Le genre Lyssavirus appartient à la famille des Rhabdoviridae.
(Tableau I)

Cette subdivision a été obtenue à partir de l'analyse phylogénétique des séquences nucléotidiques du gène de la nucléoprotéine. Les lyssavirus de Mammifères non volants appartiennent au génotype 1.
En revanche, les lyssavirus de Chiroptères appartiennent à 6 des 7 génotypes décrits. Une incertitude subsiste quant à l'espèce hôte du génotype 3. Le réservoir de ce génotype n'a jamais été clairement identifié. Ceci laisse penser que les chauves-souris sont les hôtes préférentiels des lyssavirus. Cette observation est renforcée par les analyses phylogénétiques portant sur l'origine de ces virus. Elles tendent à démontrer que l'ancêtre des lyssavirus est un virus de chauves-souris. L'existence d'un huitième génotype vient d'être récemment proposée. Il a été isolé à partir d'un chauve-souris insectivore.

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La rage du chien est la première source de mortalité dans le monde

La rage des Mammifères terrestres non volants est très largement répandue. Seuls quelques pays sont indemnes (Nouvelle Zélande, Australie, Japon, pays d'Europe de l'ouest...).
Elle est due exclusivement à des lyssavirus de génotype 1

Deux situations épidémiologiques peuvent s'observer. Elles correspondent le plus souvent à des conditions géographiques et socio-économiques différentes mais elles peuvent co-exister dans certaines régions.
On distingue une rage du Chien qui est responsable de plus de 90% des cas humains dans le monde, principalement en Asie et en Afrique. Souvent, lorsque ce cycle épidémiologique est éliminé par des mesures prophylactiques appropriées, un ou plusieurs cycles épidémiologiques de rage selvatique insoupçonnés jusqu'alors apparaissent.
L'exemple le plus connu est probablement l'apparition de la rage du renard faisant suite au contrôle de la rage canine en Europe. Dans le monde, de nombreuses espèces sauvages non volantes hébergent des lyssavirus qui leur sont spécifiques et jouent le rôle de vecteurs principaux. Nous n'en citerons que quelques unes : la Mangouste (Cynictis penicillata) en Afrique du sud; le Chacal (Canis mesomela) dans le reste de l'Afrique, le Renard polaire (Alopex lagopus) en Alaska et au nord du Canada, le Renard roux (Vulpes vulpes) en Europe et en Amérique du nord, le Raton laveur (Procyon lotor) et la Mouffette (Mephitis mephitis) dans les Etats-Unis d'Amérique, le Chien viverrin (Nyctereutes procyonides) en Europe du centre et du nord.
Hormis en Europe où la rage vulpine est soit éliminée soit sous contrôle, la rage selvatique a tendance à gagner de nouveaux territoires soit par translocation malencontreuse d'animaux infectés, soit par l'apparition ou la détection de nouveaux variants viraux.

Les cas de rage chez les Chiroptères représentent moins de 5% des cas de rage animale répertoriés dans le monde. Les analyses phylogénétiques distinguent 6 (et potententiellement 7) génotypes parmi les lyssavirus infectant les Chiroptères.
Le passage de 3 des 6 génotypes de lyssavirus de Chiroptères aux animaux non volants (en particulier à des carnivores domestiques et sauvages) est décrit. De même, le passage de ces virus de l'animal à l'homme est documenté pour 5 des 6 génotypes de lyssavirus de Chiroptères.
Ils représentent donc un risque pour la santé publique. Cependant, le faible nombre de cas humains répertoriés montre que l'efficacité de ce passage semble réduite.
En revanche, la situation épidémiologique n'est pas figée. De nouveaux variants viraux peuvent apparaître et présenter une infectiosité bien supérieure pour l'homme. C'est, par exemple, le cas actuellement aux Etats-Unis où des variants viraux d'origine récente et circulant sur 2 espèces de chauves-souris insectivores (Lasionycteris noctivagans et Pipistrellus subflavus) sont responsables de 70 % des cas humains.

Des lyssavirus de génotype 1 infectent les chauves-souris sur le continent américain. La rage des Chiroptères hématophages ou vampires (Desmodus sp.) n'existe que dans la zone intertropicale de l'Amérique, du nord du Mexique au nord de l'Argentine.
Quelques cas chez l'homme ont été décrits. La rage des chauves-souris insectivores est signalée au sud du Canada, aux Etats-Unis, au Chili et en Argentine. Six espèces et genres de chauves-souris sont majoritairement en cause (Eptesicus fuscus, Lasiurus borealis, Lasiurus cinereus, Myotis sp., Tadarida brasiliensis et Lasionycteris noctivagans), leur importance relative variant selon les régions.

Deux génotypes de lyssavirus de Chiroptères ont été distingués en Afrique : le génotype 2 (virus Lagos bat) et le génotype 4 (virus Duvenhage). Le virus Lagos bat n'a jamais été isolé chez l'homme. Son réservoir animal semble être constitué par les populations africaines de chauves-souris frugivores Eidolon helvum, Epomophorus wahlbergi et Micropterus pusillus.
Le virus Duvenhage (séro/génotype 4) infecte les chauves-souris insectivores (Nycteris thebaica).

En Europe, le premier isolement de lyssavirus de chauves-souris date des années 50. L'analyse phylogénétique des lyssavirus européens de chauves-souris montre l'existence de deux génotypes différents: les lyssavirus européens de type 1 (EBLV-1) et de type 2 (EBLV-2) qui constituent respectivement les génotypes 5 et 6. Cette analyse indique aussi une subdivision supplémentaire en 2 lignées pour EBLV-1. EBLV-1a a été mis en évidence des Pays-Bas à la Russie et EBLV-1b du sud de l'Espagne aux Pays-Bas. Quatre cas humains ont été rapportés: deux avec EBLV-1 et deux avec EBLV-2.
Cette enzootie rabique atteint de nombreux pays européen et on peut suspecter que la totalité de l'Europe soit touchée. La grande majorité des diagnostics positifs a été effectuée sur des chauves-souris insectivores appartenant aux Genres Eptesicus (Eptesicus serotinus), Myotis (Myotis myotis, M. daubentoni et M. dasycneme) et Pipistrellus (Pipistrellus pipistrellus et P. nathusii).
L'espèce la plus fréquemment infectée est la sérotine commune (E. serotinus) (95% des cas).

Les virus de génotype 7 ou ABLV (Australian Bat Lyssavirus) sont de caractérisation récente. Le premier cas humain australien fut reconnu en 1996 chez un patient mordu par une chauve-souris. Un deuxième cas humain fut diagnostiqué en 1998 chez un patient griffé et possiblement mordu par une chauve-souris frugivore du genre Pteropus. Ces virus infectent des chauves-souris frugivores du genre Pteropus et des chauves-souris insectivores du genre Saccolaimus. Le reste de l'Océanie est actuellement considéré comme indemne.

De nombreuses traces sérologiques observées au niveau de sérums de chauves-souris frugivores et insectivores, en particulier aux Philippines, laissent supposer la présence de lyssavirus sur ce continent. Récemment, un nouveau lyssavirus, le virus Aravan a été isolé d'une chauves-souris insectivores (Myotis blythi) au Kyrghyzstan. Il s'agit peut-être du 8ème génotype de lyssavirus.

A long terme, la prophylaxie de la rage repose sur le contrôle et la disparition de la rage animale. Cet objectif est difficile à atteindre car, comme nous l'avons évoqué, les lyssavirus colonisent périodiquement de nouvelles niches écologiques. L'histoire semble curieusement se répéter. En effet en Europe, par deux fois, alors qu'un type de rage s'est trouvé sous contrôle (la rage canine dans les années 1920-1930 et la rage vulpine dans les années 1990-2000), un nouveau type d'infection a été identifié presque simultanément : la rage vulpine dès les années 1930-1940 et plus récemment la rage des Chiroptères.
Le premier cas européen de rage des Chiroptères a été décrit en 1954 mais la prise de conscience de l'importance du phénomène a réellement débuté à partir de 1985. Parallèlement à cette capacité d'adaptation à de nombreux hôtes, l'expansion de la rage est aussi favorisée par les translocations d'animaux en provenance de zones d'enzootie. Ces dernières années, de nombreuses importations illégales en France d'animaux domestiques en incubation de rage le prouvent.

En l'absence de contrôle totalement efficace de la rage animale, la prophylaxie de la rage humaine est actuellement basée sur la vaccination préventive des individus exposés professionnellement et sur la vaccination post-exposition des individus éventuellement contaminés. Les types de vaccins antirabiques disponibles sur le marché n'ont guère évolué durant ces dernières années. Cependant de nouveaux protocoles de traitement par voie intradermique ont été développés et sont maintenant largement utilisés dans le monde en particulier en Asie. L'objectif de ces traitements est de diminuer la dose totale de vaccin nécessaire à un traitement complet et donc de réduire le coût du traitement. En effet, ce coût est généralement supporté pour une très large part par les patients eux-mêmes dans les pays en voie de développement. Le nombre de traitements antirabiques effectués par an dans le monde est certainement supérieur à 6,5 millions. Cependant une frange importante de la population mondiale n'y a toujours pas accès pour des raisons économiques. Ceci explique la mortalité importante dans certains pays en développement.
Dans les pays industrialisés qui ont un accès facilité au traitement antirabique, et particulièrement en Europe, la diversité des isolats auxquels les patients peuvent être exposés sur place ou lors de voyages à l'étranger soulève de nouveaux problèmes : entre autres celui de la mise à disposition de produits biologiques (vaccins et immunoglobulines antirabiques) possédant un spectre d'activité plus large et procurant une protection efficace contre l'infection par les lyssavirus autre que ceux du génotype 1.

Aujourd'hui, aucun produit spécifique n'est disponible. Les solutions techniques (vaccins recombinants, vaccins multivalent) existent mais en l'absence de débouché commercial, les coûts de production de tels lots ne peuvent être supportés par les seuls industriels.

En France, les lyssavirus de chiroptères sont probablement présents sur tout le territoire. En moyenne, 60 patients reçoivent chaque année un traitement après un contact avec une chauves-souris suspecte de rage. Aucun échec de traitement n'est à déplorer en France et plus largement dans le reste de l'Europe où la situation épidémiologique est comparable. Les études de laboratoire montrent que les vaccins actuels confèrent une protection vis-à-vis des isolats de chiroptères européens. Le problème se pose surtout pour les virus de génotypes 2 et 3, très distants antigèniquement et pour lesquels la protection croisée avec les souches vaccinales, toutes de génotype 1, est inexistante in vitro et dans les modèles animaux testés.

Parallèlement à ces problèmes de protection, on s'interroge aujourd'hui sur le pouvoir pathogène pour l'homme de certains génotypes de lyssavirus. Les génotypes les plus distants des souches vaccinales (génotype 2 et 3) mais aussi les lyssavirus de Chiroptères circulant en Europe et en Australie présentent-ils un danger pour l'Homme similaire à celui présenté par les isolats de Mammifères terrestres non volants. L'identification d'infections létales chez l'Homme dues aux virus de Chiroptères tend à le prouver. Néanmoins, certains de ces virus sont présents depuis très longtemps sur un large territoire et l'incidence de la rage humaine qui leur est rapportée est très faible. Cette analyse retrospective reflète sans doute les contacts réduits existant entre l'Homme et les Chiroptères dans nos pays. Cependant, elle constitue aussi un indicateur d'un pouvoir pathogène plus limité pour l'homme que celui des isolats de Mammifères terrestres non volants. La compréhension du pouvoir pathogène pour l'homme passe par de nombreuses études in vitro, ex vivo et in vivo dans des modèles animaux bien caractérisés.

Les déterminants de la pathogénicité virale sont actuellement en cours d'identification. Ils permettront de mieux comprendre les différences de susceptibilité de différentes espèces pour un même virus. Cette identification devrait déboucher sur le développement de nouveaux outils thérapeutiques.