Protéomique (Plate-forme)


  RESPONSABLEDr NAMANE Abdelkader / anamane@pasteur.fr
  MEMBRESLAURENT Christine / Dr ROUSSELLE Jean-Claude / Dr TAFELMEYER Petra

  Rapport d'activité

L’objectif principal de la Plate-Forme de Protéomique est la mise en place de technologies performantes pour l’identification et la caractérisation des protéines, en associant des méthodes de séparation telles que l’électrophorèse bidimensionnelle ou la chromatographie liquide à la spectrométrie de masse. Notre activité scientifique, issue de nombreuses collaborations, est associée à une activité de service

La Plate-Forme de Protéomique (PF3), composante de Pasteur-Génopole® Ile-de-France, fait partie du Département de Biologie Structurale et Chimie. Son objectif est de mettre à la disposition du campus, une technologie performante en analyse protéomique.

L'électrophorèse bidimensionnelle (2DE) demeure actuellement la technique de séparation la plus populaire pour les protéines solubles, et permet l’inventaire et la comparaison de l’expression des protéines dans de diverses conditions. Des approches protéomiques « hors-gel » basées sur la chromatographie liquide mono- ou multidimensionnelle couplée à la spectrométrie de masse en tandem (MDLC-MSMS) sont utilisées en complément de la 2DE. Deux spectromètres de masse tandem, le QSTAR XL, et depuis 2006, le 4800 MALDI-TOF/TOF existent dans le laboratoire.

Des expériences de MALDI-MS et de MSMS sont principalement effectuées pour identifier des protéines provenant de gel d’électrophorèse avec une confiance élevée. Nous avons également mis en application le couplage « off line » de la chromatographie liquide capillaire (LC) à cet instrument pour les expériences de LC-MALDI-MSMS, ce qui permet des identifications de protéines à partir d'un mélange complexe. En 2006, de nombreuses approches protéomiques ont été effectuées au sein de la plate-forme. L’objectif principal était l'analyse comparative de l'expression relative des protéines dans différentes conditions de croissance ou de différentes souches d’un organisme. Pour atteindre ce but, la 2DE comparative ou le marquage des peptides par des isotopes stables (iTRAQ) suivis de la MDLC-ESI-MSMS ont été appliqués à Mycobacterium tuberculosis (collaboration avec N. Winter, Génétique Mycobactérienne), à Photorhabdus luminescens (collaboration avec JF Charles, Génétique des Génomes Bactériens), et à Mycobacterium ulcerans (collaboration avec G Reysset, Génétique Moléculaire Bactérienne). L’analyse protéomique ciblée implique l'enrichissement initial en protéines par de diverses méthodologies. Cette approche a été employée dans différents projets, particulièrement pour ceux qui traitaient des interactions de protéine-protéine et du phosphoprotéome. Par exemple, les purifications sélectives des complexes de protéine de la levure employant l'approche du TAP (Tandem Affinity Purification) ont permis l'identification des partenaires impliqués dans les complexes de protéines. Par ailleurs, les résultats obtenus avec le marquage isotopique par iTRAQ ont fourni des informations concernant l'arrangement de l'ordre d’arrangement des protéines dans le processus de maturation des pre-60s (collaboration avec A. Jacquier, Génétique des Interactions Macromoléculaires). La méthode de TAP a été également appliquée à certaines protéines d’intérêt de Helicobacter pylori(collaboration avec H de Reuse, PTR et Pathogénie Microbienne des Muqueuses). La combinaison de la 2DE et des analyses par spectrométrie de masse a permis l'identification des protéines phosphorylées par la kinase Yak1 chez Candida albicans (collaboration avec S Goyard, Biologie et Pathogénécité Fongiques). 

En parallèle à notre activité scientifique, qui implique la plateforme de Protéomique dans de nombreux projets collaboratifs, nous avons aussi une activité de service.

Mots-clés: protéomique, électrophorèse, spectrométrie de masse, LC-MSMS, protéines

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Spectromètre de masse 4800 MALDI-TOF/TOF

The 4800 MALDI-TOF/TOF



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