Collection de l'Institut Pasteur


  RESPONSABLEDr BIZET Chantal / bizet@pasteur.fr
  MEMBRESBIMET François / Dr CLERMONT Dominique

  Rapport d'activité

La Collection de l’Institut Pasteur (CIP) a pour mission d’assurer la maintenance et l’enrichissement de la collection des bactéries de l’Institut Pasteur, la diffusion d’informations (caractères phénotypiques, propriétés particulières, pouvoir pathogène...) concernant les souches distribuées, le développement d’une recherche sur l’identification, la taxonomie, la conservation des bactéries. La Collection a été certifiée selon le référentiel ISO 9001 version 2000 en juin 2001. Partie intégrante du Centre de Ressources Biologiques de l’Institut Pasteur, elle participe à plusieurs projets internationaux et nationaux pour la mise en place de Centres de Ressources Biologiques.

1. Gestion du stock de souches

La Collection dispose aujourd’hui de plus de 9 000 souches inscrites au catalogue. Chaque année, de nouvelles souches sont incorporées dans la collection (environ 300), provenant soit de chercheurs de l’Institut Pasteur, soit de collections étrangères selon des accords d’échanges entre les collections, soit de dépôts de souches nouvellement décrites après contact avec des chercheurs étrangers ou français. La collection regroupe également des plasmides, des transposons, des souches hôtes et des sondes. Le dédoublement de la collection permet de conserver les souches dans 2 endroits différents et par 2 techniques différentes (lyophilisation et congélation à - 80°C, ou congélation dans l’azote liquide et à - 80°C pour les souches qui ne supportent pas la lyophilisation).

2. Contrôle en routine des souches de la CIP

a) Electrophorèse des protéines totales et chimiotaxonomie

Ce laboratoire contribue aux développements de méthodes d’identification bactérienne par l’analyse fine de constituants de la paroi bactérienne et des protéines totales. Les principales techniques utilisées sont la chromatographie planaire et ses dérivés ainsi que l’électrophorèse en gel discontinu.

Une banque de données est en cours d’enrichissement et comprend les profils protéiques (environ 5000 souches).

b) Ribotypage

Une base de données d’environ 900 profils obtenus par ribotypage a été réalisée.

c) Caractérisation moléculaire

Toutes les souches nouvellement incorporées à la collection sont identifiées par séquençage du gène codant pour l’ARNr 16s. Progressivement les anciennes souches seront également séquencées sur ce gène.

3. Assurance Qualité

L’ensemble des activités de la CIP est formalisé par écrit au sein d’un système documentaire architecturé et adapté à l’organisation de la CIP. Les opérations sont enregistrées. Les dispositions mises en place sont en permanence appliquées et améliorées. Régulièrement des audits internes sont réalisés afin d’évaluer les éventuels écarts entre “ ce qui est fait et ce qui est écrit ”. Des indices Qualité sont établis à partir des incidents du laboratoire relevés et des réclamations des clients. Des actions correctives et préventives sont déclenchées si nécessaire. La certification (norme ISO 9001) est attribuée pour une période de 3 ans. Mais, chaque année, elle doit être reconduite suite à un audit de suivi.

La CIP a renouvelé sa certification dans la cadre de la création du CRBIP en 2006 selon le référentiel ISO 9001 version 2000 et les méthodes utilisées par la CIP pour l’identification ont été accréditées en 2006 selon la norme 17025.

4. Caractérisation taxonomique des souches de Microbacterium

Récemment de nouvelles espèces de Microbacterium ont été décrites et des changements dans la nomenclature se sont produits, ainsi les deux genres Aureobacterium et Microbacterium ne forment plus actuellement qu’un seul genre, le genre Microbacterium. A ce jour, le genre Microbacterium comporte 20 espèces. 15 souches appartenant au genre Microbacterium, isolées d’infections humaines et non identifiées au niveau de l’espèce ont été étudiées en utilisant une souche phénotypique incluant des tests conventionnels, des galeries commerciales APY ZYM, API 50CH pour déterminer les profils de fermentation et les réactions enzymatiques et une approche moléculaire basée sur le séquençage du genre codant pour l’ARNr 16S.

Les résultats obtenus ont établi les liens de parenté entre certaines des souches étudiées et les espèces de Microbacterium connues. De plus, deux souches se sont révélées appartenir à une nouvelle espèce de Microbacterium.

5. Séquençage du gène codant pour l’ARN 16S des souches types de la Collection

Dans le cadre d’un appel d’offre de la Génopole de l’Institut Pasteur, et afin de contribuer à l’enrichissement de la base de données de la CIP, le gène codant pour l’ARNr 16S des souches types est séquencé systématiquement. Le séquençage est disponible pour plus de 2 800 souches.

6. Prestations de services

A la CIP sont conservées des collections bactériennes de laboratoires extérieurs à l’Institut Pasteur. Ces collections font l’objet d’un contrat de maintenance.

Cette activité est incluse depuis 2002 dans le champ de la certification ISO des activités de la Collection.

7. Les relations nationales

Le Ministère de la Recherche a décidé de créer des Centres de Ressources Biologiques (CRB) au niveau national, pilotés par un Comité Consultatif des Ressources Biologiques. Ce Comité dont fait partie la CIP a pour mission de constituer le réseau national des CRB en mettant en place l’Assurance Qualité des Collections et contrôler le lancement d’appels à proposition pour la labellisation et le financement des CRB agréés.

8. Les relations internationales

La CIP fait partie de diverses organisations officielles : l’ECCO (European Culture Collections’Organization –www.eccosite.org), EBRCN (European Biological Resource Centres Network – www.ebrcn.org), CABRI (Common Access to Biotechnological Resources and Information – www.cabri.org) et la WFCC (World Federation for Culture Collection).

1. En 1999, l’OCDE (Organisation de Coopération et de Développement Economiques) a initié à Tokyo un travail international afin d’examiner les conditions nécessaires au soutien des Centres de Ressources Biologiques (CRB).

L’OCDE a confié à la France la Présidence d’un groupe d’étude chargé d’évaluer la faisabilité de la création d’un réseau international de Centres de Ressources Biologiques. La CIP fait partie de la délégation française et pilote la rédaction des documents concernant la mise en place de la démarche qualité et la rédaction des chartes prescriptions obligatoires relatives au fonctionnement des Centres de Ressources Biologiques.

2. La CIP participe au projet européen EBRCN (European Biological Resource Centres Network)

Ce projet européen permet à l’Europe :

. d’exploiter les expertises des CRB dans le domaine de l’information,

. d’établir des politiques communes,

. de maintenir un haut niveau de qualité pour tous les services offerts par les Collections européennes.

Les objectifs du projet sont les suivants :

. établir un réseau de Centres de Ressources Biologiques comprenant des organismes vivants, leurs composants (tels que les acides nucléiques, les sondes, etc.) et les données de bases de données associées, et ainsi de répondre aux récentes initiatives de OCDE dans un contexte international.

. développer des standards européens pour les CRB, basés sur les systèmes de gestion de qualité existants.

. établir un cadre pour maximiser la complémentarité et minimiser la multiplication inutile parmi les CRB européens.

. introduire de nouvelles techniques en Technologie de l’Information afin d’ajouter de la valeur aux informations contenues dans les catalogues et d’en améliorer l’accès.

. recueillir et distribuer des informations pertinentes sur les CRB.

Mots-clés: taxonomie, séquençage, biodiversité, collection, bactéries, expertise, conservation, CRB



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