soixante-dixième anniversaire
Passion des Formes, Collection Theoria, ENS Editions (1994) 2:569-583
F Jacob, A Danchin, O Postel-Vinay
François Jacob, trente
ans après
La Recherche (1995) 280: 111-115
A
Hénaut, A Danchin
Informatique et génomes ou l'expérimentation in silico
La Lettre du GREG (1995)
A Danchin
L'enfance de la Biologie Moléculaire
Aux Frontières de la Science
Supplément CNRS à La Recherche
(1997) p50
A Danchin
Science-fiction, roman gothique ou canular ?
Le Monde 3 juillet 2000
A Danchin
A brief history of genome research and bioinformatics in France
Bioinformatics (2000) 16: 65-75
A Danchin
Une histoire intense,
presque violente: l'histoire du programme génome humain [
A rattling good history: the story of
the Human Genome Project]
La Recherche (2000) 332
A Danchin
Sequencing the genome of Bacillus subtilis: a Western inside
story
For the Love of Genome: A Tribute to Hiroshi Yoshikawa (2001): 4-9
|
S Brunak, A Danchin, M Hattori, H Nakamura, K Shinozaki, T Matise & D Preuss |
| Nucleotide sequence database policies | |
| Science (2002) 298:
1333
|
A Danchin
Francis Harry Compton Crick
Universalia 2005
Encyclopædia Universalis, 433-434
1980-2004 [Ethical and political considerations]
A Danchin
Les interactions hérédité/milieu dans le développement
des individus
Droit et Liberté (1979) 382 sup: 19-23
M Blanc, G Chapouthier, A Danchin
Les fraudes scientifiques
La Recherche (1980) 113: 858-868
A Danchin
Les fraudes scientifiques.
In: L'Etat des Sciences et des Techniques" (1983) pp 136-138,
Maspero,
A Danchin
Naître et mourir
Corps Ecrit (1987) 21: 37-42
M Andler, A Danchin, P Thibaud,
G Waysand
La Maîtrise du développement technologique. Extraits d'une
discussion
Science et Culture
Esprit (1987) 128: 83-86
A Danchin
L'irruption de la morale
La Recherche
(1990) 225: 1172-1173
A. Danchin
Hérédité et intelligence: un débat faussé
La Recherche
(1991) 230: 386-387
A Danchin
Eugénisme et génétique
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte
(1991): pp 126-128
A Danchin
La diversité génétique, atout à préserver
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte
(1991): pp 238-240
A Danchin
Epistémologie, Différence Humaine, Ethique
In: "Patrimoine Génétique et Droits de l'Humanité"
(F Gros, G Huber, ed) Odile Jacob (1992): pp. 512-514
A Danchin
Doute et création
In: "La Responsabilité, la condition de notre humanité"
Autrement (1994) 14:249-266
A Danchin
Les Evolutions, Phylogenèse
de l'individuation. Presses Universitaires de France (1994) pp 219-245
A Danchin
Œdipe totalitaire ou l'énigme de la création
In: "Transmissible" "Intransmissible"
Césure (1995) 8: 49-71
| Le
modèle psychanalytique standard repose sur le mythe d'Œdipe.
Il repose sur la mort du père. N'est-ce pas curieux qu'il soit
né peu avant la plus grand massacre qu'ait connu l'humanité
(la Grande Guerre) où les pères envoyaient leurs fils à
la mort? Et Œdipe lui-même n'était-il pas un enfant
abandonné? Nous nous interrogeons ici sur une relecture du mythe,
où la création, celle de l'inattendu, est systématiquement
rejetée, et où la mort de la descendance joue un rôle
au moins aussi fondamental que son symétrique, longtemps monté
en épingle. Qui se souvient de la fille de Jephté? |
The
psychoanalytic standard model rests on the Œdipus myth. It rests
on the death of the father. We note that it appeared just before the largest
massacre in the history of Mankind (the Great War) when the fathers sent
their sons to death. Was not Œdipus himself an abandoned child?
We propose in this text a new reading of the myth, where creation, that
of the unexpected, is systematically rejected, and where the death of
the progeny plays a role at least as important as that of its counterpart,
long considered as the only important one. Who remembers Jephte's daughter? |
A Danchin
L'inutile cri de Cassandre
Le Monde / Mardi 27 Août 1996, p 11
A Danchin
Postface : "Le droit saisi par la biologie. Des Juristes au laboratoire".
"Regards d'un biologiste"
Editions LGDJ (1996) pp 395-408
A Danchin
Apologie de la Création
Information Génétique et Expression
JIB/Ethique (1997) 8: 63-75
A Danchin
La "mémoire de l'eau",
épisode extravagant de l'ordinaire pratique scientifique
La Recherche (1998) 310: 85-87
|
A Danchin |
| The natural war [book review: The Biology of Doom by Ed Regis] | |
| EMBO Reports (2000) 1: 216 |
A Danchin
On our tiniest foes
EMBO Reports (2001) 2: 468-469
A
Danchin
Apport de l'analyse des génomes, complets ou non
In "Gènes de Résistance aux antibiotiques et plantes transgéniques"
(L Clavilier, P Hervieu, O Letodé, eds) INRA Editions (2001) pp 97-103
|
A Danchin |
| Not every truth is good. The dangers of publishing knowledge about potential bioweapons | |
| EMBO Rep (2002) 3: 102-104 |
|
A Danchin |
| Infection of society [As diseases have evolved to exploit the holes in our defences, including weaknesses in society, we have to reconsider our way of life, otherwise they will continue to haunt us] | |
| EMBO Reports (2003) 4: 333-335 |
A
Danchin
L'origine du code génétique: la nécessité l'emporte-t-elle
sur le hasard ?
La Recherche (1979) 97: 186-188
A
Danchin
L'Oeuf et la Poule
Histoires du Code Génétique, Fayard ed., (1983, livre de poche
1986) 282 p
in Japanese,
1985
O
Ovo e a Galinha - Historias do codigo genetico, Editeur: Relogio d'Agua,
Rua Sylvio Rebelo, 15, 1000 Lisboa) (1993). Translation: Ana Luisa Faria
A
Danchin
L'origine de la vie
La Recherche (1988)
201: 878-886
A Danchin
Homeotopic transformation and the origin of translation
Progress in Biophysics and Molecular Biology (1989) 54: 81-86 see further
developments about the origin of life in
| Il
est amusant de constater qu'à l'Institute for Scientific Information,
le titre de cet article a été changé et a confondu
"homeotopic" avec "homeotropic" en altérant
significativement le sens |
It
is revealing to note that the title of this article has been misspelled
at the Institute for Scientific Information, modifying "homeotopic"
into "homeotropic", changing the meaning of the concept |
A
Danchin
L'explication de la vie: perspectives et questions
Le Débat (1990) 60: 302-308
A
Danchin
Une Aurore de Pierres. Aux origines de la vie
Le Seuil (1990), 276 pp
Traduction
portugaise: "Uma aurora de pedras. Nas origens
da vida", Almedina, Coimbra 1992
A
Danchin
L'origine de la vie
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte
(1991): pp 197-201
A
Danchin
Les premières formes de vie (entretien avec Ruth Scheps)
In: "La mémoire de la terre" Le Seuil, (1992): pp.
151-167
A Danchin
Conclusions and perspectives
In: From stars and minerals to life: is the paradigm changing? Frontiers
of Life (J&K Trân Thanh Vân, JC Mounolou, J Schneider, C McKay,
eds) Editions Frontières, Gif sur Yvette (1992): pp.399-414
A
Danchin
Aux Frontières de la Vie
La Recherche (1992)
241: 368-369
A
Danchin
O ovo e a galinha Historias do codigo genetico
Relogio d'agua, Lisboa (1993)
A Danchin [Article écrit pour la clôture du Centenaire
de la mort de Louis Pasteur à Marnes la Coquette (28.09.1995)]
Dai
minerali alla vita
Des
minéraux à la vie: une alternative à la soupe prébiotique
From
minerals to life : an alternative to the prebiotic soup
Prometeo (1996)14 (54): 16-21
A
Danchin
Des minéraux à la
vie: une alternative à la soupe prébiotique ?
In: Dictionnaire de l'ignorance, Aux frontières de la Science
(PUF) (1998) pp 196-212
1969-2005 [Popularisation of science]
M
Grunberg-Manago, H Costinesco, J Massoulié, A Danchin, F Rieger
Cent ans de recherche sur l'ADN
Atomes (1969) 24, 268: 497-502
| Cet
article résume pour un large public la découverte de
l'ADN par Miescher et
les avatars de cette molécule jusqu'à la compréhension
de son rôle dans l'hérédité |
This
paper summarizes for the public the discovery of DNA by Miescher and
the ideas that prevailed until its role in heredity was uncovered |
A
Danchin
Diversité des anticorps: une profonde remise en cause
La Recherche (1979) 100: 579-581
A
Danchin
Une révolution lamarckienne en immunologie?
La Recherche (1981) 118: 84-85
A
Danchin
Les gauchers, la testostérone et la dissymétrie du cerveau
La Recherche (1983) 140: 110-111
A
Danchin, PP Slonimski
Les gènes en morceaux ("Gespleten Genen", Natuur en Technick (1985) 53:
436-445)
La Recherche (1984) 155: 616-626
A
Danchin
La mise au point du message génétique
La Recherche (1985) 166: 688-691
A
Danchin
Les gelées de printemps ont un gène
La Recherche (1986) 174: 278-279
A
Danchin
La musique des gènes,
La Recherche (1986) 179: 976-977
A
Danchin
L'étrange monotonie des récepteurs membranaires
La Recherche (1987) 185: 262-263
A
Danchin
Signes Immuns
In: "Prospective et Santé": Immunologie, nouvelle
frontière (1987) 42: 15-19
A
Danchin, P Slonimski
Uno stratagemma dell'evoluzione: i geni discontinui
Scienza, Tecnica Annuario della EST (1987) Mondadori
A
Danchin
Les bactéries sont-elles devenues lamarckiennes ?
La Recherche (1989)
209: 538-539
A
Danchin
La Révolution des ARN
La Recherche (1989)
216
A
Danchin
Le séquençage des petits génomes. Vers la description
complète d'un organisme vivant
La Recherche (1993) 251:
222-232
Version espagnole: La Secuenciacion de pequenos genomas. "Hacia la description
completa de un organismo vivo"
Mundo Scientifico (1993) 134: 376-386
A
Danchin, P Glaser, F Kunst, I Moszer, G Rapoport
Bacillus subtilis dévoile ses gènes
Biofutur (1998) 174: 14-17
A
Danchin
Séquençage des grands génomes et médecine
In: "Biomedecine 2000 - Faits et réflexions sur les systèmes
de santé de l'an 2000" Hénri Joly ed., Lavoisier (1996)
pp 125-131
A
Danchin
Il Linguaggio della vita
NUOVA SECONDARIA Editrice La Scuola, filiale di Brescia (Italia) (1999) pp.
20-24.
A
Danchin
Il nostro genoma quotidiano)
Il Sole-24 Ore 2 Luglio
(2000) 32
A
Danchin
La
Biologia nell'Era del Genoma
Spoletoscienza (2000)
20: 10, account in: Biotecnologie
e clonazione a "Spoletoscienza" Di
quale futuro abbiamo bisogno?
A
Danchin
Entre Pas Encore et Déjà Plus
Au-Delà 2001. Odyssée de l'Esprit, (Emile Noël, dir.), Editions
de la Radio
Suisse Romande Espace2, Genève; chapitre 5, pp 53-64
|
A
Danchin |
| Qu'est-ce que la génération spontanée? | |
| In: Tout ce que vous avez voulu savoir sur les Sciences. Bayard Compact (2001) pp 464-466 |
A
Danchin, D Mange
L'autonomie des êtres vivants
La Recherche (2002) 350:
A
Danchin
A genetikai
identitás (a memóriától a manipulációig)
Tavaszi 44 (2002) http://www.c3.hu/scripta/
A
Danchin
Au début était l'ordre des gènes
La Recherche (2002) Hors série 9 "Ordre & Désordre":
14-18
A
Danchin
Une nouvelle grippe pourrait faire des ravages dans le monde entier
La Recherche (2003) 365: 45
A
Danchin
The software of life 
Pr∆ekvapivy´
software z∆ivota
Project Syndicate (2005) February 
A
Danchin
Beneficial biological warfare
EMBO Rep (2006) 7:767
1995-2004 Chronicles [Evolution: philosophical, political and moral consequences]
A
Danchin
Chroniques 1995 dans La
Recherche
Le
cochon chinois, ça éternue ! 281: 76
Les animaux voient-ils
avec la langue ? 282: 94
Eloge de l'absence
A
Danchin
Chroniques 1996 dans La
Recherche
Un bricolage linguistique
bien enrichissant, 283: 82
Les oiseaux préfèrent
les papillons femelles, 284: 96
Eloge de la galanterie,
286: 97
Demain, l'avis faber
?, 287: 96
C'est l'opportunisme
qui fait la fonction, 288: 95
Sélection en trompe
l'oeil, 290: 95
Le cri du haricot,
291: 96
Les causes sérieuses
n'ont pas de prix, 292: 96
Camouflage au parfum,
293: 94
A
Danchin
Chroniques 1997 dans La
Recherche
Le nom de l'ancêtre,
294: 96
Mais que font les parents
? 295: 91
Que
vaut la leçon du Professeur Sokal? Electrochoc pour schizophrène,
297: 94
| Cette
chronique (texte)
n'est pas seulement un commentaire sur la mode associée au discours
(au demeurant fort intéressant) de Jacques Lacan, mais pointe
vers une absence essentielle du discours psychanalytique, celle de
la mort de la descendance: voir aussi Œdipe
totalitaire. |
This
chronicle (texte)
is not a simple comment on the fashion associated to the speakings of
Jacques Lacan (often quite interesting, in fact), but points at a major
omission of the psychoanalytical discourse, that of the killing of the
progeny, not of the parents: see (in French) Œdipe
totalitaire. |
L'algorithme
de la queue, 298: 91
Le sexe obsolète,
299: 94
Le rouge et le noir,
301: 110
Vers la génétique
de l'évolution, 302: 116
Intelligence et hérédité: un débat en cache un
autre, 303: 108
Aller de la fonction à
la structure. Et non l'inverse, 304: 108
A
Danchin
Chroniques1998 dans La Recherche
Le déterminé n'est pas le prévisible 306: 114
L'opportunisme absolu de l'évolution 307:
108
Au fond des ocelles, 308: 108
La mémoire des efforts passés,
310: 111
Pilote fantôme, 311: 128
Variez vos poisons !, 312: 106
Mon clone, cet inconnu, 313: 126
La dissymétrie, est-ce la vie
?, 314: 111
Alzheimer et la génétique, 315: 110
A
Danchin
Chroniques 1999 dans La Recherche
Des souris mutantes
à la viande rose 316: 105
Sida: le mirage
du vaccin? 318: 106
Avenir imprévisible
de l'homme 319: 105
La logique de
Saint Thomas, 320: 107
Pierres, répétitions, barreaux 321: 110
La nécessité
de mourir 322: 110
Du bon usage des
métaphores 323: 106
Le tablier du
moineau 324: 111
Pièges
de la domestication 325: 108
L’habit ne fait pas le moine, 326: 28
A
Danchin
L'identité génétique
Quatrième conférence de l'Université de tous les savoirs,
cycle qu'est-ce que la vie ?
Volume 1: Qu'est-ce que la vie ? coordonné par Yves Michaud,
Odile Jacob (2000) p 59-68
A
Danchin
Chroniques 2000 in La Recherche
Métabolisme
en mouvement, 327: 24
Le peloton d'exécution, 328: 14
Echelles de la vie,
329: 26
Le nombril du
monde, 330: 26
Le jeu de la vie,
331: 102
Le style fait
l'espèce, 332: 24
L'ADN volant, 334:
26
Du bon usage de
l'analogie, 335: 24
Pas de pétrole
mais des microbes,336: 20
Les grenadiers
prussiens, 337: 36
A
Danchin
Chroniques 2001 dans La Recherche
Les parasites de Tom et Jerry 338: 22
L’âme du monde, 340: 24
Où l’habit ne fait pas le moine, 341: 22
Bricolage moléculaire, 342: 90
Mélancolie, 343: 92
Politiques de dissuasion, 345: 92
Vie sociale au futur, 347: 91
Le nombre est-il si important?, 348: 91
A
Danchin
Chroniques 2002 dans La Recherche
Quand les poules auront des dents, 349: 92
Roméo, Juliette et la bactérie, 351: 200
Mystère ou problème ?, 352: 91
Les princes de Serendip, 353: 91
La soif du colibri, 354: 20
Mémoires et apprentissages, 356: 91
Faibles doses, 357: 91
Un Jurassic Park moléculaire, 358: 111
A
Danchin
Chroniques 2003 dans La Recherche
Chercheurs d'or, microbes et évolution, 360: 111
Images trompeuses, 361: 111
Microbe et société, 364: 103
Là où il y a de l'hygiène, 368: 103
Futureland, 369: 103
A
Danchin
Chroniques 2004 dans La Recherche
Une impossible quête des origines, 371: 111
Tous in silico, 373: 103
Multiples origines, 375: 104
Séduction forcée, 376: 95
Nuisible pression sociale, 378: 95
Science et politique, 381: 95
Fallait-il d étruire la tour de Babel? 382: 93
A
Danchin
The software of life 
Prekvapivy´
software zivota
Project Syndicate (2005) February
A
Danchin
Chroniques 2005 dans La Recherche
Fallait-il détruire la tour de Babel? 382: 111
Du pouvoir de la rhétorique, 383: 95
Le sexe et l'effroi, 384: 95
L'année du Coq ou celle de la grippe?, 385: 95
Quand Laïos abandonne
Œdipe, 389: 95
A
Danchin
Chroniques 2006 dans La Recherche
Les deux bouts de la lorgnette 397: 97
Le goût de la fraude 399: 113
A
Danchin
Chroniques 2007 dans La Recherche
Masse et connaissance 404: 95
La recherche "motivée" 406:
97
Papillons cosmiques 408: 95
Le malade peut attendre 411: 97
| Dernière mise à jour 6
janvier 2008 |
Last update January 6th 2008 |
