Rapport d'activité de l'unité Génomique pour l'année 2002


Version PDF		Génomique

Responsable : Christiane Bouchier (bouchier@pasteur.fr)

La plate-forme Génomique réalise des projets avec différentes équipes de l'Institut Pasteur dans le cadre du programme Génopole en microbiologie subventionné par le Ministère de l'Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie. Ces projets de génomique à grande échelle ont été sélectionnés dans le cadre d'un appel à propositions. Ils sont réalisés en utilisant des procédures semi-automatisées. La plate-forme Génomique dispose de 5 séquenceurs capillaires (modèle ABI) et d'une station de travail robotique (Genesis, Tecan). La plate-forme Génomique possède les principaux programmes d'assemblage de séquences utilisés par les différents centres académiques spécialisés en génomique ainsi que de nombreuses routines développées par le personnel du Pôle informatique de l'Institut Pasteur et de la Plate-forme Annotation (PT4).

Liste des projets sélectionnés par le comité de pilotage réalisés entre 2000 et 2002

Situation au 31 Décembre 2002

	Manager	Nber of Purification of cloned DNA	Nber of sequences	Status
*Complete genomic sequence of Candida glabrata* (13 Mb)**	B. Dujon	76 320	150 336	finishing in progress
*Complete genomic sequence of Microcystis aeruginosa* (4,6 Mb)**	N. Tandeau de Marsac	38 850	77 123	shotgun in progress
Comparative Genomic - Tuberculosis complex	K. Eiglmeier - T. Garnier	9 792	19 584	finished
Partial genome sequencing of Mycobacterium ulcerans	T. Stinear	27 840	55 680	finished
EST sequencing of Aspergillus nidulans	C. d'Enfert	4 512	9 024	finished
PCR products sequencing - ORF of Helicobacter pylori	A. Labigne	-	1 827	finished
Molecular evolution of snake venom enzymes	V. Choumet	4 512	9 024	finished
EST sequencing of Entamoeba histolytica	N. Guillen	3 744	4 608	finished
EST sequencing of Plasmodium yoelli	G. Snounou	3 072	3 072	finished
EST sequencing of Theileria annulata	G. Langsley	-	960	ongoing
Allelic diversity of Plasmodium falciparum	O. Puijalon	-	6 784	ongoing
*Multilocus Sequence Typing of Candida albicans* strains**	C. d'Enfert	1728 PCR products	3456	ongoing
Molecular typing of CIP Bacteria strains - 16S rRNA gene	C. Bizet	432 PCR products	3 660	ongoing

Photo: L'équipe pendant les journées départementales en juin 2002

Mots-clés: Séquençage haut débit, Génomique, Analyse de séquences

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	Secrétariat	Chercheurs	Stagiaires	Autre personnel
				Ma Laurence technicien sup Magnier Arnaud technicien sup Motreff Laurence technicien sup, détachée de la CIP Ochoa Eliana technicien sup, (CDD) Tichit Magali technicienne de laboratoire Zidane Nora technicien sup, (CDD)

Rapports d'activité 2002 - Institut Pasteur

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