Unité: Epidémiologie des Maladies émergentes

Responsable: FONTANET Arnaud

L'unité de recherche et d'expertise en épidémiologie des maladies émergentes a été créée le 1er juillet 2001. Les principaux thèmes de recherche de l'unité sont 1) les modes de transmission et les moyens de prévention des infections à agents pathogènes émergents et 2) la recherche clinique, avec notamment les cohortes d'histoire naturelle et les essais thérapeutiques. La majeure partie des projets de l'unité est réalisée dans les pays en développement, de préférence en collaboration avec les instituts du Réseau International des Instituts Pasteur et des Instituts Associés, et concerne l'épidémiologie du VIH, du virus de l'hépatite C (VHC), et du coronavirus du SRAS.

Introduction

L'unité de recherche et d'expertise en épidémiologie des maladies émergentes a été créée le 1er juillet 2001. Ses activités ont débuté avec l'arrivée d'A. Fontanet (chef d'unité) à l'Institut Pasteur (IP) le 1er décembre 2001, suivi par C. Rekacewicz (médecin épidémiologiste) le 1er janvier 2002.

Les principaux thèmes de recherche de l'unité sont 1) les modes de transmission et les moyens de prévention des infections à agents pathogènes émergents et 2) la recherche clinique, avec notamment les cohortes d'histoire naturelle et les essais thérapeutiques concernant le traitement des infections par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) et le virus de l'hépatite C (VHC). " Agents pathogènes émergents " est pris au sens large du terme, à savoir les agents récemment apparus sous forme épidémique en population humaine (par exemple, le VIH et le coronavirus du SRAS), les agents récemment identifiés (par exemple, le VHC), et les agents ré-émergents (par exemple, P.falciparum ou M.tuberculosis).

Le travail d'expertise de l'unité consiste à contribuer à la réflexion stratégique de l'IP dans des domaines où l'épidémiologie joue un rôle prépondérant, à apporter un soutien méthodologique en épidémiologie et biostatistiques aux autres unités de l'IP, et à participer aux activités d'enseignement de l'épidémiologie au sein du campus et dans les instituts du réseau. Dans cette perspective, un effort important a été consacré à la préparation d'un enseignement en épidémiologie et biostatistiques de l'Ecole Pasteurienne d'Infectiologie, et au développement d'un plan de formation en recherche clinique pour les instituts du réseau.

La majeure partie des projets de l'unité est réalisée dans les pays en développement, de préférence en collaboration avec les instituts du Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP).

Projets en cours

1) Épidémiologie et traitement des infections par le VHC en Égypte (A. Fontanet et C. Rekacewicz)

L'Égypte est le pays où la prévalence de l'infection par le VHC est la plus élevée au monde, atteignant 45% chez les plus de 40 ans en zone rurale. Le nombre de personnes infectées par le VHC a été estimé à huit millions en 1999 (Ministère de la Santé Égyptien). L'origine d'une telle épidémie est attribuée au traitement de masse de la bilharziose par injections intraveineuses dans les années 1960-1982.

Ce projet, dont A. Fontanet et M.K. Mohamed sont les responsables scientifiques, est financé par la Commission Européenne (2001-2005) et par l'Agence Nationale de Recherche sur le SIDA (2002-2004 avec possibilité d'extension). Le projet comporte plusieurs volets : 1) mise en place d'une cohorte d'étude de l'incidence et de la progression de l'infection par le VHC dans une population villageoise (n=4000) ; 2) validation des donneurs de sang comme population sentinelle pour suivre l'évolution de la prévalence du VHC dans la population générale ; 3) identification des facteurs de risque de transmission de l'infection à VHC en milieu urbain à l'occasion d'une étude cas-témoin comparant des patients avec hépatite aiguë C et des témoins ; 4) étude d'efficacité de l'interféron pégylé et de la ribavirine dans le traitement des hépatites chroniques C en Égypte (génotype 4) ; 5) étude d'efficacité de l'interféron pégylé seul dans le traitement des hépatites aiguës C. Nos collaborateurs sont l'unité INSERM U444 (Directeur : AJ Valleron) qui co-ordonne le volet européen du projet (B Larouzé) et l'unité mixte Pasteur/INSERM U370 de C Bréchot pour son expertise en virologie et clinique de l'infection à VHC. Les partenaires égyptiens de ce projet sont l'Université de Ain Shams au Caire (Mostafa K Mohamed) et le Ministère de la Santé Égyptien (S Aoun).

2) Epidémiologie du coronavirus du SRAS (Coordination : A. Fontanet et L. Baril).

Dans les suites de l'épidémie du SRAS en Chine, un projet financé conjointement par la Commission Européenne, le ministère des Affaires Etrangères français, et le Ministry of Sciences and Technology chinois a été mis en place pour étudier plus particulièrement le réservoir animal du SRAS, les complications cliniques et l'immunité humorale à long-terme des patients chinois convalescents, et les facteurs associés à la propagation de l'épidémie à Pékin en mars-juin 2003.

3) Prise en charge des pneumopathies infectieuses chez l'adulte au cours de l'infection VIH/SIDA en Afrique (Dakar, Bangui) et en Asie du Sud-Est (Ho Chi Minh Ville, Phnom Penh) (Investigateurs Principaux : Y Germani et P Lehr) (C. Rekacewicz, M. Vray et A. Fontanet).

Ce projet vise à déterminer les étiologies des pneumopathies infectieuses chez des patients infectés par le VIH et consultant en milieu hospitalier. Les investigations font appel à la fibroscopie bronchique chez les patients avec pneumopathies non tuberculeuses selon leur aspect radiologique et leur réponse au traitement conventionnel. Les sites d'étude sont Dakar (Sénégal), Bangui (République Centrafricaine), Phnom Penh (Cambodge) et Ho Chi Minh (Vietnam). Les instituts du RIIPIA sont largement impliqués dans cette étude multicentrique, coordonnée par Yves Germani (Bangui) et Pierre Lehr (Paris) et financée par l'ANRS.

4) Epidémiologie du VIH en Ethiopie (A. Fontanet)

L'Éthiopie est un des pays d'Afrique de l'Est les plus tardivement, mais aussi les plus sévèrement touchés par l'épidémie du VIH. La prévalence du VIH en population urbaine et adulte avoisine les 10-15%. Depuis 1994, un programme de recherche en épidémiologie, virologie, et immunologie du VIH a été mis en place à l'Institut National de Recherche en Santé et Nutrition à Addis Abéba. Ce programme est financé conjointement par les gouvernements néerlandais et éthiopiens. Les études sont centrées autour de trois populations : 1) une cohorte d'ouvriers d'usine (n=1600 dont 150 sont infectés par le VIH) suivie depuis février 1997 ; 2) une cohorte de patients tuberculeux recrutés dans un centre de santé urbain (n=250) ; et 3) un système de surveillance sentinelle de la prévalence et de la distribution des sous-types du VIH parmi les femmes suivies en consultation prénatale à Addis Abéba (n=1200 femmes / an).

5) Mécanismes de protection contre le VIH-1 chez des individus exposés mais non infectés au Vietnam et au Cambodge (ENIASIA) (Investigateur Principal : G. Pancino et L. Truong Thi Xuan) (A. Fontanet et C. Rekacewicz).

Cette étude vise à identifier les facteurs génétiques et immuno-virologiques responsables de la protection contre l'infection à VIH-1 chez des sujets exposés et non-infectés (ENI). Les ENI sont des toxicomanes au Vietnam et des partenaires sexuels réguliers de sujets infectés au Cambodge. Notre rôle dans cette collaboration est de fournir un soutien aux aspects épidémiologiques de l'étude et à l'analyse statistique des résultats.

6) Etude de l'influence des hormones sexuelles sur l'immunité et la susceptibilité aux maladies infectieuses (M. Garenne).

Les hormones sexuelles interfèrent avec le système immunitaire, et ces interférences ont un effet sur les évolutions pathologiques. Le sexe féminin semble favoriser les réponses de type Th2, alors que le sexe masculin semble favoriser les réponses de type Th1. Les maladies pour lesquelles les fortes réponses de type Th2 sont délétères seraient ainsi plus létales pour le sexe féminin, alors que les maladies pour lesquelles les fortes réponses de type Th1 sont délétères seraient plus létales pour le sexe masculin. Le projet en cours vise dans un premier temps à valider cette théorie en étudiant les statistiques de morbidité et de mortalité pour certaines maladies cibles disponibles dans les Centres Nationaux de Référence de l'Institut Pasteur et dans d'autres sites sentinelles.

7) Etude des facteurs de risque de la production de gamétocytes dans les infections à P. vivax en Thaïlande (M. Nacher).

Etude de patients atteints de paludisme à P. vivax et traités par chloroquine, sulfadoxine-pyriméthamine, ou artésunate. L'apparition de gamétocytes au décours du traitement et les facteurs de risque associés ont été modélisés.

8) Epidémiologie du VHC au Cambodge (Investigateurs Principaux : A. Sall et A. Fontanet)

Ce projet vise à améliorer les tests utilisés pour le diagnostic de l'infection par le VHC et à mieux caractériser l'épidémiologie moléculaire du VHC en Asie du Sud-Est. Les responsables scientifiques du projet sont Amadou Sall, virologiste de l'IP Dakar actuellement en mobilité à l'IP de Phnom Penh, pour les partenaires des pays en développement, et A. Fontanet pour les partenaires français. Notre unité intervient également en tant que responsable des aspects épidémiologiques et biostatistiques de l'étude. Cette étude fait partie d'une ACIP et d'un PTR coordonnés par Pénélope Mavromara (IP de Grèce).

Mots-clés: épidémiologie, recherche clinique, pays en développement, VIH, VHC, SRAS


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