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Version PDF      Collection de l'Institut Pasteur


  Responsable : BIZET Chantal (bizet@pasteur.fr)


  resume

 

La Collection de l'Institut Pasteur (CIP) a pour mission d'assurer la maintenance et l'enrichissement de la collection des bactéries de l'Institut Pasteur, la production d'un catalogue, la diffusion d'informations (caractères phénotypiques, propriétés particulières, pouvoir pathogène...) concernant les souches distribuées, le développement d'une recherche sur l'identification, la taxonomie, la conservation des bactéries, la participation aux enseignements de l'Institut Pasteur. La Collection a été certifiée selon le référentiel ISO 9001 version 2000 en juin 2001 et participe à plusieurs projets internationaux et nationaux pour la mise en place de Centres de Ressources Biologiques.



  rapport

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1. Gestion du stock de souches

La Collection dispose aujourd'hui de plus de 7 500 souches disponibles au catalogue. Chaque année, de nouvelles souches sont incorporées dans la collection (environ 400), provenant soit de chercheurs de l'Institut Pasteur, soit de collections étrangères selon des accords d'échanges entre les collections, soit de dépôts de souches nouvellement décrites après contact avec des chercheurs étrangers ou français. La collection regroupe également des plasmides, des transposons, des souches hôtes, des sondes. Des suspensions de spores (genres Bacillus et Clostridium) titrées sont disponibles. Le dédoublement de la collection permet de conserver les souches dans 2 endroits différents et par 2 techniques différentes (lyophilisation et congélation à - 80°C, ou congélation dans l'azote liquide et à - 80°C pour les souches qui ne supportent pas la lyophilisation).

2. Contrôle en routine des souches de la CIP

a) Electrophorèse des protéines totales et chimiotaxonomie

Ce laboratoire contribue aux développements de méthodes d'identification bactérienne par l'analyse fine des constituants de la paroi bactérienne : lipides, peptidoglycane, sucres polymères... et les protéines totales. Les principales techniques utilisées sont la chromatographie planaire et ses dérivés ainsi que l'électrophorèse en gel discontinu. Les résultats sont exploités par un traitement informatique à l'aide de logiciels spécifiques.

Plusieurs banques de données sont en cours d'enrichissement et comprennent les profils protéiques (environ 2500 souches) ainsi que la nature des composants pariétaux.

b) Une base de données de 800 profils obtenus par ribotypage a été réalisée.

Les travaux de ce laboratoire trouvent leur application d'une part dans le contrôle des souches de la Collection et d'autre part dans l'expertise de souches pour le compte de laboratoires industriels.

3. Assurance Qualité

L'ensemble des activités de la CIP est formalisé par écrit au sein d'un système documentaire architecturé et adapté à l'organisation de la CIP. Les opérations sont enregistrées. Les dispositions mises en place sont en permanence appliquées et améliorées. Régulièrement des audits internes sont réalisés afin d'évaluer les éventuels écarts entre " ce qui est fait et ce qui est écrit ". Des indices Qualité sont établis à partir des incidents du laboratoire relevés et des réclamations des clients. Des actions correctives et préventives sont déclenchées si nécessaire. La certification (norme ISO 9001) est attribuée pour une période de 3 ans. Mais, chaque année, elle doit être reconduite suite à un audit de suivi.

La CIP a renouvelé sa certification en juillet 2002 selon le référentiel ISO 9001 version 2000.

4. Réidentification des souches de la Collection en fonction des changements de nomenclature et de la description de nouvelles espèces

En 2002, les souches du genre Corynebacterium et genres apparentés ont été réidentifiées en utilisant différentes techniques : séquençage du gène codant pour l'ARNr 16S, électrophorèse des proteines totales, détermination de nombreux caractères phénotypiques. L'analyse des résultats a permis d'identifier de nombreuses souches et de pouvoir valider une nouvelle espèce.

5. Séquençage du gène codant pour l'ARNr 16S des souches types de la Collection

Dans le cadre d'un appel d'offre de la Génopole de l'Institut Pasteur et afin de contribuer à l'enrichissement de la base de données de la CIP le gène codant pour l'ARNr 16S des souches types est séquencé.

6. Expertises

La CIP organise des contrôles qualité pour des laboratoires privés ou publics. La CIP a mis en place un contrôle qualité externe en partenariat avec le Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales de la région Centre (CLIN). 21 laboratoires ont reçu 6 souches tests multirésistantes. La pérennisation de cette démarche est en cours d'étude.

A la CIP sont conservées des collections bactériennes de laboratoires extérieurs à l'Institut Pasteur. Ces collections font l'objet d'un contrat de maintenance. La CIP prépare des suspensions de spores à la demande de laboratoires industriels.

Cette activité d'expertises est incluse depuis 2002 dans le champ de la certification ISO des activités de la Collection.

7. Les relations nationales

Le Ministère de la Recherche a décidé de créer des Centres de Ressources Biologiques (CRB) au niveau national, pilotés par un Comité Consultatif des Ressources Biologiques. Ce Comité dont la CIP fait partie a pour mission de constituer le réseau national des CRB en mettant en place l'Assurance Qualité des Collections et contrôler le lancement d'appels à proposition pour la labellisation et le financement des CRB agréés.

8. Les relations internationales

La CIP fait partie de diverses organisations officielles : l'ECCO (European Culture Collections'Organization - www.eccosite.org), CABRI (Common Access to Biotechnological Resources and Information - www.cabri.org ) et la WFCC (World Federation for Culture Collection).

1. En 1999, l'OCDE (Organisation de Coopération et de Développement Economiques) a initié à Tokyo un travail international afin d'examiner les conditions nécessaires au soutien des Centres de Ressources Biologiques (CRB).

L'OCDE a confié à la France la Présidence d'un groupe d'étude chargé d'évaluer la faisabilité de la création d'un réseau international de Centres de Ressources Biologiques. La CIP fait partie de la délégation française et participe à la rédaction des documents concernant la mise en place de la démarche qualité et la rédaction des chartes déontologiques.

2. La CIP participe au projet européen EBRCN (European Biological Resource Centres Network)

Ce projet européen permet à l'Europe :

. d'exploiter les expertises des Centres de Ressources Biologiques (CRB) dans le domaine de l'information,

. d'établir des politiques communes,

. de maintenir un haut niveau de qualité pour tous les services offerts par les Collections européennes.

Les objectifs du projet sont les suivants :

. établir un réseau de Centres de Ressources Biologiques comprenant des organismes vivants, leurs composants (tels que les acides nucléiques, les sondes, etc.) et les données de bases de données associées, et ainsi de répondre aux récentes initiatives de OCDE dans un contexte international.

. développer des standards européens pour les CRB, basés sur les systèmes de gestion de qualité existants.

. établir un cadre pour maximiser la complémentarité et minimiser la multiplication inutile parmi les CRB européens.

. introduire de nouvelles techniques en Technologie de l'Information afin d'ajouter de la valeur aux informations contenues dans les catalogues et d'en améliorer l'accès.

. recueillir et distribuer des informations pertinentes sur les CRB.

Mots-clés: taxonomie, séquençage, biodiversité, collection, bactéries, expertise, conservation



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  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
  COUTELLIER Sabrina,scoutell@pasteur.fr

ROPARS Sandrine,sropars@pasteur.fr

BIZET Chantal, Chef de laboratoire,bizet@pasteur.fr TCHOKOTEU Carole, IUP d’ingénierie de la santé BIMET François, ingénieur,fbimet@pasteur.fr,

CLERMONT Dominique, ingénieur,dclermon@pasteur.fr

BREMONT Sylvie, technicienne supérieure de laboratoire,sbremont@pasteur.fr,

CANDREA Adina, technicienne supérieure de laboratoire,acandrea@pasteur.fr,

FEURER Carole, technicienne supérieure de laboratoire,

GRANDET Patricia, technicienne supérieure de laboratoire,pgrandet@pasteur.fr,

HAMON Sylviane, technicienne,shamon@pasteur.fr,

HARMANT Christine, technicienne supérieure de laboratoire,charmant@pasteur.fr,

OUSSARGHIN Nadia, aide de laboratoire,

RIVERA MELLADO Téo, technicien supérieur de laboratoire,trivera@pasteur.fr,

VIVIER Catherine, technicienne supérieure de laboratoire,cvivier@pasteur.fr,

ZOQUE Gustave, aide de laboratoire.


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