La Plate-forme Génomique (PF1) réalise des projets collaboratifs avec différentes équipes de l'Institut Pasteur dans le cadre du programme Génopole en Microbiologie subventionné par le Ministère de l'Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie (Réseau des Génopoles). Ces projets de génomique à grande échelle sont réalisés en utilisant des procédures semi-automatisées. Bien que l'essentiel des projets soient consacrés au séquençage de génomes complets de microorganismes. PF1 a réalisé également des projets de séquençage de collections d'EST ("Expressed Sequence Tag" et de typage moléculaire et des projets de MLST.

La Plate-forme est rattachée au Département Structure et Dynamique des Génomes et fait partie de Pasteur Genopole® Ile-de-France.

Situation au 5 janvier 2004

Projets réalisés depuis 2000

Complete genomic sequence of Candida glabrata (13 Mb)

Bernard Dujon - Unite de Génétique Moléculaire des Levures

Comparative Genomic - Tuberculosis complex

Karin Eiglmeier - Thierry Garnier - Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne

Genome sequencing of Mycobacterium ulcerans

Timothy Stinear - Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne

Genome sequencing of Legionella pneumophila (souche Paris)

Carmen Buchrieser - Laboratoire de Génomique des Microorganismes Pathogènes

PCR products sequencing - ORF of Helicobacter pylori

Agnés. Labigne - Unité de Pathogénie Bactérienne des Muqueuses

Molecular evolution of snake venom enzymes

Valérie Choumet - Unite des Venins

EST sequencing of Aspergillus nidulans

Christophe d'Enfert - Unite Biologie et Pathogénicité Fongiques

EST sequencing of Entamoeba histolytica

Nancy Guillen - Unité postulante de Biologie Cellulaire du Parasitisme

EST sequencing of Plasmodium yoelli

George Snounou - Unité de Parasitologie Biomédicale

EST sequencing of Theileria annulata

Gordon Langsley - Laboratoire de Signalisation Immunoparasitaire

Multilocus Sequence Typing of Candida albicans strains

Christophe d'Enfert - Unite Biologie et Pathogénicité Fongiques

Projets en cours de réalisation

Molecular typing of CIP Bacteria strains

Chantal Bizet - Collection

Allelic diversity of Plasmodium falciparum

Odile Puijalon - Unité d'Immunologie Moléculaire des Parasites

Complete genomic sequence of Microcystis aeruginosa (4,6 Mb)

Nicole Tandeau de Marsac - Unité des Cyanobactéries

Genome sequencing of Vibrio lentus (souche Mel 32)

Didier Mazel - Unité Postulante Plasticité du Génome bactérien

Mots-clés: Séquençage haut débit, Génomique, Analyse de séquences