Unité: Protéomique (Plate-forme)

Responsable: Namane Abdelkader

L'objectif principal du Plate-Forme de Protéomique est la mise à place des technologies performantes pour l'identification et la caractérisation des protéines, en associant des méthodes de séparation telles que l'électrophorèse bidimensionnelle ou la chromatographie liquide à la spectrométrie de masse. Notre activité scientifique, issue de nombreuses collaborations, est associée à une activité de service.

La Plate-Forme de Protéomique (PF3), composante de Pasteur-Génopole® Ile-de-France, fait partie du Département de Biologie Structurale et Chimie. Son objectif est de mettre à la disposition du campus, une technologie performante en électrophorèse bidimensionnelle et en spectrométrie de masse.

L'électrophorèse bidimensionnelle reste actuellement la technique la plus résolutive de séparation des protéines solubles et permet d'établir une cartographie du protéome. Les approches " immobiline " et " ampholine " sont utilisées.Des améliorations dans la préparation des échantillons (fractionnement, kit de nettoyage) ont été initiées au cours de l'année.

En ce qui concerne la spectrométrie de masse, nous disposons de trois instruments qui dans l'ordre d'installation sont un electrospray triple quadripôles (API 365, ABI-MDS-SCIEX), un instrument de type maldi temps de vol, Maldi-Tof, (Voyager DE-STR, ABI-PerSeptive Biosystems), et un instrument de type hybride " quadripôle-temps de vol " (QSTAR XL, ABI-MDS-SCIEX). Les deux premiers instruments nous ont permis l'identification des protéines dans les banques de données, par carte peptidique massique, à partir de leur digestion par la trypsine dans le gel d'électrophorèse et la caractérisation des biomolécules. L'instrument hybride, QSTAR XL, a été installé en 2003, il nous permet d'accéder à l'approche protéomique utilisant la chromatographie liquide mono ou multidimensionnelle couplée à la spectrométrie de masse , nD LC-MSMS, qui est appelée " shotgun proteomics ".

Trois types d'approches protéomiques ont été suivis au cours de l'année 2004. Une approche protéomique comparative permet la visualisation et l'identification des variations d'expression dans le protéome d'une espèce. Dans l'étude protéomique des interactions bactérie-hôte, entre Photorhabdus luminescens et Bombyx mori, nous avons identifiés des protéines intervenant dans le contrôle du processus infectieux chez l'insecte (JF Charles, Génétique des Génomes Bactériens). L'approche protéomique globale permet de réaliser un inventaire du contenu protéique. L'étude du protéome de Mycobacterium ulcerans se fait en plusieurs étapes constituées par l'identification des protéines solubles, des protéines membranaires et des protéines exportées. Cette approche utilise le Maldi-tof pour l'identification des protéines par la carte peptidique massique et une approche " shogun proteomics ", nD LC-MSMS ( Gilles Reysset, Génétique moléculaire bactérienne).

L'approche protéomique " ciblée " implique l'enrichissement préalable des protéines d'intérêt par diverses méthodologies. Ainsi l'analyse d'une fraction protéique issue d'un compartiment cellulaire isolé, permet de visualiser des protéines de faible abondance, et la réalisation d'un inventaire protéique de ce compartiment. Apres purification par CLHP, nous avons continué à réaliser l'étude structurale de fragments de peptidoglycane de pathogènes humains tels que Helicobacter pylori et  Listeria monocytogenes. (Ivo BONECA, Pathogénie Bactérienne des Muqueuses). Par ailleurs, nous avons poursuivi l'étude des sites de protéolyse du récepteur de l'urokinase (CD87/uPAR) par des protéinases d'intérêt physiopathologique pour mieux comprendre les mécanismes d'expression de l'activité chimiotactique associée à CD87 (D. PIDARD, Défense Innée et Inflammation). Par l' utilisation de mutations conditionnelles , suivie de purifications sélectives des complexes protéiques bloqués à des étapes précises , l'approche TAP (Tandem Affinity Purification) nous a permis de continuer l'identification des partenaires constituants ces complexes protéiques chez la levure, nécessaires à la maturation des ARN ribosomaux et leur ordre d'assemblage. Environ 50 partenaires ont été identifiés. Ce projet se développe actuellement avec des approches quantitatives utilisant des isotopes stables : le ICAT (Isotope-Coded Affinity Tag) et le SILAC (Stable-Isotope Labelling with Amino acids in Cell culture).L'approche quantitative donne des résultats très encourageants dans la détermination de l'ordre d'assemblage des partenaires (A. Jacquier, Génétique des Interactions Macromoléculaires).

Parallèlement à ces contributions, la Plate-Forme de Protéomique a également une activité de service.

Mots-clés: protéomique, électrophorèse, spectrométrie de masse, LC-MSMS, protéines


Rapports d'activité 2004 - Institut Pasteur
filet

Debut de Page recherche Portail Institut Pasteur

En cas de problèmes, de remarques, ou de questions concernant cette page Web écrire à rescom@pasteur.fr