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Version PDF      Retrovirologie Moléculaire


  Responsable : WAIN-HOBSON Simon (simon@pasteur.fr)


  resume

 

Le travail de l'Unité tourne autour de deux axes. Dans la première thématique, nous continuons avec succès à produire de nouvelles souches de vaccins SIV atténués pouvant fortement protéger contre des souches pathogènes. Dans la seconde thématique, nous cherchons à démontrer qu'in vivo les cellules sont infectées par des centaines de virus dont seule une infime fraction survit dans le but de devenir provirus intégrés.



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Infections multiples in vivo de cellules par VIH-1 Rodolphe SUSPENE, Michel HENRY, Jean-Pierre VARTANIAN

L'analyse par hybridation in situ par fluorescence (FISH) des splénocytes de 2 patients à différentes étapes de la maladie a montré qu'environ 75 à 80% des cellules infectées in vivo possèdent plus de 2 provirus, avec une moyenne de 3-4 copies provirales par cellule (Jung et al., 2002, Nature 418, 414). L'analyse des populations virales après microdissection par laser des noyaux cellulaires possède une très grande hétérogénéité et les séquences obtenues montrent que ces virus VIH-1 sont génétiquement différents avec 29% de variation en acides aminés dans la région hypervariable V1-V2 de l'enveloppe virale. Il ressort de cette hétérogénéité virale la présence de virus mosaïques issus de recombinaisons multiples. A la vue de ces données expérimentales, plusieurs questions nous ont paru importantes: 1) Le nombre de copies provirales est-il identique au cours des étapes précoces et tardifs de la maladie? 2) Quelle est la quantité de particules virales susceptibles d'infecter une cellule in vivo? 3) Existe t-il des hot-spot d'intégration dans le génome cellulaire? 4) Comment une cellule peut-elle être infectée par autant de variants génétiquement différents, et générer ainsi une si grande variabilité?

Nous avons montré qu'une cellule in vivo est susceptible d'être infectée par au moins > 100 virus dont très peu seront intégrés et transcriptionellement actifs. Cette étude permettra de comprendre la genèse de cette intense variabilité avec notamment la présence de virus recombinants obtenue au niveau de la cellule.

Recherche d'une nouvelle forme d'atténuation du virus SIV, par échange du promoteur.Nicole CHENCINER, Philippe BLANCOU, Denise GUETARD

Parmi tous les immunogènes VIH/SIV obtenus par délétion de segments de gènes, seuls quelques vaccins vivants atténués protègent contre une épreuve intraveineuse par un isolat pathogène du SIV.Une corrélation inverse entre le degré d'atténuation et l'efficacité de la protection est toujours obtenue. L'échange du promoteur SIV par un autre promoteur viral ou cellulaire peut conférer de nouvelles propriétés au virus chimérique , telle que l'atténuation de la virulence. Si l'expression virale est déplacée vers d'autres types cellulaires (macrophages ou cellules dendritiques) que les lymphocytes T CD4+, l'aide apportée au système immunitaire pourrait aider à contenir l'infection. Nous avons principalement travaillé sur un virus chimérique dans lequel la région core du promoteur SIV située en 3'de nef et en 5' de TAR a été remplacée par le promoteur précoce du cytomégalovirus humain (CMV-IE). Le virus chimérique obtenu (SIV mégalo) pousse à bas titre in vivo —la médiane des titres de virémie sur 15 animaux est < 1000 copies /ml. Cela représente une réduction de 1000 fois du pic de virémie du virus parental. Lors d'épreuve par le virus pathogène SIVmac251, la virémie est 1000 fois inférieure à celle des contrôles naïfs. Ces résultats confirment que le changement de promoteur peut atténuer le virus obtenu, de nouveaux promoteurs chimériques seront testés dans des études pilotes. Un suivi des singes infectés à plus ou moins long terme sera réalisé pour déterminer les raisons de l'atténuation du SIV mégalo, la nature de la réponse immune induite et les lieux de réplication du virus .

Constructions de virus VIS chimères. Compartimentalisation de la réplication virale par le biais de promoteurs ciblés. Mireille CENTLIVRE, Marie MICHEL et Monica SALA-SCHAEFFER

L'objet de notre étude est l'analyse de l'influence de différents promoteurs sur la transcription, la réplication, le tropisme cellulaire et la pathogénicité des virus de l'immunodéficience. Pour développer cette étude in vivo, nous avons construit des virus chimères VIS dans lesquels le génome VIS porte les fonctions Nef et LTR dissociées (STR), ainsi que des promoteurs ciblés : la région promotrice/activatrice des sous-types B, C et E du VIH-1; les promoteurs humains des gènes IL-2, IL-4 et INF-g Ces chimères sont un outil à la fois pour analyser phénotypiquement la région promotrice/activatrice du VIH-1 et pour compartimentaliser la réplication virale. Cette compartimentalisation permettra d'évaluer in vivo l'impact sur la pathogenèse de la réplication virale dans un type cellulaire donné (Th1 pour les promoteurs d'IL-2 et d'INF-g et Th2 pour le promoteur d'IL-4).

Contribution des différents compartiments cellulaires à la persistance et la pathogenèse du SIV in vivo Peter SOMMER

Les mécanismes moléculaires responsables de la latence des virus de l'immunodéficience humaine et simienne (HIV et SIV) après leur intégration dans le génome de l'hôte, de même que la contribution des différents compartiments cellulaires à la persistance virale et à la pathogenèse du SIDA, sont encore mal compris. Ces aspects importants de l'infection par HIV/SIV dépendent de l'expression des gènes et de la réplication du virus, ces étapes étant régulées par des éléments du promoteur situé dans le LTR viral. La fonction de ces éléments dépend des facteurs de transcription présents dans la cellule infectée.

Nous avons entrepris la construction de virus SIV chimériques dont les promoteurs sont modifiés par l'insertion d'éléments de régulation constitutifs ou tissu-spécifiques. Cette nouvelle approche nous permettra de disséquer le tropisme cellulaire du SIV in vivo et d'étudier expérimentalement l'impact des différents compartiments cellulaires sur la persistance virale et la pathogénie chez le macaque.

Utilisation de la variabilité génétique du VIS dans l'étude de l'immunopathologie in vitro et modélisation in silico Céline RENOUX-ELBE

Cette étude a pour but de préciser le rôle de l'activation du système immunitaire dans la dynamique de la réplication virale. Pour cela, des macaques préalablement immunisés avec différents antigènes ont été infectés par le VISmac251. Des immunisations de rappel ont été réalisées de manière à favoriser l'infection des cellules T CD4+ répondant à ces antigènes. A la fin du protocole d'immunisation, des tests d'hypersensibilité retardée ont été réalisés pour créer des zones d'inflammation antigène-spécifiques. En comparant les quasiespèces virales liées à ces sites à celles du sang périphérique lors des injections de rappel, nous pourrons identifier des lignées du VIS dans des cellules T CD4+ spécifiques d'un antigène particulier. L'ensemble de ces résultats devrait permettre ensuite d'élaborer un modèle de la réplication virale prenant en compte la stimulation antigénique du système immunitaire.

Mots-clés: VIS, VIH, vaccin, infections multiples



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  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
  CHAHINE Michèle,mchahine@pasteur.fr CHENCINER Nicole, Chargée de Recherche, Institut Pasteur,nchencin@pasteur.fr

SALA-SCHAEFFER Monica, Chargée de Recherche, Institut Pasteur,joo@pasteur.fr

VARTANIAN Jean-Pierre, Chargé de Recherche, Institut Pasteur,jpvart@pasteur.fr

CENTLIVRE Mireille, Etudiante en thèse, Université Paris VI,mcentliv@pasteur.fr

MICHEL Marie, Etudiante en Maîtrise, Université Paris XI Orsay,biomarie@pasteur.fr

RENOUX-ELBE Céline, Etudiante en Thèse, Université Paris VII,renoux@pasteur.fr

SUSPENE Rodolphe, Etudiant en D.E.A., Université Paris VI,suspene@pasteur.fr

SOMMER Peter, Stagiaire Post-Doctoral,psommer@pasteur.fr

GUETARD Denise, Ingénieur de Recherche, Institut Pasteur,dguetard@pasteur.fr

HENRY Michel, Technicien Supérieur, Institut Pasteur,michael@pasteur.fr


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