UNITÉ DE CHIMIE ORGANIQUE

Responsable
HUYNH-DINH Tam

e-mail : hdt@pasteur.fr


ERS 558

Département de Biochimie et Génétique Moléculaire
Institut Pasteur
25/28 Rue du Dr. Roux
75724 PARIS Cedex 15

Tél
01 45 68 83 95
Fax
01 45 68 84 04

Secrétariat

GARNIER Marie-Ange

Chercheurs permanents

BALEUX Françoise, IP
BAY Sylvie, IP
CANTACUZENE Danielle, CNRS
HUYNH-DINH Tam, CNRS
MULARD Laurence, IP
POCHET Sylvie, CNRS
SARFATI S. Robert, CNRS

Stagiaires de recherche

BEAUSSIRE Jean-Jacques, Thèse
COSTACHEL Corinne, Thèse
HARTH Estelle, Thèse
RASOLONJATOVO Isabelle, Thèse
THEILLEUX Valérie, Thèse
VICHIER-GUERRE Sophie, Post-doc

Ingénieurs Techniciens Administratifs

BIBEROVIC Vesna
COIC Yves-Marie
DELAFOND Nathalie
DUGUE Laurence
FANTINI Emmanuelle
GOUYETTE Catherine
GROH François
GUERREIRO Catherine
HELYNCK Olivier
HUTEAU Valérie
NAMANE Abdelkader
PATRICIO Francesco
RAGHOUBER Josiane
UGHETTO-MONFRIN Joël, CNRS

Les travaux de recherche fondamentale de l'Unité de Chimie Organique se situent à l'interface de la chimie et de la biologie. Ils concernent la synthèse et l'étude de trois classes importantes de molécules biologiques : les nucléosides ou nucléotides, les peptides et les sucres. Les études de structures ou de conformations de ces molécules, leurs propriétés biologiques ou leurs interactions avec leurs cibles sont effectuées en étroite collaboration avec d'autres équipes de biochimistes ou biophysiciens de l'Institut Pasteur ou d'organismes de recherche extérieurs. Une mission supplémentaire de l'Unité est d'offrir à l'ensemble de la communauté scientifique une production de qualité de fragments d'ADN et d'ARN ainsi que l'analyse des acides aminés.



Synthèse et étude de la réactivité biologique de nucléosides non canoniques

(S. Pochet)

À terme l'objectif est de propager des microorganismes ou des vecteurs génétiques dépendant de l'incorporation de nucléosides pouvant soit présenter des schémas d'appariements nouveaux, soit s'apparier avec toutes les bases classiques (nucléoside ambigu), soit s'auto-apparier. L'intérêt de ce travail a été démontré par la formation d'un nombre élevé de mutations dans les réactions de PCR avec un nucléoside imidazole-4-carboxamide.

Développement d'une méthode de séquençage sans séparation électrophorétique

(S.R. Sarfati)

Le principe est basé sur des triphosphates de nucléosides portant un groupement fluorescent labile en 3'. La mise en évidence d'une nouvelle propriété catalytique des ADN polymérases, celle d'hydrolyser une fonction carbonylée, a conduit à la définition d'un nouveau modèle de triphosphates présentant une fonction siloxane labile. Des analogues 5'-boranophosphates d'AZT mono, di et triphosphates ont été préparés en vue de la détermination de leur activité antivirale.

Prodrogues lipophiles de triphosphates de nucléosides

(T. Huynh-Dinh)

Le développement de prodrogues lipophiles de triphosphates de nucléosides puriques et pyrimidiniques est aussi étudié dans le cadre du transport intracellulaire de composés pharmacologiquement actifs. Dans cette série caractérisée par la présence d'une liaison acyl-phosphate, un dérivé cholestéryl-ATP a démontré sa capacité à traverser une bicouche lipididique et à relarguer l'ATP à l'intérieur de liposomes unilamellaires.

Oligonucléotides (ADN et ARN)

(T. Huynh-Dinh)

La synthèse d'oligoribonucléotides en épingle à cheveux a été poursuivie pour l'étude d'une part de leur conformation et stabilité structurale par différentes techniques spectroscopiques (RMN, IR, Raman) et d'autre part des interactions ARN-ARN ou ARN-protéine en vue de la compréhension du rôle de la nucléocapside NCp7 de VIH dans ses différentes fonctions.

Synthèse peptidique

(F. Baleux)

Notre contribution dans le domaine des récepteurs de chimiokines consiste en la synthèse de dérivés de SDF1 pour étudier leurs interactions avec son récepteur CXCR4. Dans un autre axe de travail est étudiée l'utilisation de peptides synthétiques comme mimes de polysaccharides dans le but de mettre au point un vaccin synthétique contre la shigellose. Ces séquences peptidiques, sélectionnées à partir d'une librairie, sont présentées via le système MAP afin d'évaluer leur pouvoir immunogène.

Caractérisation d'épitopes sucres reconnus par des anticorps monoclonaux protecteurs contre Shigella flexneri

(L. Mulard)

Notre approche suppose la synthèse de séquences obtenues par combinaison linéaire des composants respectifs de chacune des unités répétitives des polysaccharides spécifiques des bactéries étudiées. Les fragments cibles (di, tri et tétrasaccharides linéaires ou branchés) sont synthétisés par voie chimique sous forme de glycosides de méthyle, fonction inerte chimiquement et compatible avec les critères requis par les méthodes employées lors des mesures d'affinité.

Glycosylation de peptides à activité antitumorale

(D. Cantacuzène)

Des marqueurs tumoraux saccharidiques sont couplés à des dérivés de type MAP de façon à stimuler une réponse contre ces épitopes. Deux antigènes sont choisis : 1) l'antigène tau n (alpha-GalNAc-Ser, épitope B) associé à une épitope T peptidique. 2) l'antigène T (Gal-GalNAc). Dans le but de développer des agents thérapeutiques contre les métastases, des glycopeptides dérivés de la séquence RGD ont été étudiés; la synthèse de peptides cycliques par formation d'une liaison amide ou d'un pont disulfure a été réalisée également.

Enseignement

L'Unité participe à un enseignement du Secteur Bioorganique et Biotechnologies à l'Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris.



Work in the Unit of the Organic Chemistry is situated at the interface of chemistry and biology ; it concerns three important classes of biological compounds : nucleosides or nucleotides, peptides and sugars. The synthesis of these molecules allows the determination of their structures or conformations, their biological properties and the interactions with their ligands; these studies are done in collaboration with biochemists or biophysicists at the Pasteur Institute or from other public research organisms. A part of the Unit runs as a facility for the production of high-quality oligonucleotides (DNA and RNA) and the analysis of amino acids.