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Version PDF      Protéomique


  Responsable : Abdelkader NAMANE (anamane@pasteur.fr)


  resume

 

L'objectif principal du Plateau Technique de Protéomique est la mise à place des technologies performantes pour l'identification et la caractérisation des protéines, en associant des méthodes de séparation telles que l'électrophorèse bidimensionnelle ou la chromatographie liquide à la spectrométrie de masse. Notre activité scientifique, issue de nombreuses collaborations, est associée à une activité de service.



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Le Plateau Technique de Protéomique (PT3), composante de la Génopole-Institut Pasteur, fait partie du Département de Biologie Structurale et Chimie. Son objectif est de mettre à la disposition du campus, une technologie performante en électrophorèse bidimensionnelle et en spectrométrie de masse. L'électrophorèse bidimensionnelle reste actuellement la technique la plus résolutive de séparation des protéines. Au cours de l'année 2002, afin d'optimiser la séparation des protéines dans les gammes étroites de pH ou dans le domaine basique, nous avons procédé à la mise en place de la procédure en " immobiline ". Elle complète la méthode " ampholine " standardisée et optimisée pour de nombreux types protéiques provenant de cellules bactériennes ou eucaryotes.

En ce qui concerne la spectrométrie de masse, nous disposons de deux appareils complémentaires, l'un de type maldi-tof (Voyager DE-STR) et l'autre de type electrospray triple quadripôles (API 365 Sciex), nous permettant l'identification des protéines dans les banques de données à partir de leur digestion par la trypsine dans le gel d'électrophorèse et la caractérisation des biomolécules. Un instrument hybride de type quadripôle temps de vol (QSTAR XL, Sciex) sera installé en 2003.

Deux types d'approches protéomiques ont été suivis au cours de l'année 2002. Une approche " globale " permet la visualisation et l'identification des variations dans le protéome d'une espèce. Chez Photorhabdus luminescens, nous avons exploré les mécanismes de contrôle de la synthèse des toxines et des protéines impliquées dans le processus infectieux chez l'insecte hôte (Ph Bertin et JF Charles, Génétique des Génomes Bactériens). La même approche a été suivie pour identifier des protéines impliquées dans la virulence de Mycobacterium tuberculosis (J. M. Reyrat, Génétique Mycobactérienne) et de Staphylococcus aureus (B. Fournier, Biochimie Microbienne).

L'approche " ciblée " implique l'enrichissement préalable des protéines d'intérêt par diverses méthodologies. Ainsi l'analyse d'une fraction protéique issue d'un compartiment cellulaire isolé, permet de visualiser des protéines de faible abondance, et la réalisation d'un inventaire protéique de ce compartiment. Nous avons entrepris l'identification des protéines membranaires chez Mycobacterium tuberculosis (S. Cole, Génétique Moléculaire Bactérienne). L'analyse fonctionnelle de fractions protéiques  ayant une localisation cellulaire précise est plus sélective. En collaboration avec l'Unité d'Immuno-Allergie (S. Mecheri) nous avons commencé l'identification des protéines immunostimulantes associées aux exosomes mastocytaires murins et humains. Ces protéines sont produites spécifiquement lors du traitement des cellules par IL3 ou IL4. Nous avons déjà identifiés plusieurs dizaines de protéines solubles et membranaires.

L'analyse des phagosomes d'Entamoeba histolytica, parasite humain, se poursuit afin d'identifier des protéines impliquées dans les processus de phagocytose (N. Guillen (Biologie Cellulaire Parasitisme). Avec cette même approche une analyse des fractions cytosoliques de cellules NK murines est réalisée (C. Roth, Cytokines et Développement Lymphoïde).

En utilisant une méthode de purification sélective de complexes proteine-protéines (Tandem Affinity Purification) nous avons commencé à identifier les partenaires constituants des complexes protéiques chez la levure, nécessaires à la maturation des ARN ribosomaux (A. Jacquier, Génétique des Interactions Macromoléculaires).

Un autre aspect de notre activité concerne la caractérisation structurale des biomolécules. Dans le cadre du PTR 10 dirigé par G. Marchal (Laboratoire de Référence des Mycobactéries), nous avons caractérisé la protéine Apa exportée par les mycobactéries sous forme mannosylée. Par digestion de la protéine Apa par la subtilisine, puis analyse de l'hydrolysât par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse, nous avons mis en évidence les sites potentiels de glycosylation et le nombre de résidus mannosylés qui s'y greffent.

Parallèlement à ces contributions, le Plateau Technique de Protéomique a également une activité de service.

Mots-clés: protéomique, électrophorèse, spectrométrie de masse, analyse, identification, protéines



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  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
        Laurent-Winter, Christine, Ingénieur,chwinter@pasteur.fr

Lenormand, Pascal, Technicien Supérieur,plenorma@pasteur.fr

Namane, Abdelkader, Ingénieur,anamane@pasteur.fr

Ngo, Saravuth

Rousselle, Jean-Claude, Ingénieur,jroussel@pasteur.fr


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