Analyse et microséquençage des protéines (Plate-forme)


  RESPONSABLEDr D’ALAYER Jacques / jdalayer@pasteur.fr
  MEMBRESDr EXPERT-BEZANCON Nicole

  Rapport d'activité

La Plate-forme poursuit ses deux activités :

D’une part, le microséquençage chimique des protéines et, d’autre part, l’analyse des protéines au moyen de la technologie des « ProteinChip arrays » de Ciphergen (actuellement Bio-Rad) ; technologie qui combine la capture des protéines sur différentes surfaces chimiques et l’analyse par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF.

Ces activités sont réalisées tant au bénéfice de l’Institut Pasteur qu’au bénéfice des laboratoires extérieurs.

Le microséquençage chimique des protéines est resté au cours de l’année une activité importante. La détermination des séquences est faite, soit à partir de protéines et peptides purifiés ou partiellement purifiés, soit à partir de fragments internes à ces molécules. Ces fragments internes sont obtenus, à la Plate-forme, par coupure enzymatique et purifiés par chromatographie de type HPLC. Les séquences sont ensuite déterminées par séquençage automatique selon la méthode chimique décrite par Edman. Les deux séquenceurs utilisés, de marque Applied Biosystems, sont un ABI 473A et un ABI 494. Un renouvellement est prévu en 2007. Une activité de conseil pour la préparation des échantillons est aussi proposée. Des expériences et analyses à façon sont aussi réalisées.

Au cours de l’année, 406 échantillons ont été analysés pour 42 laboratoires dont 16 laboratoires extérieurs (21 % des échantillons).

L’analyse des peptides et protéines par capture sur différentes surfaces chimiques (ProteinChips) et leur visualisation par spectrométrie de masse (SELDI-TOF-MS) de Bio-Rad (http://www.Bio-Rad.com/proteinchip/) est en constante augmentation à l’Institut.

La diversité des analyses possibles, la sensibilité et la rapidité en font une technique de choix.

Par exemple: l’analyse de l’expression différentielle de protéines (découverte et validation de biomarqueurs), l’analyse d’interactions moléculaires spécifiques, l’aide à la purification, la caractérisation et l’identification de protéines, la recherche de site de phosphorylation, glycosylation etc …

Des analyses ont été réalisées pour 38 personnes de l’Institut.

Un accroissement de la formation à cette technologie est prévu en 2007.

Mots-clés: Protéines, microséquençage, ProteinChip, SELDI-TOF, spectrométrie de masse

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