Unité: Puces à ADN

Responsable: Coppée, Jean-Yves

La plate-forme a pour vocation le développement des puces à ADN pour l'étude (génomique comparée et analyse du transcriptome) des microorganismes modèles et des maladies infectieuses (microorganismes pathogènes et réponse de l'hôte à l'infection). Nous disposons de l'équipement nécessaire à la réalisation et l'utilisation de puces sur divers supports (verre, Nylon, Affymetrix) ainsi que de plusieurs outils statistiques et bioinformatiques indispensables à l'analyse, l'interprétation et à la gestion des résultats.

Introduction

La disponibilité des séquences complètes des génomes d'un nombre croissant de microorganismes et les potentialités des nouvelles technologies d'analyse de l'expression des gènes ont incité l'Institut Pasteur à mettre en place une plate-forme destinée à la fabrication et à l'analyse des " puces à ADN ". Celle-ci a pour vocation l'étude des microorganismes modèles et des maladies infectieuses. Dans ce dernier cas, nous nous intéressons aussi bien aux agents responsables de ces pathologies (génomique comparée et analyse du transcriptome) qu'à la réponse de l'hôte (analyse du transcriptome).

Actuellement, trois technologies sont utilisées à la plate-forme:

- Microarrays: dépôts de produits PCR ou d'oligos sur lames de verre et hybridation avec des cibles fluorescentes

- Macroarrays: dépôts de produits PCR sur membranes en nylon et hybridation avec des cibles radioactives

- Affymetrix: utilisation de puces commerciales contenant des oligos courts synthétisés in situ

La plate-forme réalise des projets suite à des appels d'offre interne. Ces projets sont en général réalisés sous forme de collaborations. La plupart des projets retenus ont un cadre national ou européen. Le coût de fabrication et de validation des puces est pris en charge (partiellement ou totalement) par la Genopole.

Pour ces projets, la plate-forme prend en charge:

- le dessin d'oligonucléotides (primers pour PCR et oligonucléotides longs pour spotting)

- les amplifications PCR (y compris quantification et contrôle qualité)

- les dépôts sur lames de verre, sur membranes en nylon

Elle assure également l'encadrement et la formation pour:

- la préparation des cibles (fluorescentes et radioactives) et les hybridations

- la détection et quantification des signaux d'hybridation

- l'analyse statistique (normalisation, analyse différentielle), l'interprétation (regroupement et classification des données) et la gestion (utilisation des bases de données) des résultats.

Parallèlement à notre implication dans les projets des appels d'offre Génopole, nous assurons également une activité de service. Elle consiste en une participation ponctuelle à certains projets (pour lesquels la Génopole ne fournit pas de financement). Celle-ci est fonction de la disponibilité de nos équipements et du personnel de la plate-forme.

Projets concernant les microorganismes pathogènes

Au cours de l'année 2003, trois projets d'analyse du transcriptome de microorganismes pathogènes ont été pris en charge par la plate-forme.

Titre

Collaborations

Utilisation d'une approche de transcriptome comparé pour identifier les gènes différentiellement exprimés entre Yersinia pestis et Y. pseudotuberculosis

Elisabeth Carniel, Laboratoire des Yersinia

Analyse de la virulence du parasite humain Entamoeba histolytica à l'aide de puces à ADN

Nancy Guillen-Aghion, Unité de Biologie Cellulaire du Parasitisme

Recherche de petits ARNs régulateurs chez Listeria monocytogenes

Pascale Cossart, Unité des Interactions Bactéries Cellules

Par ailleurs, la plate-forme continue à travailler sur plusieurs projets sélectionnés lors des appels d'offres précédents et qui sont toujours en cours. C'est le cas par exemple de l'étude du transcriptome de Plasmodium falciparum (effet de pressions environnementales, immunes ou médicamenteuses), de Bacillus anthracis ou d'Aspergillus fumigatus.

Projets concernant la réponse de l'hôte à l'infection

Initialement, les activités de la plate-forme étaient essentiellement orientées vers la microbiologie (microorganismes modèles et pathogènes). Néanmoins, il existe sur le campus une importante demande pour un accès à des puces permettant d'étudier la réponse de l'hôte à l'infection. Afin de répondre aux projets abordant ces questions biologiques, la Génopole a fait l'acquisition d'une station Affymetrix en Janvier 2003. Celle-ci est accessible à l'ensemble de l'Institut moyennant acceptation des projets par un comité de pilotage. Les projets retenus bénéficient d'un financement de la Génopole à concurrence des deux tiers. En 2003, six projets ont été retenus et sont en cours. La majorité de ces projets concernent l'étude des modifications de transcriptomes murins ou humains en réponse à des pathogènes tels que Shigella flexneri, Klebsiella pneumoniae, Helicobacter pylori et Mycobacterium tuberculosis.

Mots-clés: Transcriptome, Génomique Comparée, maladies infectieuses, macroarrays, microarrays, Affymetrix


Activity Reports 2003 - Institut Pasteur
filet

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