Unité: Protéomique

Responsable: NAMANE Abdelkader

L'objectif principal de la plate-forme de Protéomique est la mise en place de technologies performantes pour l'identification et la caractérisation des protéines, en associant des méthodes de séparation telles que l'électrophorèse bidimensionnelle ou la chromatographie liquide à la spectrométrie de masse. Notre activité scientifique, issue de nombreuses collaborations, est associée à une activité de service.

La plate-forme de Protéomique (PF3), composante de Pasteur-Génopole® Ile-de-France, fait partie du Département de Biologie Structurale et Chimie. Son objectif est de mettre à la disposition du campus une technologie performante en électrophorèse bidimensionnelle et en spectrométrie de masse. L'électrophorèse bidimensionnelle reste actuellement la technique la plus résolutive de séparation des protéines solubles et permet d'établir une cartographie du protéome. Les approches " immobiline " et " ampholine " sont utilisables. En ce qui concerne la spectrométrie de masse, nous disposons de trois instruments qui, dans l'ordre d'installation, sont un API 365 (ABI-MDS-SCIEX) de type electrospray triple quadripôles, un Voyager DE-STR (ABI-PerSeptive Biosystems) de type maldi temps de vol, et un QSTAR XL (ABI-MDS-SCIEX), instrument hybride de type " quadripôle temps de vol ", acquis en 2003. Les deux premiers instruments nous ont permis l'identification des protéines dans les banques de données à partir de leur digestion par la trypsine dans le gel d'électrophorèse et la caractérisation des biomolécules. L'instrument hybride de type (QSTAR XL, Sciex) a été installé en 2003, il nous permettra d'accéder aux approches d'analyses protéomiques utilisant la chromatographie liquide mono ou multidimensionnelle couplée à la spectrométrie de masse.

Deux types d'approches protéomiques ont été suivis au cours de l'année 2003. Une approche " globale " permet la visualisation et l'identification des variations dans le protéome d'une espèce. Chez Photorhabdus luminescens, nous avons exploré la régulation globale du métabolisme et le contrôle du processus infectieux, et identifié les protéines intervenant dans ces mécanismes (JF Charles, Génétique des Génomes Bactériens). La même approche a été suivie pour identifier des protéines impliquées dans l'expression du régulateur PhoP/PhoR de Mycobacterium tuberculosis. (M. JACKSON et B. GICQUEL, Génétique Mycobactérienne). Par électrophorèse bidimensionnelle, l'analyse comparative des profils protéiques de différents mutants du facteur de transcription Notch1a a été réalisée pour identifier les résidus phosphorylés dans le domaine PEST C-terminal (N. GUPTA, Biologie Moléculaire du gène).

L'approche " ciblée " implique l'enrichissement préalable des protéines d'intérêt par diverses méthodologies. Ainsi l'analyse d'une fraction protéique issue d'un compartiment cellulaire isolé, permet de visualiser des protéines de faible abondance, et la réalisation d'un inventaire protéique de ce compartiment. Après purification par CLHP, nous avons pu réaliser l'étude structurale de fragments de peptidoglycane du pathogène humain Neisseria meningitidis. 28 muropeptides ont été caractérisés (Ivo BONECA, Pathogénie Bactérienne des Muqueuses). Par ailleurs, nous nous sommes intéressés à l'étude des sites de protéolyse du récepteur de l'urokinase (CD87/uPAR) par des protéinases d'intérêt physiopathologique pour mieux comprendre les mécanismes d'expression de l'activité chimiotactique associée à CD87 (D. PIDARD, Défense Innée et Inflammation). Nous avons commencé l'identification des partenaires nucléaires et mitochondriaux de la protéine pro-aptotique AIF (Apoptosis Inducing Factor), isolés par immuno-précipitation, qui interviennent dans la mort cellulaire indépendante des caspases (S. SUSIN, Apoptose et Système Immunitaire). Par l'utilisation de mutations conditionnelles, suivie de purifications sélectives des complexes protéiques bloqués à des étapes précises, l'approche TAP (Tandem Affinity Purification) nous a permis de commencer l'identification des partenaires constituants ces complexes protéiques chez la levure, nécessaires à la maturation des ARN ribosomaux et leur ordre d'assemblage. Environ 50 partenaires ont été identifiés. Ce projet se développe avec des approches quantitatives utilisant des isotopes stables : le ICAT (Isotope-Coded Affinity Tag) et le SILAC (Stable-Isotope Labelling with Amino acids in Cell culture) (A. Jacquier, Génétique des Interactions Macromoléculaires).

Parallèlement à ces contributions, la plate-forme de Protéomique a également une activité de service.

Mots-clés: protéomique, électrophorèse, spectrométrie de masse, analyse, identification, protéines


Activity Reports 2003 - Institut Pasteur
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