Logiciels et Banques de données


  RESPONSABLECAUDRON Bernard / caudron@pasteur.fr
  MEMBRESDr BOUIGE Philippe / DEVEAUD Éric / JOLY Nicolas / JONES Louis / JORGE Catherine
Dr LETONDAL Catherine / Dr MAUFRAIS Corinne / MÉNAGER Hervé / NÉRON Bertrand

  Rapport d'activité

Le Groupe “Logiciel et Banques de données” est responsable de l’installation, la maintenance et l’interfaçage de logiciels biologiques pour les chercheurs, ainsi que de la maintenance et la mise à disposition d’un choix de banques de données biologiques internationales. Nous fournissons la conception de banques de données scientifiques permettant la mise en ligne des résultats de laboratoires. Les interfaces utilisées pour présenter les logiciels biologiques sont en pleine refonte. Le groupe participe à des activités d’enseignement.

Logiciels pour la biologie :

L'ensemble des logiciels disponibles pour la biologie est réparti en 135 paquetages regroupant environ 700 programmes. L'installation, la mise à jour et le suivi de ces logiciels représentent la majeure partie du travail du groupe. Les paquetages logiciels sont en cours d'installation sur le nouveau « cluster ». Pour rendre l'accès plus convivial à ces logiciels, nous avons construit 380 interfaces Web qui guident l'utilisateur dans le choix des programmes. Ce service est ouvert sur le campus et sur l'extérieur, il est comparable à celui que fournissent réciproquement le NCBI, l'EBI ou le SIB aux chercheurs du monde entier. Le projet Mobyle, s'appuyant sur des études réalisées depuis fin 2003, destiné à améliorer l'actuel portail d'analyses bioinformatiques, est arrivé aux 90% de sa réalisation. Telle est la plus grande activité du groupe; il occupe 6 personnes dont les efforts contribuent à finaliser l’installation du « cluster ».

Banques de données Biologiques : (N. Joly)

La mise à jour des logiciels biologiques est assurée par un automate développé dans le groupe qui va chercher périodiquement les banques originales pour accéder ensuite aux copies locales. La difficulté de la tâche réside dans le volume important des données à gérer. La place occupée sur disques pour la totalité des formats représente au total 1 700 Gb. Actuellement 36 banques sont disponibles , dont Embl, GenBank, RefSeq, Uniprot, Nrprot, Genpept, Pdb et Interpro.

Bases de données : (L. Jones, C. Jorge)

De nouvelles bases de données ont été ajoutées pour présenter sur le web le génome eucaryote Candida albicans, Aspergilus Fumigatus, Mycobacterium Smegmatis et une base de données pour la biodiversité. Une base de données a été développée pour l'unité de Génétique Moléculaire Murine, pour analyser, comparer et annoter les régions du chromosome X autour du gène Xist, de souris et de bovin. Une collaboration avec le " Centre de ressources en biostatistiques, épidémiologie et pharmaco-épidémiologie " mène au développement et à l'expérimentation d'outils de recueils d'informations via des bases de données sécurisées et via Internet (eCRF) adaptés à la recherche pharmaco-épidémiologique.

Formation de bioinformatique: (C. Maufrais)

Des cours de deux semaines pour l’utilisation autonome et critique des logiciels d’analyse de données biologique ont lieu chaque année, ils concernent environ trente chercheurs, des techniciens ou stagiaires dans la création d'outils logiciels. Des cours d’initiation à la bioinformatique font partie du Cours Analyse de Génome, le cours de Génétique Moléculaire et Cellulaire. En 2006, des cours internationaux ont été dispensés au Maroc, en Uruguay et au Sénégal.

Enseignements: (C. Letondal, C. Maufrais, K. Schuerer, E. Deveaud)

Ce cours a comme objectif de donner à des biologistes une autonomie dans la création d'outils logiciels. Après une partie théorique introduisant les bases de l'informatique et impliquant une vingtaine d'enseignants au total (pour moitié appartenant à l'Institut Pasteur), 16 élèves ont appliqué leurs connaissances à la réalisation d'un projet bioinformatique, un problème réel, proposé soit par le laboratoire de l'étudiant, soit par l'un des tuteurs du cours.

Mots-clés: bioinformatique, logiciels scientifiques, banques de données, bases de données



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