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     Cristallogenèse et Diffraction des rayons X (Plate-forme)


  Responsable : ALZARI, Pedro M. (alzari@pasteur.fr)


  resume

 

L'objectif de la plate-forme est de mettre à disposition des équipes de cristallographie sur le campus l'ensemble des équipements pour la cristallogenèse, l'informatique et la diffraction des rayons X, et de développer des méthodologies à haut débit pour le clonage, la production et la cristallisation de protéines, grâce à l'automatisation et à la miniaturisation des différentes étapes du processus. Au cours des deux dernières années, plus d'une centaine de protéines ont été soumises à des essais automatiques de cristallogenèse. La plupart de ces essais (60%) correspondent au projet de génomique structurale des mycobactéries décrit ci-dessous, alors que le reste viennent de différents laboratoires de cristallographie sur le campus ou de collaborations de la PF6 avec des biologistes.




  rapport

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Génomique Structurale des Mycobactéries

Grâce au soutien du Réseau National des Génopoles, des contrats européens SPINE et X-TB, et de l'Institut Pasteur, nous avons entrepris un projet de génomique structurale de mycobactéries. Le choix de cibles, basé s'appuyant sur l'analyse comparative des génomes de M. tuberculosis et M. leprae . Ces cibles comprennent des protéines impliquées dans la croissance bactérienne et/ou la virulence des mycobactéries, mais aussi d'autres protéines de fonction inconnue dont l'analyse génomique comparative suggère leur possible importance comme cibles thérapeutiques. Ce projet a permis la mise en place de deux plates-formes technologiques, l'une pour la production de protéines recombinantes (http://www.pasteur.fr/recherche/genopole/PF5) et l'autre pour le clonage et la cristallogenèse à haut débit (http://www.pasteur.fr/recherche/genopole/PF6). Au cours du projet, plus de 400 gènes mycobactériens ont été clonés dans des vecteurs d'expression bactériens, plusieurs protéines purifiées ont été soumises à des essais de cristallisation et, à ce jour, une quinzaine de structures tridimensionnelles ont été déterminées à haute résolution.

Autres projets en cours

La PF6 est impliquée dans d'autres projets visant l'analyse cristallographique de protéines et de complexes protéine-ligands ; à travers de collaborations avec d'autres laboratoires. Une liste non-exhaustive de projets en cours de réalisation inclut :

- protéines impliquées dans la metacyclogenèse de Trypanosoma cruzi (projet Amsud-Pasteur),

- protéines secrétées de Chlamydia, qui pourraient être impliquées dans la pathogénicité (coll. A. Subtil, IP),

- protéines kinases humaines complexées à des inhibiteurs (R. Biondi, Univ. Saarland, Allemagne),

- anticorps anti-LPS de V. cholerae (coll. J. M. Fournier, IP),

- l'UMP-CMP humaine complexée à des inhibiteurs (coll. D. Deville-Bonne, Institut Jacques Monod, Paris),

- sérine protéases SUB1/2 de P. falciparum (coll. J.C. Barale, PTR, IP),

- protéine kinase Yak1 de Candida (coll. G. Janbon, PTR, IP).

Figure: Trois protéines de fonction inconnue de M. tuberculosis

Mots-clés: genomique structurale, purification de protéines, cristallogenèse, diffraction des rayons-X, LIMS



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  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
  FRAYSSE, Jocelyne, (jfraysse@pasteur.fr) ALZARI, Pedro M., Professeur IP (alzari@pasteur.fr) HINDIE, Valerie, Etudiante en thèse (zac@pasteur.fr) HAOUZ, Ahmed, Ingénieur IP (ahaouz@pasteur.fr)

MASIA, Nathalie, ITA CNRS (masia@pasteur.fr)

MIRAS, Isabelle, Ingénieur IP (imiras@pasteur.fr)


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