Synthèse d'oligonucléotides à haut débit (Plate-forme)


  RESPONSABLEGOUYETTE Catherine / oligos@pasteur.fr
  MEMBRES

  Rapport d'activité

Nous effectuons, dans notre plate-forme, exclusivement des synthèses d’oligonucléotides, mais de différents types :soit en plaques 96 puits, pour les puces à ADN et dans ce cas ce sont des oligonucléotides d’une longueur d’environ 70 bases (purifiés sur cartouches C18, vérifiés par HPLC analytique et électrophorèse capillaire), soit des synthèses effectuées « au coup par coup » d’oligonucléotides de longueur très variable, modifiés ou non, purifiés ou non par HPLC et en quantité allant de quelques unités de DO (à 260nm) à quelques milligrammes, soit des synthèses d’ARN et de ARNi purifiés (HPLC, MALDI-TOF)

a) Tout d’abord, un bilan général de ce qui a été fait cette année en format plaque 96 pour les projets retenus par le comité de pilotage de la Génopole  et autres :

  • Dans le cadre du projet de développement de « puces à ADN adaptatives" (Frédéric ARIEY, Institut Pasteur du Cambodge) c’est à dire la création d'une puce pouvant servir de plateforme à de multiples études, PF7 a synhétisé environ 500 oligos dont certains modifiés (amino en 3' ou Cy5 en 5')

  • Pour le projet « Résistance aux antibiotiques in Acinetobacter baumannii » (Patrice COURVALIN, Unité des Agents Antibactériens) dans le but de caractériser les pompes exportant les antibiotiques et la détection des gènes de résistance, la PF7 a synthétisé environ 200 oligos

  • Des primers ont été faits pour l’étude de la microévolution du virus Chicungunya responsable de l’épidémie dans l’Océan Indien pour la plate-forme de santé publique PF8 ainsi que des primers West Nile.

  • Egalement, des oligos pour l’analyse de la virulence du parasite humain Entamoeba histolytica à l’aide de puces à ADN.

  • Nous avons fait des plaques d’oligos pour Plasmodium berghei, ,Plasmodium falciparum.

  • plusieurs plaques 96 de primers pour la plate-forme de Séquencage PF1 (E.coli etc…)

  • des séquences en plaque 96 pour le laboratoire de Génomique virale et vaccination, pour la plate-forme PF6, etc………

b) Comme les années précédentes,dans l’Unité de Chimie Organique, avant la création de la plate-forme, nous faisions des oligonucléotides purifiés par HPLC, nous avons continué cette activité pour les besoins spécifiques de laboratoires avec lesquels nous avons toujours travaillé, tels que :

  • - des " molecular beacons" pour l'Institut Pasteur de Séoul,l’unité de Biologie Cellulaire du Noyau

    et l’unité de Biologie cellulaire du parasitisme avec différents quenchers et fluorophores.

  • des oligos marqués en 5' par Cy5 ou Cy3 pour l'Institut Pasteur du Cambodge,pour l’Unité de Biologie Cellulaire du Parasitisme,

- des ARNi pour le Laboratoire des Virus Entérotropes et Stratégies Antivirales,

- des ARN pour le G5 Génétique et Epigénétique de la drosophile, et pour le laboratoire de Physicochimie Biomoléculaire et Cellulaire,Paris XIII

des oligos ADN ponctuellement pour différentes entités de l'Institut, pour le SMBH (Mahmoud Ghomi, Paris 13)

et enfin, des oligos ADN à l'échelle de quelques dizaines de milligrammes purifiés pour le CRSSA de Grenoble, et pour le Pr Subirana à l'Université de Barcelone avec qui nous travaillons depuis de nombreuses années,

Tous ces oligos ont été purifiés par HPLC et vérifiés par spectrométrie de masse.

Mots-clés: oligonucléotides, siRNA, séquences d’ADN modifiées, « molecular beacon »



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