L'établissement de cartes physique et génétique est très important pour des microorganismes tels que les spirochètes chez lesquels l'analyse génétique est balbutiante. Les cartes physiques du chromosome linéaire de B. burgdorferi sensu stricto, B. garinii, et B. afzelii ont été construites définissant respectivement 47, 42 et 32 sites de restriction. Leur taille est de 946, 953 et 948 kbp respectivement. Nous avons isolé un total de 34 gènes de B. burgdorferi comprennant cinq gènes du métabolisme intermédiaire (pgk, moxR, thdF, tpi et sodM), un gène de la biosynthèse des petites molécules (plsC), 18 gènes pour le métabolisme des macromolécules (rrfA, rrfB, rrlA, rrlB, rrs, rpmH, metG, miaA, pth, dnaA, dnaB, dnaN, gidA, gidB, gyrA, gyrB, parE, et rnpA), six gènes de structure de la cellule (bmpA, bmpB , flgK, fliF, fliG et fliH) et quatre gènes de filamentation ou spécifiant une protéine chaperon (ftsA, ftsH, ftsZ, et htpG). Les gènes de B. burgdorferi ont été localisés sur les cartes physiques et ceci nous a permis de contruire des cartes génétiques des trois espèces de spirochètes, agents de la borréliose de Lyme. Les cartes obtenues contiennent 40 loci pour B. burgdorferi, 38 pour B. garinii, et 31 pour B. afzelii. Alors que les trois chromosomes ont peu de sites de restriction en commun, les trois cartes génétiques sont très similaires, suggérant peu de réarrangements majeurs, lors de l'évolution à partir d'un ancètre commun. Les gènes spécifiant les ARN ribosomaux ainsi que des gènes habituellement impliqués dans la réplication, situés près du centre du chromosome, ont fait l'objet de nos études. Les chromosomes de B. burgdorferi, B. garinii et de B. afzelii portent une copie de rrs (spécifiant l'ARN ribosomal 16S ) séparé par 2,2 à 5 kbp de deux copies chacune de rrl et rrf (spécifiant les ARN ribosomaux 23S and 5S). L'arrangement original des gènes spécifiant les ARN ribosomaux (rrs -rrlA rrfA -rrlB rrfB) est spécifique des spirochètes de la borréliose de Lyme. L'ordre des gènes dans la région dnaA de B. burgdorferi diffère de l'ordre consensus chez les eubactéries, suggérant que l'origine de réplication est atypique ou située ailleurs sur le chromosome.