Institut Pasteur Rapport d'activité de l'unité Service d'Informatique Scientifique pour l'année 1999


Responsable : Laurent BLOCH (bloch@pasteur.fr)

Résumé du rapport

Le Service d'Informatique Scientifique (SIS) a pour mission de fournir aux chercheurs de l'Institut Pasteur les infrastructures, les logiciels et les banques de données nécessaires à une recherche de pointe en biologie moléculaire, y compris la génomique et la biologie
structurale. Ceci implique notamment que les membres du service mènent des activités de recherche, de développement, d'enseignement et de formation pour créer l'environnement informatique et le rendre utilisable par les biologistes.

Abstract

The Computer Science Service is committed :

Texte du rapport

Le Service d'Informatique Scientifique a fait l'objet d'une évaluation en novembre 1998. Le rapport d'activité détaillé rédigé à cette occasion est disponible ici : http://www.pasteur.fr/units/sis/Rapport/html-activ.html. La page d'accueil du service est
là : http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/

Notre comité d'évaluation, qui comportait d'éminents spécialistes des banques de données biologiques (Amos Bairoch, Bernard Dujon, Stewart Cole), avait donné un certain nombre de recommandations que nous avons entrepris de réaliser en 1999. Les chercheurs pasteuriens disposent désormais d'une installation locale des grandes banques généralistes conforme à l'état de l'art. La croissance très rapide du volume de ces banques (doublement annuel, en accélération) nécessite des investissements matériels et des adaptations techniques permanentes, dont les principaux auteurs sont Bernard Caudron, Nicolas Joly et Marc Baudoin.

Le SIS est impliqué dans la réalisation des banques de données créées à l'Institut Pasteur. Louis Jones a créé un logiciel générique, Genolist, qui a servi à engendrer les versions publiées des banques Colibri, Subtilist, Tuberculist et Pylorigene.

Catherine Letondal, Nicolas Joly, Frédérique Galisson, Bernard Caudron et Louis Jones sont les plus impliqués dans la veille scientifique et technologique autour des logiciels et des banques. Ils ont installé et mis à la disposition de la communauté scientifique une collection de plus de cinq cents logiciels, sans doute une des plus riches d'Europe. Stéphane Bortzmeyer et Annick Thébault en tiennent une archive accessible en réseau qui comporte en outre des logiciels pour micro-ordinateurs (Macintosh et PC sous Windows et Linux) et qui est consultée du monde entier. Voir à ce sujet :
http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/B6/12/html-couverture003.html

Pour rendre les logiciels biologiques utilisables par les biologistes Catherine Letondal a créé un système de génération automatique d'interfaces nommé PISE (Pasteur Institute Software Environment, http://www-alt.pasteur.fr/~letondal/Pise/) grâce auquel des centaines d'interfaces ont pu être réalisées, ce qui a décuplé l'activité d'analyse de séquences sur le campus. Ces interfaces offrent un accès uniforme et simple aux logiciels et permet d'enchaîner plusieurs analyses consécutives sans avoir à se préoccuper des détails techniques sous-jacents et parfois complexes.

Depuis que ces interfaces existent l'apprentissage de l'analyse de séquences est bien facilité, à tel point que des Universités françaises et étrangères les utilisent pour leurs étudiants.

Marie-France Sagot, outre ses recherches en algorithmique orientées vers les comparaisons de séquences et les méthodes combinatoires, anime un séminaire très actif de biologie informatique : http://www.pasteur.fr/infosci/conf/AlgoBio/ et encadre plusieurs stagiaires de thèse et de DEA. (Voir http://www.pasteur.fr/units/sis/Rapport/node7.html). Ces recherches donnent lieu à de nombreuses collaborations tant à l'intérieur de l'Institut Pasteur (analyse des promoteurs de H. pylori avec Agnès Labigne par exemple) qu'à l'extérieur (Université de Marne-la-Vallée, projet Génoplante).

Les travaux de Catherine Letondal débouchent sur une activité de recherche en interfaces personne-ordinateur et une thèse à l'Université de Paris 11. (Voir
http://www-alt.pasteur.fr/~letondal/chi_pp.html). Louis Jones, Bernard Caudron, Frédérique Galisson, Nicolas Joly et d'autres membres du service sont impliqués dans des collaborations avec diverses unités de recherche du campus.
(Voir http://www.pasteur.fr/units/sis/Rapport/node8.html).

La création de méthodes nouvelles en biologie informatique et des logiciels qui les incarnent est un domaine de recherche actif dont l'accès suppose des biologistes formés à l'informatique (ou des informaticiens formés à la biologie). Dans cette perspective nous avons créé le Cours Pasteur d'Informatique en Biologie qui a connu en 1999 sa sixième session avec 16 élèves. Cet enseignement comporte 320 heures de cours et de TP répartis sur 14 semaines et centrés sur la programmation. Plusieurs universitaires extérieurs nous apportent leur concours. Le public est constitué pour l'essentiel d'étudiants en thèse ou de post-doctorants. Le programme est ici : http://www.pasteur.fr/formation/infobio.html On pourra lire ici un des cours
dispensé : http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/Intro_Programmation/

Le SIS propose aux chercheurs un cycle complet de formations d'une part à l'usage de l'informatique en général (maîtrise de l'environnement local et du réseau), d'autre part à l'analyse de séquences biologiques et à l'usage des programmes de biologie moléculaire en général. Tout le SIS y participe, l'organisation est confiée à Frédérique Galisson et Olivier Perret. Le programme complet est
ici : http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/formation/

Il est proposé que ces formations soient proposées à un public extérieur sous la forme d'un cours estival de deux semaines, dans le cadre du Centre d'Enseignement. Nous recevons en effet des demandes et l'offre dans ce domaine est très limitée. Ce cours pourrait en tout ou en partie s'ouvrir à un public non-francophone.

24 Instituts Pasteur ou associés fonctionnent de par le monde, en comptant Paris. Ils sont établis au Viêt-nam (Hô Chi Minh-ville, Nha-Trang, Hanoï), en Russie, à la Guadeloupe, en Guyane, en Nouvelle-Calédonie, en Roumanie, en Iran, au Cambodge, en Italie, en Grèce. En Afrique, on compte les Instituts de Tunis, Alger, Dakar, Antananarivo, Casablanca, Bangui et Yaoundé. Un nouvel Institut est en création à Hong-Kong. L'aide informatique fournie à ces Instituts est décrite
en : http://www.pasteur.fr/units/sis/Rapport/node10.html.

Stéphane Bortzmeyer et Annick Thébault assurent la tâche de plus en plus lourde d'administrer le fonctionnement du serveur WWW de l'Institut Pasteur, ainsi que le serveur d'archives FTP.
Voir http://www.pasteur.fr.

Nous publions un bulletin d'information à l'usage du campus, le B6, disponible
ici : http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/B6/

Nous apportons un soutien technique à nos collègues de la Bibliothèque Centrale pour l'administration de leurs serveurs informatiques de plus en plus importants (http://www.pasteur.fr/infosci/biblio/).

« Last but not the least », l'activité sans quoi rien de ce qui précède ne serait possible est assurée par une équipe de quatre personnes, Daniel Azuelos, Marc Baudoin, Gérard Masson et Olivier Perret. L'architecture de nos systèmes et de notre réseau ainsi que nos dispositifs de sécurité sont décrits ici : http://www.pasteur.fr/units/sis/Rapport/node3.html. Le plan du réseau est ici : http://www.pasteur.fr/~dan/Reseau/Plan_IP.29.html et les plans détaillés pour certains bâtiments là : http://www.pasteur.fr/~tronic/.

Personnel de l'unité

Secrétariat de l'unité

Marie-Christine BOUSSIN (mcb@pasteur.fr)

Chercheurs de l'unité

Marie-France SAGOT

Stagiaires de l'unité

Philippe BLAYO
Sylvain LHULLIER
Laurent MARSAN
Estela Maris RODRIGUES
Marina ZELWER

Autre personnel de l'unité

Daniel AZUELOS
Marc BAUDOIN
Stéphane BORTZMEYER
Bernard CAUDRON
Éric DEVEAUD
Frédérique GALISSON
Nicolas JOLY
Louis M. JONES
Michel KELLER
Catherine LETONDAL
Gérard MASSON
Olivier PERRET
Katja SCHUERER
Annick THÉBAULT

Publications de l'unité

En cas de problèmes ou de remarques concernant ce serveur Web, écrire à rescom@pasteur.fr. Cette page a été modifiée pour la dernière fois le Vendredi 14 Avril 2000 à 13 h 14 (Temps Universel) .