La Plate-forme Génomique (PF1) réalise des projets collaboratifs avec différentes équipes de l’Institut Pasteur dans le cadre du programme Génopole en Microbiologie subventionné par le Ministère de l’Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie (Réseau des Génopoles). Ces projets de génomique à grande échelle sont réalisés en utilisant des procédures semi-automatisées. Bien que l’essentiel des projets soient consacrés au séquençage de génomes complets de microorganismes. PF1 a réalisé également des projets de typage moléculaire et des projets de MLST.

La Plate-forme est rattachée au Département Structure et Dynamique des Génomes et fait partie de Pasteur Genopole® Ile-de-France.

Projets réalisés en 2005

Partial genome sequencing of a brasilian strain of Mycobacterium leprae

Nadine Honoré – Unité de Génétique moléculaire bactérienne

Genome sequencing of Streptococcus gallolyticus NEM2135

Patrick Trieu-Cuot– Laboratoire mixte IP-Necker de recherche sur les streptocoques et streptococcies

Low coverage genome sequencing of six strains of yeast

Cécile Fairhead – Unité de Génétique moléculaire des levures

MLST fo strains of Candida albicans

Marie-Elisabeth Bougnoux – Unité postulante Biologie et Pathogénicité fongiques

Allelic diversity of Toll-like receptor family

Luis Quintana-Murci – Unité de prévention et thérapies moléculaires

Projets en cours de réalisation

Molecular typing of CIP Bacteria strains

Chantal Bizet – Collection

Allelic diversity of Plasmodium falciparum

Odile Puijalon – Unité d'Immunologie Moléculaire des Parasites

Complete genomic sequence of Microcystis aeruginosa (4,6 Mb)

Nicole Tandeau de Marsac – Unité des Cyanobactéries

Genome sequencing of Leptospira biflexa

Mathieu Picardeau – Unité de Bactériologie moléculaire et médicale

Genome sequencing of Helicobacter pylori (associée à un lymphome du MALT)

Agnés Labigne – Unité de Pathogénie bactérienne des muqueuses

Genome sequencing of E. coli 55989 (collaboration with Genoscope)

Chantal le Bouguenec – Unité de Pathogénie bactérienne des muqueuses

Mots-clés: Séquençage haut débit, Génomique, Analyse de séquences