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  Responsable : Chantal Bizet (bizet@pasteur.fr)


  resume

 

La Collection de l'Institut Pasteur (CIP) a pour mission d'assurer la maintenance et l'enrichissement de la collection des bactéries de l'Institut Pasteur, la production d'un catalogue, la diffusion d'informations (caractères phénotypiques, propriétés particulières, pouvoir pathogène...) concernant les souches distribuées, le développement d'une recherche sur l'identification, la taxonomie, la conservation des bactéries, la participation aux enseignements de l'Institut Pasteur. La Collection a été certifiée selon le référentiel ISO 9002 en juin 1998.



  rapport

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Gestion du stock de souches (C. Bizet)

La Collection dispose aujourd'hui de plus de 7 000 souches disponibles au catalogue (1 850 espèces différentes). Chaque année, de nouvelles souches sont incorporées dans la collection, provenant soit de chercheurs de l'Institut Pasteur, soit de collections étrangères selon des accords d'échanges entre les collections, soit de dépôts de souches nouvellement décrites après contact avec des chercheurs étrangers ou français. La collection regroupe également des plasmides, des transposons, des souches hôtes, des sondes. Des suspensions de spores (genres Bacillus et Clostridium) titrées sont disponibles. Le dédoublement de la collection permet de conserver les souches dans 2 endroits différents et par 2 techniques différentes (lyophilisation et congélation à - 80°C, ou congélation dans l'azote liquide et à - 80°C pour les souches qui ne supportent pas la lyophilisation).


Informatisation (F. Bimet)

Durant toute l'année, une mise à jour de la base de données est effectuée régulièrement permettant en particulier de rentrer les caractères biochimiques des souches, les renseignements du catalogue et l'état du stock du souchier. Le catalogue est consultable sur le site web de l'Institut Pasteur à l'adresse suivante : http://www.pasteur.fr/CIP.


Expertises (C. Bizet)

Des expertises sont réalisées à la demande de laboratoires industriels, pour l'identification bactérienne par l'étude des composants de la paroi et l'électrophorèse des proteines ainsi que l'étude de la sensibilité des bactéries à différents antibiotiques.
La CIP organise des contrôles qualité pour des laboratoires privés ou publics
A la CIP sont conservées des collections bactériennes de laboratoires extérieurs à l'Institut Pasteur. Ces collections font l'objet d'un contrat de maintenance.


Relations internationales (C. Bizet)

La CIP fait partie de diverses organisations officielles : l'ECCO (European Culture Collections'Organization), CABRI (Common Access to Biotechnological Resources and Information) et la WFCC (World Federation for Culture Collection).


Assurance Qualité (D. Clermont)

L'ensemble des activités est formalisé par écrit au sein d'un sytème documentaire architecturé et adapté à l'organisation de la CIP. Les opérations sont enregistrées. Les dispositions mises en place sont en permanence appliquées et améliorées. Régulièrement des audits internes sont réalisés afin d'évaluer les éventuels écarts entre " ce qui est fait et ce qui est écrit ". Des indices Qualité sont établis à partir des incidents du laboratoire relevés et des réclamations des clients. Des actions correctives et préventives sont déclenchées si nécessaire. La certification (norme ISO 9002) est attribuée pour une période de 3 ans. Mais, chaque année, elle doit être reconduite suite à un audit de suivi qui a été réalisé par l'AFAQ en Mars 2000.
Depuis, la rédaction d'un nouveau Manuel Qualité a été entreprise et de nouvelles dispositions mises en place afin que l'audit de renouvellement de la certification se fasse en 2001 suivant la norme ISO 9001 version 2000.


Création d'une base de données de ribotypes (D. Clermont)

La ribotypie que nous effectuons est réalisée en utilisant l'appareil automatique appelé Riboprinter afin de nous constituer une base de données.


Réidentification des souches de la Collection en fonction des changements de nomenclature et de la description de nouvelles espèces (D. Clermont, F. Bimet)

De récentes études taxonomiques ont mis en évidence une identification erronée de souches de Shewanella putrefaciens avec la création de nouvelles espèces telles que Shewanella baltica, Shewanella algae et Shewanella oneidensis. A partir de ces nouvelles données, 12 souches reçues à la Collection de
l'Institut Pasteur entre 1959 et 1992 identifiées comme S. putrefaciens ont été étudiées par ribotypage auxanogramme et électrophorèse des protéines totales. De même 119 souches de Bacillus subtilis ont été
examinées par ribotypage et par électrophorèse des protéines totales en vue de les identifier au niveau des 2 sous-espèces récemment décrites : subtilis et spizizeni.


Vente de suspensions de spores (D. Clermont)

Des suspensions de spores ont été préparées à partir de 6 souches retenues pour le projet européen de normes sporicides. L'activité antiseptique des spores sera validé après un an de conservation à + 4°C et à
- 80°C. Ce travail est réalisé en collaboration avec le laboratoire MICRAAM dirigé par le Pr. Crémieux, représentant français au niveau du CEN pour les antiseptiques et les désinfectants.


Electrophorèse des protéines totales et chimiotaxonomie (F. Bimet)

Ce laboratoire contribue aux développements de méthodes d'identification bactérienne par l'analyse fine des constituants de la paroi bacterienne : lipides, peptidoglycane, sucres polymères... et les protéines totales. Les principales techniques utilisées sont la chromatographie planaire et ses dérivés ainsi que l'électrophorèse en gel discontinu. Les résultats sont exploités par un traitement informatique à l'aide de logiciels spécifiques.

Plusieurs banques de données sont en cours d'enrichissement et comprennent les profils protéiques ainsi que la nature des composants pariétaux. Les travaux de ce laboratoire trouvent leur application d'une part dans le contrôle des souches de la Collection et d'autre part dans l'expertise de souches pour le compte de laboratoires industriels.

Dans le cadre du " groupe Coryne " de la S.F.M., la CIP contribue à l'étude des bactéries coryneformes dont la présence en clinique humaine est importante.


La cytométrie en flux et la conservation des souches en collaboration avec P. Lebaron CNRS-UMR7621 (Banyuls sur mer) (D. Clermont)

L'évaluation de la viabilité des bactéries lyophilisées par culture en milieu solide et par détection de l'activité estérase (ChemChrome - V6) en combinaison avec un marqueur de cellules mortes a été réalisée.
Il existe une différence entre les deux méthodes dans le cas des souches de Vibrio testées, mais la mesure de l'activité estérase combinée à un contre marqueur de cellules mortes donne une meilleure estimation de la viabilité cellulaire que les méthodes de mise en culture.



  publications

puce Toutes les publications sur notre base de données


  personnel

  Secrétariat Chercheurs Stagiaires Autre personnel
 

CLODION Gilberte

COUTELLIER Sabrina

ROPARS Sandrine

SHEN Lilla

BIZET Chantal

BORIE Sandrine

LUCIANI Antoine

BIMET François

BREMONT Sylvie

CLERMONT Dominique

GRANDET Patricia

HARMANT Christine

NOWAKOWSKI Mireille

PAULOUS Sylvie

PIETFROID Alain

RIVERA-MELLADO Teofilo


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