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  Responsable : Patrick A. D. Grimont (pgrimont@pasteur.fr)


  resume

 

L'Unité comprend des laboratoires de recherche, trois Centres Nationaux de Référence, et trois laboratoires en rapport avec l'industrie. Tous les aspects de la taxonomie bactérienne sont développés en ayant pour objectif d'apporter une meilleure définition moléculaire et physiologique des espèces et de réaliser des outils nouveaux d'identification et de typage épidémiologique. Nos méthodes sont appliquées à toutes sortes de bactéries, y compris des pathogènes émergents.



  rapport

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Taxonomie moléculaire bactérienne (Patrick Grimont, Elisabeth Ageron, avec de nombreuses collaborations internes et externes)

La plupart des méthodes moléculaires sont d'application universelle. La comparaison des séquences du gène rrs codant l'ARN 16S permet de positionner une souche nouvelle dans l'arbre phylogénétique. Cependant, l'hybridation ADN-ADN reste l'outil essentiel pour délimiter les espèces bactériennes. Les séquences d'autres gènes (dont rpoB) sont étudiées dans le but d'approcher la résolution des hybridations ADN-ADN. Une fois ces espèces nouvelles délimitées avec soin, il est possible de rechercher des caractères phénotypiques (galerie Biotype-100) ou des zones spécifiques dans la séquence du gène rrs ou d'autres gènes. Une espèce nouvelle du genre Vibrio a été décrite en collaboration avec des équipes espagnole et allemande et deux espèces de Legionella ont été décrites avec nos collègues lyonnais.

Diversité infraspécifique (Francine Grimont et Roney S. Coimbra)

Les méthodes traditionnelles de typage sont généralement limitées à une seule espèce bactérienne alors que les méthodes moléculaires ont une plus large application. Des systèmes de typage moléculaire performants sont développés. L'identification automatique des profils est effectuée grâce au logiciel Taxotron. Un système de ribotypage pour le genre Shigella a été mis au point (collaboration avec Giuseppe Nicastro). Avec l'endonucléase MluI, 51 ribotypes distincts sont observés. Une base de données des ribotypes a permis d'identifier 111 souches cliniques de Shigella. Les antigènes somatiques O des entérobactéries sont élaborés par l'action de plusieurs enzymes dont les gènes sont groupés dans la région rfb du chromosome. Cette région a été amplifiée pour de nombreux sérotypes de Escherichia coli et tous les sérotypes de Shigella. Une base de données de restriction de ce fragment amplifié permet l'identification automatique des sérogroupes O des E. coli et Shigella. Cette approche nous a permis de découvrir un nouveau sérotype de Shigella dysenteriae représenté par 22 souches non agglutinables. Un gène flagellaire (fliC) cryptique a été mis en évidence chez 120 souches de Shigella (bactéries immobiles). Après restriction du gène amplifié, 17 profils ont été observés. Cette approche peut éclairer l'histoire évolutive des Shigella.

Diversité métabolique des bactéries (Odile Bouvet)

La synthèse des poly-beta-hydroxyalcanoates par des Pseudomonas représentant les divers ribogroupes connus a été étudiée (thèse de Stéphane Diard). Des méthodes permettant une approche globale du métabolisme (application de la résonnance magnétique nucléaire) ont été mises au point ainsi que des techniques permettant d'apprécier le comportement physiologique des bactéries (état énergétique et oxydatif des cellules, transport des nutriments, pools intracellulaires, activités des voies métaboliques majeures). Ces méthodes sont venues en support des études de viabilité effectuées à Aquabiolab.

Aquabiolab (Béatrice Regnault et Patrick Grimont)

Ce laboratoire de Recherche et Développement est financé sur contrats industriels. En six ans, il a acquis une grande expérience en hybridation in situ en fluorescence et mis au point la détection et le dénombrement rapide de certaines espèces bactériennes dans l'eau, les aliments, ou les prélèvements cliniques. Un travail a été entrepris pour mieux définir la frontière entre la vie et la mort des bactéries (thèse d'Andrea Villarino). Il a été démontré que la revivification des bactéries en présence de ciprofloxacine permet de distinguer les bactéries vivantes (qui s'allongent) de celles qui sont mortes. Cette année, en collaboration avec Maria C. Urdaci (Bordeaux), une sonde fluorescente a été mise au point pour visualiser des bactéries filamenteuses segmentées non cultivables mais associées à la diarrhée des truites.

Centre National de Référence des Salmonella et Shigella (Philippe Bouvet et Patrick Grimont)

Le CNRSS participe à la surveillance des salmonelloses en France en sérotypant complètement (avec 164 sérums) plus de 10 000 souches de Salmonella et près de 1000 souches de Shigella par an. Ces souches sont envoyées au CNRSS (accompagnées des renseignements épidémiologiques essentiels) sur une base volontaire par près de 1600 laboratoires d'analyses de biologie médicale (publics et privés). Le CNR collecte également les informations sur les souches dont le sérotype a été déterminé localement (5000 par an). Un système informatisé de surveillance et d'alerte des salmonelloses humaines et des shigelloses mis au point au CNR permet de documenter les tendances spatiales et temporelles des 80 principaux sérotypes de Salmonella et de Shigella et de détecter précocement toute augmentation anormale d'un sérotype aux niveaux national, régional ou départemental. Différents relevés épidémiologiques sont adressés chaque semaine à l'Institut de Veille Sanitaire (InVS). Dès la constatation d'une augmentation anormale d'un sérotype, un message d'alerte est envoyé par télécopie. Le CNRSS a mis en place un suivi de l'évolution de la résistance aux antibiotiques chez les Salmonella. Mille souches tirées au sort parmi 15 sérotypes sont étudiées chaque année. Le CNR participe au Réseau européen Enter-Net.

Centre National de Référence pour le Typage Moléculaire Entérique (Francine Grimont et Patrick Grimont)

Le CNRTME effectue la ribotypie de toute bactérie à la demande des autorités sanitaires ou hospitalières. L'acquisition en 1999 d'un RiboPrinter nous permet de ribotyper toutes les souches de Salmonella sérotype Typhi ainsi que diverses bactéries responsables d'infections nosocomiales. La détection des gènes de virulence de E. coli est effectuée. Le Centre effectue aussi la lysotypie de Salmonella sérotypes Typhi, Typhimurium, Paratyphi A, Paratyphi B, et Enteritidis, et le sérotypage des Serratia. Le CNRTME participe au réseau européen Enter-Net pour ce qui concerne la surveillance des infections à Salmonella enterica sérotypes Typhi, Typhimurium, Enteritidis, et Paratyphi B, et celles dues aux Escherichia coli entérohémorragiques.

Centre National de Référence pour Corynebacterium diphtheriae (Patrick Grimont et Yolande Arnoux)

Le CNRCD confirme l'identification des Corynebacterium diphtheriae et C. ulcerans, recherche le gène de la toxine diphtérique par amplification génique, et effectue le typage moléculaire des souches. En collaboration avec le CNRTME et dans le cadre du réseau OMS-Europe ELWGD (European Laboratory Working Group on Diphtheria) et de deux contrats européens BIOMED et INCO-Copernicus, une base de donnée de ribotypes de C. diphtheriae a été construite après étude de 576 souches isolées dans de nombreux pays dont l'ancienne URSS. Ces souches se distribuent en 86 ribotypes. Le logiciel Taxotron a été choisi pour l'identification automatique des ribotypes.

Centre d'Identification Moléculaire des Bactéries (Anne Le Flèche et Patrick Grimont)

Le CIMB a été créé en 2000 pour identifier toutes sortes de bactéries par des méthodes moléculaires en première intention (séquençage du gène rrs ou d'autres gènes, ribotypie automatisée, amplification génique). Les souches étudiées proviennent de laboratoires cliniques, vétérinaires, de l'environnement, ou industriels. En 2001, parmi les souches étudiées par séquençage, 79% se sont réparties en 123 espèces différentes connues appartenant à 62 genres, 5% à des taxons de séquence connue mais non encore nommés, 15% à des espèces inconnues de genres connus et 1% à de nouvelles branches phylogénétiques. Les souches non industrielles qui ne correspondent à aucune espèce décrite, sont incluses dans nos programmes de recherche taxonomique.

Taxolab (Patrick Grimont, Martine Lefèvre, Corinne Ruckly)

Un programme, soutenu par Procter & Gamble, étudie la dissémination de bacilles traceurs dans une cuisine expérimentale dans le but d'évaluer des stratégies de désinfection. Les routes de contamination ont été observées et l'effet de la désinfection par différents produits a été mesuré. Les leçons tirées de ce travail devraient permettre de prévenir certaines toxi-infections alimentaires en désinfectant les points chauds de contamination.

Légende

Bactéries filamenteuses segmentées non cultivables visualisées dans l'intestin de truites diarrhéiques par hybridation in situ en fluorescence (Urdaci et al., 2001)



  publications

puce Toutes les publications sur notre base de données


  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
 

Sylvain, Chantal (pour l’Unité de recherche, csylvain@pasteur.fr)

Lebri Zoulika (pour les CNR, zlebri@pasteur.fr)

Bouvet, Odile, INSERM (jusqu’au 31-12-2001)

Bouvet, Philippe, IP (pbouvet@pasteur.fr)

Grimont, Francine, INSERM (fgrimont@pasteur.fr)

Grimont, Patrick, IP

Aslani, Mehdi, post-doctorant (Institut Pasteur de Téhéran)

Coniglio, Maria Anna, stagiaire (Université de Catania)

Diard, Stéphane, étudiant en thèse

Fourniol, Aurélie, stagiaire

Gelegen, Cigdem, stagiaire (Istanbul)

Le Thi Anh Hong, stagiaire (Hanoi)

Lemaire, Céline, stagiaire

Loubinoux, Julien, stagiaire

Martinez, Olivier, stagiaire

Mayali, Cindy, stagiaire

Nassif, Nadine, stagiaire

Schlegel, Laurent, étudiant en thèse

Toribio, Ana Luisa, stagiaire (Université de Montevideo)

Villarino, Andrea, étudiante en Thèse

Janvier, Monique (Ingénieur, Département des Enseignements)

Le Flèche, Anne (Ingénieur Technologue, CIMB, lefleche@pasteur.fr)

Ageron-Ardila, Elisabeth (INSERM)

Abihssira, Marie-Valérie (CNR des Salmonella et Shigella)

Arnoux, Yolande (CNR Corynebacterium diphtheriae)

Carle, Isabelle (CNR Typage Moléculaire Entérique)

Felix, Thomas (CNR des Salmonella et Shigella)

Guesnier, Françoise (CNR des Salmonella et Shigella)

Hugain, Dimitri (CNR des Salmonella et Shigella)

Issenhuth-Jeanjean, Sylvie (R&D, CNR des Salmonella et Shigella)

K’ouas, Guylène (CNR des Salmonella et Shigella)

Lefèvre, Martine (Taxolab)

Lejay-Collin, Monique (CNR Typage Moléculaire Entérique)

Lomprez, Fabienne (CIMB)

Martin-Delautre, Sylvie (CNR Typage Moléculaire Entérique)

Regnault, Béatrice (Aquabiolab, regnault@pasteur.fr)

Ruckly, Corinne (Taxolab et CNR des Salmonella et Shigella)

Sanquer, Laurence (CNR des Salmonella et Shigella)

Troubadour-Courcoux, Pascale (CNR des Salmonella et Shigella)


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