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  Responsable : Chantal Bizet (bizet@pasteur.fr)


  resume

 

La Collection de l'Institut Pasteur (CIP) a pour mission d'assurer la maintenance et l'enrichissement de la collection des bactéries de l'Institut Pasteur, la production d'un catalogue, la diffusion d'informations (caractères phénotypiques, propriétés particulières, pouvoir pathogène...) concernant les souches distribuées, le développement d'une recherche sur l'identification, la taxonomie, la conservation des bactéries, la participation aux enseignements de l'Institut Pasteur. La Collection a été certifiée selon le référentiel ISO 9001 version 2000 en juin 2001 et participe à plusieurs projets internationaux et nationaux.



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Gestion du stock de souches (F. Bimet)

La Collection dispose aujourd'hui de plus de 7 000 souches disponibles au catalogue (1 850 espèces différentes). Chaque année, de nouvelles souches sont incorporées dans la collection, provenant soit de chercheurs de l'Institut Pasteur, soit de collections étrangères selon des accords d'échanges entre les collections, soit de dépôts de souches nouvellement décrites après contact avec des chercheurs étrangers ou français. La collection regroupe également des plasmides, des transposons, des souches hôtes, des sondes. Des suspensions de spores (genres Bacillus et Clostridium) titrées sont disponibles. Le dédoublement de la collection permet de conserver les souches dans 2 endroits différents et par 2 techniques différentes (lyophilisation et congélation à - 80°C, ou congélation dans l'azote liquide et à - 80°C pour les souches qui ne supportent pas la lyophilisation).

Informatisation (F. Bimet)

Durant toute l'année, une mise à jour de la base de données est effectuée régulièrement permettant en particulier de rentrer les caractères biochimiques des souches, les renseignements du catalogue et l'état du stock du souchier. Le catalogue est consultable sur le site Web de l'Institut Pasteur à l'adresse suivante :

http://CIP.pasteur.fr

Un logiciel de gestion de collections vient d'être finalisé.

Expertises (D. Clermont, F. Bimet, C. Bizet)

Des expertises sont réalisées à la demande de laboratoires industriels, pour l'identification bactérienne des composants de la paroi et l'électrophorèse des protéines ainsi que l'étude de la sensibilité des bactéries à différents antibiotiques.

La CIP organise des contrôles qualité pour des laboratoires privés ou publics. La CIP a mis en place un contrôle qualité externe en partenariat avec le Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales de la région Centre (CLIN). 21 laboratoires ont reçu 6 souches tests multirésistantes. Des discordances par rapport aux résultats attendus ont été mises en évidence. La pérennisation de cette démarche est en cours d'étude.

A la CIP sont conservées des collections bactériennes de laboratoires extérieurs à l'Institut Pasteur. Ces collections font l'objet d'un contrat de maintenance.

Les relations nationales (C. Bizet)

1. Le Ministère de la Recherche a décidé de créer des Centres de Ressources Biologiques (CRB) au niveau national, pilotés par un Comité Consultatif des Ressources Biologiques. Ce Comité dont la CIP fait partie a pour mission de :

- constituer le réseau national des CRB en veillant à l'Assurance Qualité des Collections,

- contrôler le lancement d'appels à proposition pour la labellisation et le financement des CRB agréés.

Trois groupes de travail ont été constitués :

groupe " animal-végétal ",

groupe " humain "

groupe " microbiologie ". La CIP coordonne le groupe de travail " Microbiologie ".

2. Secrétariat Général de la Défense Nationale (SGDN)

La CIP est en relation constante avec le Secrétariat Général de la Défense Nationale pour tous les problèmes d'envois de souches pathogènes, en France et à l'étranger.

3. Ministère de l'Equipement, des Transports et du Logement

La CIP participe à un stage de formation au transport par air des marchandises dangereuses. Cette formation s'adresse aux contrôleurs techniques d'exploitation dont la mission est d'effectuer des contrôles techniques d'exploitation sur les avions desservant le territoire français.

 

Les relations internationales (C. Bizet)

La CIP fait partie de diverses organisations officielles : l'ECCO (European Culture Collections'Organization —www.cba.unige.it), CABRI (Common Access to Biotechnological Resources and Information — www.cabri.org) et la WFCC (World Federation for Culture Collection).

1. En 1999, l'OCDE (Organisation de Coopération et de Développement Economiques) a initié à Tokyo un travail international afin d'examiner les conditions nécessaires au soutien des Centres de Ressources Biologiques (CRB). Il recommande que :

- les états soutiennent la création de CRB et qu'un système d'accréditation nationale soit mis en œuvre,

- des liens soient établis entre les CRB et qu'un réseau international des CRB soit mis en place

- l'existence des CRB soit prise en compte dans la coordination des lois et des règlements.

L'OCDE a confié à la France la Présidence d'un groupe d'étude chargé d'évaluer la faisabilité de la mise en œuvre de ces recommandations. Un secrétariat international vient d'être créé et la CIP en fait partie.

2. La CIP participe au projet européen EBRCN (European Biological Resource Centres Network)

Ce projet européen permet à l'Europe :

. d'exploiter les expertises des Centres de Ressources Biologiques (CRB) dans le domaine de l'information,

. d'établir des politiques communes,

. de maintenir un haut niveau de qualité pour tous les services offerts par les Collections.

Les objectifs du projet sont les suivants :

. établir un réseau de centres de ressources biologiques comprenant des organismes vivants, leurs composants (tels que les acides nucléiques, les sondes, etc.) et les données de bases de données associées, et répondre aux récentes initiatives de OCDE dans un contexte international.

. développer des standards européens pour les CRB, basés sur les systèmes de gestion de qualité existants

. établir un cadre pour maximiser la complémentarité et minimiser la multiplication inutile parmi les CRB européens.

. introduire de nouvelles techniques en Technologie de l'Information afin d'ajouter de la valeur aux informations contenues dans les catalogues et d'en améliorer l'accès.

. recueillir et distribuer des informations pertinentes sur les CRB.

Assurance Qualité (D. Clermont)

L'ensemble des activités de la CIP est formalisé par écrit au sein d'un système documentaire architecturé et adapté à l'organisation de la CIP. Les opérations sont enregistrées. Les dispositions mises en place sont en permanence appliquées et améliorées. Régulièrement des audits internes sont réalisés afin d'évaluer les éventuels écarts entre " ce qui est fait et ce qui est écrit ". Des indices Qualité sont établis à partir des incidents du laboratoire relevés et des réclamations des clients. Des actions correctives et préventives sont déclenchées si nécessaire. La certification (norme ISO 9001) est attribuée pour une période de 3 ans. Mais, chaque année, elle doit être reconduite suite à un audit de suivi.

La CIP a renouvelé sa certification en juillet 2001 selon le référentiel ISO 9001 version 2000 après avoir rédigé un nouveau manuel qualité et mis en œuvre de nouvelles dispositions.

Création d'une base de données de ribotypes (D. Clermont)

La ribotypie est réalisée en utilisant l'appareil automatique appelé Riboprinter pour constituer une base de données, afin de pouvoir répondre aux demandes d'expertises et d'identifier les souches de la CIP.

Réidentification des souches de la Collection en fonction des changements de nomenclature et de la description de nouvelles espèces (F. Bimet, D. Clermont)

119 souches de Bacillus subtilis ont été examinées par ribotypage et par électrophorèse des protéines totales en vue de les identifier au niveau des 2 sous-espèces récemment décrites : subtilis et spizizeni. Les résultats de ribotypage obtenus montrent que les souches testées sont divisées en deux groupes, chacun d'entre eux incluant la souche type de la sous espèce concernée. L'électrophorèse des protéines totales n'a pas permis d'obtenir des groupes distincts. Le ribotypage permet une meilleure distinction au niveau des sous espèces de Bacillus subtilis.

 

Vente de suspensions de spores (D. Clermont)

Des suspensions de spores ont été préparées à partir de 6 souches retenues pour le projet européen de normes sporicides. L'activité antiseptique sur les spores a été comparée après un an de conservation à + 4°C et à - 80°C. Ce travail est réalisé en collaboration avec le laboratoire MICRAAM dirigé par le Pr. Crémieux, représentant français au niveau du CEN (Comité Européen de Normalisation) pour les antiseptiques et les désinfectants.

Les résultats obtenus ont fait préférer la conservation à + 4°C et ont montré que les spores fraîchement préparées de Bacillus cereus et Bacillus subtilis subsp. subtilis ont une sensibilité plus importante vis-à-vis des deux produits antiseptiques testés que ces mêmes spores conservées un an à + 4 °C. Des résultats contradictoires ont été obtenus pour les spores de Clostridium sporogenes. Afin de définir une plage d'utilisation des spores de Bacillus cereus et Bacillus subtilis subsp. subtilis, la détermination de leur activité antiseptique va être recherchée à intervalles réguliers pendant environ un an.

Electrophorèse des protéines totales et chimiotaxonomie (F. Bimet)

Ce laboratoire contribue aux développements de méthodes d'identification bactérienne par l'analyse fine des constituants de la paroi bactérienne : lipides, peptidoglycane, sucres polymères... et les protéines totales. Les principales techniques utilisées sont la chromatographie planaire et ses dérivés ainsi que l'électrophorèse en gel discontinu. Les résultats sont exploités par un traitement informatique à l'aide de logiciels spécifiques.

Plusieurs banques de données sont en cours d'enrichissement et comprennent les profils protéiques ainsi que la nature des composants pariétaux. Les travaux de ce laboratoire trouvent leur application d'une part dans le contrôle des souches de la Collection et d'autre part dans l'expertise de souches pour le compte de laboratoires industriels.

Séquençage du gène codant pour l'ARNr 16S des bactéries à Gram négatif de la Collection (D. Clermont)

Dans le cadre d'un appel d'offre de la Génopole et afin de contribuer à l'enrichissement de la base de données de la CIP le gène codant pour l'ARNr 16S des bactéries à Gram négatif va être séquencé. Les premières souches concernées sont les souches types. La mise au point d'une méthode fiable et simple et si possible universelle pour l'extraction d'ADN est en cours. Environ 40 souches bactériennes sont prêtes à être séquencées.

Identification bactérienne par analyse phylogénétique (C. Dauga)

Le positionnement de l'ARNr 16S d'une souche bactérienne dans un arbre phylogénétique contribue à son identification.

L'étude d'un grand échantillon de bactéries, avec plusieurs souches par espèces, augmente le niveau de résolution de cet outil. Des gènes plus variables (gyr B, recA) permettent aussi d'affiner l'identification pour de faibles distances phylogénétiques. Enfin le choix de la méthode d'arbre phylogénétique est un élément déterminant pour apprécier les résultats.

Plus de 200 séquences de gènes de bactéries du genre Corynebacterium et des genres apparentés ont été positionnées dans des arbres phylogénétiques. Elles ont permis d'identifier plus de 80 souches dont l'espèce n'était pas connue.



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