Genomic platform (PF1) realize large-scale projects with several teams of Pasteur Institute as part of Genopole programm on Microbiology initiated by the Ministry of Education and Research. Genomic projects have been selected by a steering committee. These projects have been realized following a automation-based protocol. Genomic Platform belongs to Structure and dynamic of genomes department.

Situation at 10 january 2005

Projects completed since 2000

• Complete genomic sequence of Candida glabrata (13 Mb)
• Bernard Dujon - Unite de Génétique Moléculaire des Levures
• Comparative Genomic - Tuberculosis complex
• Karin Eiglmeier - Thierry Garnier - Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne
• Genome sequencing of Mycobacterium ulcerans
• Timothy Stinear - Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne
• Genome sequencing of Legionella pneumophila strain Paris and strain Lens
• Carmen Buchrieser - Laboratoire de Génomique des Microorganismes Pathogènes
• PCR products sequencing - ORF of Helicobacter pylori
• Agnés. Labigne - Unité de Pathogénie Bactérienne des Muqueuses
• Molecular evolution of snake venom enzymes
• Valérie Choumet - Unite des Venins
• EST sequencing of Aspergillus nidulans
• Christophe d'Enfert - Unite Biologie et Pathogénicité Fongiques
• EST sequencing of Entamoeba histolytica
• Nancy Guillen - Unité postulante de Biologie Cellulaire du Parasitisme
• EST sequencing of Plasmodium yoelli
• George Snounou - Unité de Parasitologie Biomédicale
• EST sequencing of Theileria annulata
• Gordon Langsley - Laboratoire de Signalisation Immunoparasitaire
• Multilocus Sequence Typing of Candida albicans strains
• Christophe d'Enfert - Unite Biologie et Pathogénicité Fongiques

Current projects

• Molecular typing of CIP Bacteria strains
• Chantal Bizet - Collection
• Allelic diversity of Plasmodium falciparum
• Odile Puijalon - Unité d'Immunologie Moléculaire des Parasites
• Complete genomic sequence of Microcystis aeruginosa (4,6 Mb)
• Nicole Tandeau de Marsac - Unité des Cyanobactéries
• Genome sequencing of Vibrio lentus (souche Mel 32)
• Didier Mazel - Unité Postulante Plasticité du Génome bactérien
• Genome sequencing of Leptospira biflexa
• Mathieu Picardeau - Unité de Bactériologie moléculaire et médicale
• Genome sequencing of Streptococcus gallolyticus NEM2135
• Patrick Trieu-Cuot- Laboratoire mixte IP-Necker de recherche sur les streptocoques et streptococcies
• Genome sequencing of Helicobacter pylori (associée à un lymphome du MALT)
• Agnés Labigne - Unité de Pathogénie bactérienne des muqueuses

Keywords: High-throughput sequencing, Genome, Sequence analysis