Rapport d'activité de l'unité Génomique - Plateau technique pour l'année 2001

Responsable : Christiane Bouchier (bouchier@pasteur.fr)

La plate-forme Génomique réalise des projets avec différentes équipes de l'Institut Pasteur dans le cadre du programme Génopole en microbiologie subventionné par le Ministère de l'Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie. Ces projets de génomique à grande échelle ont été sélectionnés dans le cadre d'un appel à propositions. Ils sont réalisés en utilisant des procédures semi-automatisées. La plate-forme Génomique dispose de 5 séquenceurs capillaires (modèle ABI) : 4 ABI Prism 3700 (96 capillaires) et un ABI Prism 3100 (16 capillaires). La plate-forme Génomique posséde les principaux programmes d'assemblage de séquences utilisés par les différents centres académiques spécialisés en génomique ainsi que de nombreuses routines développées par le personnel du Service d'Informatique Scientifique de l'Institut Pasteur et de la plate-forme Annotation.

Liste des projets sélectionnés par le comité de pilotage dans le cadre de l'appel d'offre du 15 septembre 2000

Projets réalisés en 2001	Responsable	Nbre de clones séquencés	Nbre de séquences réalisées
Séquençage partiel du génome de Candida glabrata 2,5 X	B. Dujon	34848	67392
Complexe tuberculosis	K. Eiglmeier -T. Garnier	9792	19584
Séquençage d'EST d'Aspergillus nidulans	C. d'Enfert	4512	9024
Evolution moléculaire des enzymes de venins de Serpents	V. Choumet	2112	7488
Séquençage partiel du génome de Mycobacterium ulcerans	T. Stinear	27840	55680
Séquençage de produits PCR - ORF d' Helicobacter pylori	A. Labigne	Purification des produits PCR et réalisation des réactions de séquence	1827

Projets en cours de réalisation en 2001	Responsable	Nbre de clones séquencés	Nbre de séquences réalisées
Séquençage partiel du génome de Candida glabrata 3 X	B. Dujon	11712	23424
Séquençage partiel du génome de Microcystis aeruginosa	N. Tandeau de Marcac	3522	6467
Multirésistances aux antibiotiques des souches M. tuberculosis	B. Gicquel	Purification des produits PCR et réalisation des réactions de séquence	192
Diversité allélique de Plasmodium falciparum	O. Puijalon	Purification des produits PCR et réalisation des réactions de séquence	2016
Variabilité génétique des virus grippaux	S. van der Werf	Purification des produits PCR et réalisation des réactions de séquence	176
Séquençage d'EST d' Entamoeba histolytica	N. Guillen	960	1824

Procédures techniques semi-automatisées

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