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  Cid


  Responsable : S.L.SHORTE (sshorte@pasteur.fr)


  resume

 

Créé en 2001, le CID est une plate forme technique d'Imagerie de haute technologie, proposant son expertise aux chercheurs dans l'étude, la réalisation et l'analyse d'expériences faisant appel aux techniques numériques de microscopie. En particulier, nous nous concentrons sur l'imagerie dynamique de cellules et tissus vivants, afin d'avoir un aperçu sur des questions de biologie et de signalisation cellulaire et des mesures de processus dynamiques à l'intérieur de ceux-ci. Le laboratoire est ouvert aux chercheurs de Pasteur ou de l'extérieur; ils bénéficient d'une part d'une grande variété de techniques de pointe et aussi de notre collaboration dans des projets de recherches demandant des solutions novatrices en recherches et développement.



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Le CID est une plateau technique bien équipé, proposant son expertise aux chercheurs dans l' étude, la réalisation et l'analyse d'expériences en utilisant des techniques numériques de microscopie. En particulier, nous nous concentrons sur l'imagerie dynamique de cellules et tissus vivants, afin d'aborder des questions de biologie, de signalisation et des mesures de processus dynamiques au sein des cellules vivantes. De plus, notre rôle est de faciliter les collaborations nationales et internationales au travers de réseaux scientifiques, comme par exemple, l'ELMI (European Light Microscopy initiative). Nous apportons également, notre soutien aux enseignements spécialisés de l'Institut Pasteur.

Même si, à l'origine, un plateau technique devait être ouvert à tous, le CID est plus particulièrement intégré dans la communauté scientifique Pasteurienne au travers d'un rattachement direct au département de Biologie Cellulaire & Infections (P.Sansonetti), il a aussi des liens forts avec les départements de Biologie du Développement (M.Buckingham) et de Médecine Moléculaire (J.L.Virelizier). Le travail de recherche en Imagerie de notre équipe couvre, de façon extensive, ces domaines (parmi d'autres). Cela nous permet de donner des conseils techniques avisés nécessaires à la planification et à l'exécution des expériences. De plus, en collaboration avec les chercheurs, nous pourrons aborder des questions biologiques spécifiques, en proposant des solutions novatrices d'Imagerie. La synergie entre expertise technique et approche scientifique fait du CID un service technique hautement spécialisé unique dans la communauté Pasteurienne.

Nota : (été 2002) Le laboratoire est situé dans environnement ergonomique construit spécialement (Bât. Monod).

Exemples de projets/collaborations en cours, incluant diverses approches d'analyses spatiales/temporelles 3D/4D de distribution et de dynamique de protéines subcellulaires : Les changements de l'actine du cytosquelette induits par des toxines dans des cellules vivantes (M.R. Popoff) ; l'analyse de la distribution subcellulaire d'une protéine liée à l'actine ainsi que l'induction de la polymérisation de celle-ci dans des cellules vivantes (B.Boeda, C.Petit) ; les effets de la sur-expression d'une protéine virale sur la dynamique et l'organisation de la membrane nucléaire, l'étude des invaginations dynamiques de la membrane nucléaire (S.Münter, U.Nehrbass) ; l'analyse spatiale 3D de signaux FISH localisés dans des chromosomes de noyaux de parasites (L.H.Freitas-junior, A.Scherf) ; l'analyse de structures " immuno-synaptiques " et de dynamiques membranaires dans des cellules vivantes (V.Das, A.Alcover) ; l'étude des effets de l'infection virale sur l'activité de recyclage des vésicules synaptiques dans les neurones primaires en utilisant des marqueurs membranaires fluorescents ( D.Gonzales, M.Brahic).

Equipement et support technique. Actuellement le CID entretient douze microscopes de pointe, chacun équipé pour des applications spécifiques.

Acquisition d'Images.

(La plupart des systèmes sont organisés autour de microscopes Zeiss motorisés, pilotés par des logiciels sur PC).

Microscopes confocaux 1-Photon :

LSM510 Zeiss —laser Ar/He-Ne, équipé pour FCS,FRAP, FRET et imagerie en3D/4D.

LSM510 Zeiss —laser Ar/He-Ne, équipé pour l'imagerie en 3D.

Leica TCS-4D laser Ar/Kr (situé de façon permanente au bâtiment Lwoff).

Perkin-Elmer système à disque rotatif de type Nipkow pour des expériences de confocal rapide sur cellules.

Microscope confocal 2-Photon :

LSM510 Zeiss pour visualisation en profondeur et en 4D in situ et in vivo au niveau tissulaire.

Stations d'imagerie avec lumière d'excitation fluorescente conventionnelle.

Trois systèmes rapides d'imagerie TILL équipés pour les acquisitions multi-dimensionnelles , en " quasi temps " réel.

Quatre systèmes Zeiss pour des acquisitions séquentielles et multi-dimensionnelles de fluorescence.

Analyse d'Images

Ordinateurs et logiciels IRIX:

Deux stations Octane2 SGI plus un serveur SGI ORIGEN 3400 (IRIX 6.5)

Logiciel Huygens/BitPlane pour la 3-/4-D reconstruction/déconvolution.

Microinformatique- Cinq ordinateurs PC de puissance adaptée à l'Imagerie comportant des logiciels d'analyse et transformation des images (par example, pour leur amélioration et pour des opérations numériques, algorithmiques et de comptages).

PREPARATION DES CELLULES VIVANTES/TISSUS, MANIPULATION & MAINTENANCE.

- Une pièce de culture cellulaire de type P2 .

- Une pièce pour la préparation des tissus.

- 3 chambres d'incubation pour cellules vivantes Biotechs

- Un microscope muni d'un trieur de cellules ( cellule à cellule), et permettant les manipulations 3D (Evotek).

Activités du Service

Actuellement notre activité est d'environ 75 expériences ( chacune durant 3 à 6 heures) par mois, et pendant l'année 2002 nous espérons atteindre un pic situé entre 150 et 250 par mois.

Techniques pour un développement futur .

  • Micro-injection d'une cellule,
  • Micro-dissection avec un laser Infra-rouge.
  • Photolyse, irradiation rapide par laser pulsé.
  • Deconvolution/reconstruction en quatre dimensions et analyse de la dynamique de déplacement d' objets.
  • Imagerie bioluminescente et comptage de photons.

Projets pour un developpement. futur

  • Dans un cellule, activation d'un gène par un promoteur de choc thermique ( sur cellules vivantes, tissus épais ou cellules en culture).
  • Mesures quantitatives " en temps réel "de l'expression d'un gène dans des cellules vivantes individuelles en utilisant la luciférase et/ou la colentrazine.
  • Mesures de la force moléculaire générée à la surface d'adhésion cellule-substrat.


  publications

puce Toutes les publications sur notre base de données


  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
       

PERRET, Emmanuelle, (Technicienne supérieure de laboratoire, eperret@pasteur.fr)

ROUX, Pascal, (Ingénieur Technologue, proux@pasteur.fr)

SHORTE, Spencer (Directeur, sshorte@pasteur.fr)


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