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     Collection des Champignons


  Responsable : PAPIEROK, Bernard (papierok@pasteur.fr)


  resume

 

La Collection des Champignons, qui est directement partie prenante dans le projet de création du "Centre de Ressources Biologiques de l'Institut Pasteur", entretient en culture plus de 2000 souches de champignons (filamenteux ou levures) ou d'Actinomycètes, isolées pour la plupart de lésions humaines. Aux activités de collection proprement dites s'ajoutent des investigations sur la systématique et la phylogénie d'Entomophthorales à potentialité pathogène pour l'homme ou pour des invertébrés. En 2003, l'accent a de nouveau été mis sur le séquençage de la région ITS1-5,8S-ITS2 de l'ADNr de souches de Basidiobolus spp. et de Conidiobolus spp.



  rapport

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La Collection des Champignons est un service spécialisé en charge d'une collection de plus de 2000 souches de champignons (filamenteux et levures) et d'Actinomycètes, isolées pour la majorité d'entre elles de lésions humaines. Remarquablement varié à cet égard, cet ensemble comporte en outre des souches isolées de l'environnement (milieu aérien, sol, matières végétales en décomposition) ou d'invertébrés (insectes). Les missions du service sont fondamentalement celles d'une collection de micro-organismes ; s'y greffe une activité de recherche liée à l'existence de souches originales.

L'activité première du laboratoire est de conserver des souches fongiques en culture pure et contrôlée, et de les fournir aux laboratoires de recherche académique ou industrielle, aux laboratoires d'analyses et aux établissements d'enseignement qui en font la demande. Plus de 600 souches ont ainsi été distribuées en 2003. La Collection des Champignons fournit également l'essentiel des isolats utilisés dans les travaux pratiques du Cours de Mycologie Médicale de l'Institut Pasteur. Elle réalise en outre des expertises en matière d'identification. Pour toutes ces activités de collection proprement dites, une démarche qualité et un plan d'organisation ont été mis en œuvre, la Collection des Champignons étant directement partie prenante dans le projet de création du "Centre de Ressources Biologiques de l'Institut Pasteur" (CRBIP).

Le laboratoire poursuit, de plus, des investigations sur la caractérisation, la systématique et l'écologie des champignons filamenteux. En relation avec les connaissances acquises et avec le matériel récolté, ces travaux portent sur les Zygomycètes de l'ordre des Entomophthorales. Comme en 2002, le laboratoire s'est intéressé à la caractérisation moléculaire de souches de mêmes espèces ou d'espèces plus ou moins proches des genres Basidiobolus et Conidiobolus. Ces deux genres ont en effet ceci de particulier, de comporter des espèces essentiellement saprophytes mais qui sont plus ou moins irrégulièrement isolées soit de lésions chez l'homme ou d'autres mammifères, soit de cadavres d'insectes ou d'autres arthropodes. De plus, certaines espèces de Conidiobolus sont uniquement connues comme pathogènes d'insectes.

Enfin, dans le cadre d'une collaboration avec un institut de l'Universität für Bodenkultur Wien, la Collection des Champignons s'est impliquée dans l'étude de la systématique et de l'écologie des Entomophthorales attaquant les insectes en Autriche.

Caractérisation moléculaire de souches de Basidiobolus spp. et de Conidiobolus spp. (Céline POGGI, Martine KIREDJIAN, Bernard PAPIEROK)

Pour le genre Basidiobolus, la prise en compte de souches supplémentaires a confirmé les résultats obtenus en 2002. Quelle que soit l'espèce à laquelle chacune a été rapportée, toutes les souches étudiées ont une taille de la région ITS1-5,8S-ITS2 de l'ADNr de l'ordre de 650-700 pb. L'analyse des séquences correspondantes souligne une certaine homogénéité au sein du groupe de souches étudiées, et cela quelle que soit leur substrat d'origine (matières végétales en décomposition, fèces de reptiles, cadavres d'insectes ou lésions humaines).

Dans le cas du genre Conidiobolus, de nouvelles souches d'espèces à tendance saprophytique ont été prises en considération. L'analyse de la séquence de la région ITS1-5,8S-ITS2 de l'ADNr renforce les résultats obtenus précédemment, relativement à l'homogénéité des séquences au sein des espèces considérées. En ce qui concerne Conidiobolus coronatus, les souches isolées de lésions chez des primates n'apparaissent pas séparées phylogénétiquement des souches isolées du sol ou d'insectes.

Systématique et écologie des Entomophthorales pathogènes d'insectes en Autriche (Bernard PAPIEROK)

Dans le cadre d'une collaboration établie avec Rudolf WEGENSTEINER (Institut für Forstentomologie, Forstpathologie und Forstschutz, Universität für Bodenkultur Wien), des prospections destinées à mettre en évidence des Entomophthorales dans les populations d'insectes ont été réalisées en Autriche au cours du mois de juin 2003. Aucun aphide n'a été trouvé mort d'entomophthorose ; des niveaux de populations extrêmement bas ainsi que des températures anormalement élevées sont probablement à l'origine de cette situation inattendue. De même, aucun Diptère Brachycère mort de mycose n'a été rencontré en terrain ouvert. En revanche, des Entomophthorales ont été mises en évidence sur d'autres Homoptères que les Aphididae (Psyllidae, Delphacidae, Cercopidae), sur des Dipères Nématocères (Chironomidae) et sur des Trichoptères. Les espèces se rapportent aux genres Erynia et Zoophthora. Des souches ont été mises en culture ; elles représentent les premiers isolements de ces champignons pour l'Autriche.

Mots-clés: Entomophthorales, caractérisation, ITS, Basidiobolus, Conidiobolus, Mycologie, Collection de souches



  publications

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  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
    KIREDJIAN, Martine, Chef de laboratoire à l’Institut Pasteur, mkiredji@pasteur.fr

PAPIEROK, Bernard, Chef de laboratoire à l’Institut Pasteur, papierok@pasteur.fr

POGGI, Céline, Étudiante en DESS COUTANSON, Monique, Technicienne supérieure de laboratoire

PIETFROID, Alain, Technicien supérieur de laboratoire

ROUFFAUD, Marie-Ange, Assistant-Ingénieur CNRS


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