Puces à ADN (Plate-forme)


  RESPONSABLEDr COPPEE Jean-Yves / jycoppee@pasteur.fr
  MEMBRESDr BISCHOFF Emmanuel / Dr DILLIES Marie-Agnès / Dr JACQUELIN Béatrice
PROUX Caroline / RÉGNAULT Béatrice

  Rapport d'activité

La plate-forme puces à ADN (PF2) a démarré ses activités en 2000. Elle était initialement dédiée au développement des puces sur lames de verre (microarrays) et sur membranes en nylon (macroarrays) pour des études de génomique comparée et d’analyse du transcriptome chez les microorganismes modèles et les pathogènes. Depuis 2003, la plate-forme gère également des projets basés sur la technologie Affymetrix et centrés sur les eucaryotes supérieurs. En 2006, la plate-forme a pris en charge 10 projets macro/microarrays et 12 projets Affymetrix. Ces projets ont été sélectionnés par des comités de pilotage lors d’appels d’offres internes ; il s’agit en général de projets collaboratifs dont la durée est comprise entre quelques mois et plusieurs années. La plate-forme collabore également avec des Unités du réseau des Instituts Pasteur et des équipes non Pasteuriennes. La liste complète des projets en cours est disponible sur le site web de la plate-forme. Les projets consacrés aux microorganismes modèles / pathogènes concernent notamment Legionella pneumophila, Candida glabrata, Entamoeba histolytica, Plasmodium falciparum et Streptomyces lividans. Les projets consacrés aux eucaryotes supérieurs (homme et souris) concernent essentiellement la réponse de l’hôte à l’infection et la biologie du développement.

Ces projets sont centrés sur les axes suivants:

  • étude des facteurs de virulence

  • comparaison de transcriptomes inter-espèces

  • étude des interactions hôte-pathogène

  • étude de l’effet des pressions environnementales (stress, pression immune, pression médicamenteuse) sur le pathogène

  • identification des cibles de régulateurs (virulence, motilité…)

Pour les projets sélectionnés, la plate-forme prend en charge la préparation des puces ainsi que la formation et l’encadrement pour leur utilisation et l’analyse des résultats. Pour les projets basés sur la technologie Affymetrix, la plate-forme réalise également les réactions de marquage et d’hybridation.

L’analyse et la gestion des données représentent environ 40% des activités de la plate-forme. Différents outils permettant la normalisation des données et leur analyse statistique sont développés et installés à la plate-forme. Nous utilisons essentiellement l’environnement R (BioConductor) et plusieurs logiciels commerciaux pour l’exploitation et l’interprétation des données (Arrayminer, S-Plus-ArrayAnalyzer, Ingenuity, Genomatix…).

Tous les équipements et logiciels nécessaires à l’utilisation et à l’analyse des puces à ADN sont accessibles librement à l’ensemble du campus. Ce mode de fonctionnement permet le développement d’interactions étroites entre la plate-forme et les équipes avec lesquelles nous collaborons.

La plate-forme exerce également une activité de formation et d’enseignement. En 2006, nous avons participé à différents cours Pasteur (Génétique cellulaire et moléculaire, Génétique de la souris, Biochimie des protéines) ainsi qu’au cours FEBS « Génomique Microbienne et Humaine ». La plate-forme exerce une importante activité de veille bibliographique et technique de façon à intégrer rapidement les développements techniques et les nouvelles applications de cette technologie.

Mots-clés: Transcriptome, maladies infectieuses, Affymetrix, microarrays, Analyse des données



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