Institut Pasteur Rapport d'activité de l'unité Analyse d'Images quantitative pour l'année 1999

CNRS URA 1947


Responsable : OLIVO-MARIN Jean-Christophe (jcolivo@pasteur.fr)

Résumé du rapport

Le Laboratoire d’Analyse d’Images Quantitative met au point des méthodes et des programmes de traitement d'images ciblés pour l'imagerie microscopique et visant à assurer une quantification automatique des images biologiques. Nos thématiques de recherche sont centrées sur la segmentation et le suivi d'objets déformables et sur la quantification d’images en fluorescence.

Abstract

The Laboratory for Quantitative Image Analysis develops image processing methods and programs for the automatic analysis of microscopic images. We are interested in dynamic object segmentation and tracking and in fluorescence imaging quantification.

Texte du rapport

Le Laboratoire d’Analyse d’Images Quantitative met au point des méthodes et des programmes de traitement d'images ciblés pour l'imagerie microscopique et visant à assurer une quantification automatique des images biologiques.

Analyse de mouvement et de forme
(S. Carme, V. Meas-Yedid, J.C. Olivo-Marin) Nous avons engagé des travaux sur les modèles de contours actifs pour la segmentation et le suivi d'objets déformables dynamiques. Le modèle de contours actifs définit un contour comme une courbe à qui est associée une fonctionnelle dont on veut minimiser l’énergie qui elle-même dépend de la forme et de la situation du contour initial dans l’image d’origine. La modélisation de l’énergie doit donc prendre en compte l’information sur la courbure du contour ainsi que les caractéristiques intrinsèques de l’image au voisinage du contour en évolution. Les applications visées grâce à cet outil sont l’étude du mouvement et de la motilité d'amibes (collaboration avec l'Unité de P. Sansonetti) et l'analyse quantitative des changements morphologiques des lymphocytes T (collaboration avec l'Unité de A. Dautry).

Segmentation d'images couleur
(C. Cignetti, V. Meas-Yedid, J.C. Olivo-Marin)

Un deuxième projet est la segmentation d'images couleur en histopathologie. A l’issue de l’étude de différentes méthodes et de différents tests, nous avons mis au point un algorithme fondé sur la segmentation de l’image d’intensité avec comme paramètres discriminants la variance locale et la densité de certains niveaux de gris. L'application directe de ce travail a été la détection de lésions causées par le virus de Theiler dans la moelle épinière de souris (collaboration avec l'Unité de M. Huerre). L’algorithme établi permet la détection de certaines lésions et est en court d'évaluation.

Détection de fluorescence
(J.C. Olivo-Marin)
L'utilisation de nos programmes de détection et comptage de spots nous a permis de quantifier, en collaboration avec le Laboratoire de U. Nerhbass, la localisation spatiale de télomères dans des noyaux de levure.

Personnel de l'unité

Secrétariat de l'unité

Isabelle Dulieu

Chercheurs de l'unité

Jean-Christophe Olivo-Marin

Stagiaires de l'unité

Sabin Carme
Cédric Cignetti

Autre personnel de l'unité

Vannary Meas-Yedid

Publications de l'unité

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