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  Responsables : KUNST Frank, GLASER Philippe (fkunst@pasteur.fr, pglaser@pasteur.fr)


  resume

 

Notre laboratoire est impliqué dans la détermination et l'analyse de séquences génomiques, des études de la diversité génomique et d'expression globale des gènes à l'aide de puces à ADN. Nous développons des logiciels informatiques pour l'analyse des génomes. Les organismes étudiés sont: trois bactéries pathogènes (Listeria monocytogenes , Streptococcus agalactiae, Photorhabdus luminescens), un champignon pathogène (Aspergillus fumigatus) et une amibe (Dictyostelium discoideum).



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OBJECTIF

Les études de santé publique montrent la nécessité de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques anti-infectieuses. L'association de la génomique à l'analyse de la diversité des souches, l'analyse globale de la transcription et à la bioinformatique constitue un moyen puissant pour atteindre ce but. Notre activité est centrée sur le séquençage et l'analyse de génomes de micro-organismes pathogènes. Nous utilisons également la technologie des filtres à haute densité afin d'évaluer l'expression d'un grand nombre de gènes et de réaliser des comparaisons de génomes pour différentes souches d'une espèce bactérienne.


RESULTATS

Actuellement, nous analysons les génomes de quatre bactéries. Listeria monocytogenes est une bactérie responsable d'infections d'origine alimentaire très graves (mortalité 30 %), dont les signes cliniques sont des méningites, et des avortements. La séquence entière et l'annotation de son génome d'une taille de 2,94 mégabases a été déterminée par un consortium de 10 laboratoires européens dont nous assurons avec P. Cossart (Institut Pasteur, Unité des Interactions Bactéries-Cellules) la coordination. Nous avons également terminé la séquence génomique de L. innocua, une bactérie non pathogène très proche de L. monocytogenes. La comparaison de ces deux séquences génomiques - à l'aide d'un logiciel développé dans notre laboratoire - nous aidera à identifier des gènes spécifiques de la virulence et, plus généralement, à mieux comprendre la pathogénicité de L. monocytogenes et sa capacité de contaminer la nourriture. Des propriétés caractéristiques de cette bactérie ont été déduites de l'analyse de son génome et ont été décrites dans un article récemment soumis pour publication. Cette bactérie contient un grand nombre de protéines des familles suivantes : des protéines de surface à motif LPXTG, des internalines, des systèmes de transport de sucres, des protéines similaires à des protéines de competence de Bacillus subtilis et des régulateurs de la famille Crp/Fnr. De plus, nous utilisons une approche de génomique comparative à l'aide de puces à ADN pour la caractérisation génomique d'isolats cliniques et environmentaux de Listeria.

Photorhabdus luminescens est une bactérie commensale d'un vers (nématode) et un parasite d'insecte. Cette bactérie est à la fois un modèle pour l'étude des interactions hôte-parasite et, potentiellement, une bactérie industrielle en raison de sa capacité à synthétiser de nombreuses toxines (insecticides, bactéricides et fongicides) et à sécréter de nombreuses enzymes. Ce projet est dans la phase finale : le génome d'une taille de 5,6 mégabases a été assemblé en 4 contigs. En collaboration avec le Laboratoire de Pathologie Comparée (INRA, Montpellier) et la société Aventis CropScience nous avons identifié de nombreux gènes codant pour des toxines.

Streptococcus agalactiae est un streptocoque du groupe B. Les infections néonatales à streptocoques posent un important problème de santé publique. Leur incidence est de 2,5 pour 1000 naissances, avec un taux de mortalité qui varie actuellement entre 4 et 10%, et des cas de méningites entrainant des séquelles neurologiques dans 25 à 50 % des cas. Nous avons assemblé ce génome d'environ 2 mégabases en 40 contigs. La disponibilité des séquences génomiques complètes de deux streptocoques apparentés, S. pneumoniae et S. pyogenes, nous permettra d'entreprendre une étude de génomique comparative.

Dans le cadre de notre participation au projet de séquençage du génome d'Aspergillus fumigatus (voir ci-dessous) et pour l'étude du transcriptome, nous avons séquencé 9000 étiquettes génomiques de ce champignon, responsable de l'aspergillose invasive. Les ADN correspondant à ces étiquettes sont utilisés pour la réalisation de filtres à haute densité d'ADN afin de mener, en collaboration avec l'équipe de J.-P. Latgé (Laboratoire des Aspergillus), des études d'expression génétique globales et d'identifier de nouvelles cibles pour lutter contre ce champignon. Récemment, un projet international visant à déterminer la séquence du génome entier d'Aspergillus fumigatus a été mis en place avec la participation du Sanger Centre (Royaume Uni), l'Université de Manchester (Royaume Uni), The Institute for Genomic Research (TIGR, USA), les Universités de Madrid et de Salamanque (Espagne), et l'Institut Pasteur (l'Unité des Aspergillus et notre laboratoire).

Finalement, notre laboratoire participe a un projet pilote dont l'objectif est la détermination de la séquence d'une mégabase du génome de Dictyostelium discoideum, en collaboration avec le Sanger Centre et l'Unité de Régulation Enzymatique des Activités Cellulaires (Institut Pasteur) dirigé par Michel Véron.



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  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
 

DULIEU, Isabelle - idulieu@pasteur.fr

BUCHRIESER Carmen, CR IP

DUCHAUD Eric, Post-doc

CAZALET Christel, Étudiante, INSA Toulouse

FEURER Carole, Boursière IP

GARRIDO Patricia, Ingénieur, Université de Madrid, Espagne

HEJNOVA Jana, Boursière Ministère des Affaires Étrangères

CHETOUANI Farid, Ingénieur IP

CHEVALIER Fabien, Technicien CDD

COUVE Elisabeth, Technicienne IP

DOUALOT Harry, Aide de Laboratoire IP

FRANGEUL Lionel, Ingénieur IP

RUSNIOK Christophe, Technicien IP

SIMOES Nathalie, Ingénieur CDD


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