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Version PDF      Génomique


  Responsable : Christiane Bouchier (bouchier@pasteur.fr)


  resume

 

La plate-forme Génomique réalise des projets avec différentes équipes de l'Institut Pasteur dans le cadre du programme Génopole en microbiologie subventionné par le Ministère de l'Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie. Ces projets de génomique à grande échelle ont été sélectionnés dans le cadre d'un appel à propositions. Ils sont réalisés en utilisant des procédures semi-automatisées. La plate-forme Génomique dispose de 5 séquenceurs capillaires (modèle ABI) et d'une station de travail robotique (Genesis, Tecan). La plate-forme Génomique possède les principaux programmes d'assemblage de séquences utilisés par les différents centres académiques spécialisés en génomique ainsi que de nombreuses routines développées par le personnel du Pôle informatique de l'Institut Pasteur et de la Plate-forme Annotation (PT4).



  rapport

cale

Liste des projets sélectionnés par le comité de pilotage réalisés entre 2000 et 2002

Situation au 31 Décembre 2002

 

Manager

Nber of Purification of cloned DNA

Nber of sequences

Status

Complete genomic sequence of Candida glabrata (13 Mb)

B. Dujon

76 320

150 336

finishing in progress

Complete genomic sequence of Microcystis aeruginosa (4,6 Mb)

N. Tandeau de Marsac

38 850

77 123

shotgun in progress

Comparative Genomic - Tuberculosis complex

K. Eiglmeier - T. Garnier

9 792

19 584

finished

Partial genome sequencing of Mycobacterium ulcerans

T. Stinear

27 840

55 680

finished

EST sequencing of Aspergillus nidulans

C. d'Enfert

4 512

9 024

finished

PCR products sequencing - ORF of Helicobacter pylori

A. Labigne

-

1 827

finished

Molecular evolution of snake venom enzymes

V. Choumet

4 512

9 024

finished

EST sequencing of Entamoeba histolytica

N. Guillen

3 744

4 608

finished

EST sequencing of Plasmodium yoelli

G. Snounou

3 072

3 072

finished

EST sequencing of Theileria annulata

G. Langsley

-

960

ongoing

Allelic diversity of Plasmodium falciparum

O. Puijalon

-

6 784

ongoing

Multilocus Sequence Typing of Candida albicans strains

C. d'Enfert

1728 PCR products

3456

ongoing

Molecular typing of CIP Bacteria strains - 16S rRNA gene

C. Bizet

432 PCR products

3 660

ongoing

Photo: L'équipe pendant les journées départementales en juin 2002

Mots-clés: Séquençage haut débit, Génomique, Analyse de séquences



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  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
        Ma Laurence technicien sup

Magnier Arnaud technicien sup

Motreff Laurence technicien sup, détachée de la CIP

Ochoa Eliana technicien sup, (CDD)

Tichit Magali technicienne de laboratoire

Zidane Nora technicien sup, (CDD)


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