Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme)


  RESPONSABLEDr BRISSE Sylvain / sbrisse@pasteur.fr
  MEMBRESBERTHET Nicolas / DELANNOY-VIEILLARD Anne-Sophie / DIANCOURT Laure
Dr FOURNIER Bénédicte / GUIGON Ghislaine / Dr ITEMAN Isabelle / REINHARDT Anita

  Rapport d'activité

Créée en janvier 2005, la plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (PF8) collabore avec les laboratoires de surveillance microbiologique tels que les centres nationaux de référence (CNR), les centres collaborateurs de l’OMS et les hôpitaux, dans les domaines du génotypage, de la génétique des populations, et de la microévolution des agents pathogènes. La plate-forme fournit également un appui en cas de bio-urgence. Tous les agents pathogènes, aussi bien que leurs vecteurs, sont considérés : bactéries, virus, parasites, champignons. Nos missions recouvrent (1) des activités de services avec le séquençage et le génotypage haut débit, associées à une réactivité élevée en cas d'épidémies ou de bio-urgence ; (2) des projets de recherche en collaboration dans le domaine de la génétique des populations et de la microévolution des micro-organismes ; (3) des projets de recherche visant à développer ou à évaluer de nouvelles technologies de génotypage.

SERVICES ET BIO-URGENCE

Environ 20.000 séquences de produits de PCR provenant des CNRs ont été réalisées au cours de l’année 2006 pour l'identification de souches, la caractérisation d’antibiorésistance ou de la virulence. Une plate-forme d’analyse des minisatellites a également été mise en place (VNTR/MLVA). En prévision d’une pandémie due au virus H5N1, notre structure s’est préparée en mettant en place un pilote afin de soutenir les entités directement concernées (CNR grippe Nord et CIBU). Dans le contexte d'une épidémie sans précédent de Chikungunya à l’Ile de la Réunion, six génomes complets de virus du Chikungunya ont été séquencés en trois semaines, et l’évolution du virus au cours de l’épidémie retracée par analyse de 120 souches (coll. CNR des Arbovirus, Institut Pasteur, Lyon ; publication dans PLoS, Medicine, juillet 2006).

PROJETS DE RECHERCHE COLLABORATIFS

Douze projets de recherche ont été établis soit dans le cadre du premier appel d’offre de PF8 (juillet 2006) soit par collaboration directe. Ces projets incluent : résistance aux antibiotiques d'Escherichia coli isolés de réservoirs naturels ; définition moléculaire des sérotypes de Salmonella enterica ; surveillance de la résistance de Plasmodium aux artesunates ; génotypage de C. neoformans. Le séquençage d’une souche de Streptococcus pneumoniae serotype 1 est en cours en collaboration avec L. Gutmann (CNR des Pneumocoques, Hôpital Européen Georges Pompidou, Paris ) et la plate-forme Génomique PF1. Des puces à ADN sont développées afin d’étudier l'évolution d’agents pathogènes ou de permettre leur identification, tel que Bordetella (coll. CNR de la coqueluche et autres bordetelloses) ou des virus responsables de syndromes respiratoires (CIBU).

DEVELOPPEMENTS TECHNOLOGIQUES ET BIOINFORMATIQUE

Une puce à ADN de reséquençage (collaboration Affymetrix) est développée à la plate-forme dans le but de détecter de nombreux pathogènes bactériens et viraux, ainsi que les éléments génétiques impliqués dans leur pathogénicité (financement NIH). La plate-forme évalue actuellement une technologie de puce à ADN en suspension (xMAP/Luminex) pour le génotypage des SNPs chez les bactéries. Des développements bioinformatiques portant sur l’analyse des données de puces à ADN et de données de séquence sont en cours.

brisse.jpg



  Site Web de l'unité

Plus d' informations sur notre site web


  Publications de l'unité

Toutes les publications 2006 sur notre base de données




Rapports d'activité 2006 - Institut Pasteur
En cas de problèmes, de remarques, ou de questions concernant cette page Web écrire à rescom@pasteur.fr