La Plate-forme Génomique (PF1) réalise des projets collaboratifs avec différentes équipes de l'Institut Pasteur dans le cadre du programme Génopole en Microbiologie subventionné par le Ministère de l'Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie (Réseau des Génopoles). Ces projets de génomique à grande échelle sont réalisés en utilisant des procédures semi-automatisées. Bien que l'essentiel des projets soient consacrés au séquençage de génomes complets de microorganismes. PF1 a réalisé également des projets de séquençage de collections d'EST ("Expressed Sequence Tag" et de typage moléculaire et des projets de MLST.

La Plate-forme est rattachée au Département Structure et Dynamique des Génomes et fait partie de Pasteur Genopole® Ile-de-France.

Situation au 10 janvier 2005

• Complete genomic sequence of Candida glabrata (13 Mb)
• Bernard Dujon - Unite de Génétique Moléculaire des Levures
• Comparative Genomic - Tuberculosis complex
• Karin Eiglmeier - Thierry Garnier - Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne
• Genome sequencing of Mycobacterium ulcerans
• Timothy Stinear - Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne
• Genome sequencing of Legionella pneumophila (souche Paris) et variant lensois
• Carmen Buchrieser - Laboratoire de Génomique des Microorganismes Pathogènes
• PCR products sequencing - ORF of Helicobacter pylori
• Agnés. Labigne - Unité de Pathogénie Bactérienne des Muqueuses
• Molecular evolution of snake venom enzymes
• Valérie Choumet - Unite des Venins
• EST sequencing of Aspergillus nidulans
• Christophe d'Enfert - Unite Biologie et Pathogénicité Fongiques
• EST sequencing of Entamoeba histolytica
• Nancy Guillen - Unité postulante de Biologie Cellulaire du Parasitisme
• EST sequencing of Plasmodium yoelli
• George Snounou - Unité de Parasitologie Biomédicale
• EST sequencing of Theileria annulata
• Gordon Langsley - Laboratoire de Signalisation Immunoparasitaire
• Multilocus Sequence Typing of Candida albicans strains
• Christophe d'Enfert - Unite Biologie et Pathogénicité Fongiques

Projets en cours de réalisation

• Molecular typing of CIP Bacteria strains
• Chantal Bizet - Collection
• Allelic diversity of Plasmodium falciparum
• Odile Puijalon - Unité d'Immunologie Moléculaire des Parasites
• Complete genomic sequence of Microcystis aeruginosa (4,6 Mb)
• Nicole Tandeau de Marsac - Unité des Cyanobactéries
• Genome sequencing of Vibrio lentus (souche Mel 32)
• Didier Mazel - Unité Postulante Plasticité du Génome bactérien
• Genome sequencing of Leptospira biflexa
• Mathieu Picardeau - Unité de Bactériologie moléculaire et médicale
• Genome sequencing of Streptococcus gallolyticus NEM2135
• Patrick Trieu-Cuot- Laboratoire mixte IP-Necker de recherche sur les streptocoques et streptococcies
• Genome sequencing of Helicobacter pylori (associée à un lymphome du MALT)
• Agnés Labigne - Unité de Pathogénie bactérienne des muqueuses

Mots-clés: Séquençage haut débit, Génomique, Analyse de séquences