Institut Pasteur Rapport d'activité de l'unité Collection pour l'année 1999


Responsable : BIZET Chantal (bizet@pasteur.fr)

Résumé du rapport

La Collection de l'Institut Pasteur (CIP) a pour mission d'assurer la maintenance et l'enrichissement de la collection des bactéries de l'Institut Pasteur, la production d'un catalogue, la diffusion d'informations (caractères phénotypiques, propriétés particulières, pouvoir pathogène...) concernant les souches distribuées, le développement d'une recherche sur l'identification, la taxonomie, la conservation des bactéries, la participation aux enseignements de l'Institut Pasteur. La Collection a été certifiée selon le référentiel ISO 9 002 en Juin 1998.

Abstract

The role of the Collection de l'Institut Pasteur (CIP) is to ensure the maintenance and enrichment of its bacterial collection, the production of a catalogue (the 7th edition was published in 1998), the diffusion of information on the strains distributed and finally the development of research on identification, taxonomy and preservation of bacteria. The CIP is the first French ISO 9002 certificated collection.

Texte du rapport

Gestion du stock de souches
(C. Bizet)
La Collection dispose aujourd'hui de plus de 6 500 souches disponibles au catalogue (1700 espèces différentes). Chaque année, de nouvelles souches sont incorporées dans la collection, provenant soit de chercheurs de l'Institut Pasteur, soit de collections étrangères selon des accords d'échanges entre les collections, soit de dépôts de souches nouvellement décrites après contact avec des chercheurs étrangers ou français. La collection regroupe également des plasmides, des transposons, des souches hôtes, des sondes. Des suspensions de spores (genres Bacillus et Clostridium) titrées sont disponibles depuis le début de l'année 1997. Le dédoublement de la collection permet de conserver les souches dans 2 endroits différents et par 2 techniques différentes (lyophilisation et congélation à -80°C, ou congélation dans l'azote liquide et à -80°C pour les souches qui ne supportent pas la lyophilisation).

Informatisation
(C. Barreau)
Durant toute l'année, une mise à jour de la base de données est effectuée régulièrement permettant en particulier de rentrer les caractères biochimiques des souches, les renseignements du catalogue et l'état du stock du souchier. Le catalogue est consultable sur le site web de l'Institut Pasteur à l'adresse suivante : http://www.pasteur.fr/applications/CIP/.

Expertises
(C. Bizet)
Des expertises sont réalisées à la demande de laboratoires industriels, pour l'identification bactérienne par l'étude des composants de la paroi et l'électrophorèse des proteines ainsi que l'étude de la sensibilité des bactéries à différents antibiotiques.

Relations internationales
(C. Bizet)
La CIP fait partie de diverses organisations officielles : l'ECCO (European Culture Collections'Organization), CABRI (Common Access to Biotechnological Resources and Information) et la WFCC (World Federation for Culture Collection).

Assurance Qualité
(D. Clermont)

L'ensemble des activités est formalisé par écrit au sein d'un système documentaire architecturé et adapté à l'organisation de la CIP. Les opérations sont enregistrées. Les dispositions mises en place sont en permanence appliquées et améliorées. Régulièrement des audits internes sont réalisés afin d'évaluer les éventuels écarts entre "ce qui est fait et ce qui est écrit". Des indices Qualité sont établis à partir des incidents du laboratoire relevés et des réclamations des clients. Des actions correctives et préventives sont déclenchées si nécessaire. La certification est attribuée pour une période de 3 ans. Mais, chaque année, elle doit être reconduite suite à un audit de suivi qui a été réalisé par l'AFAQ en Mars 1999.

Identification par ribotypage et Biotype-100 de souches d'Achromobacter xylosoxidans et de souches d'espèce non identifiée des genres Alcaligenes, Agrobacterium et apparentés (D. Clermont)

Le nombre de caractères phénotypiques discriminatifs est limité dans les genres Alcaligenes, Agrobacterium , Achromobacter et les genres apparentés dont les espèces sont par conséquent difficiles à distinguer les unes des autres. L'utilisation de moyens d’identification autres que phénotypiques apparait par conséquent nécessaire. Nous avons ainsi séparé par ribotypage et par l’utilisation d’auxanogrammes les deux sous espèces décrites chez Achromobacter xylosoxidans. Parmi les souches non clairement identifiées qui ont été étudiées, cinq souches ont été rapprochées de l’espèce nouvellement décrite Ralstonia paucula et trois autres ont été reliées à l’espèce Ochrobactrum anthropi.

Création d’une base de données
(D. Clermont)

La ribotypie que nous effectuons est réalisée dans la mesure du possible en utilisant l’appareil automatique appelé Riboprinter afin de nous constituer une base de données.

Réidentifification des souches de la Collection en fonction des changement de nomenclature et de la description de nouvelles espèces (D. Clermont)

De récentes études taxonomiques ont mis en évidence une identification erronée de souches de Shewanella putrefaciens avec la création de nouvelles espèces telles que Shewanella baltica, Shewanella algae et Shewanella oneidensis. A partir de ces nouvelles données, 12 souches reçues à la Collection de l’Institut Pasteur entre 1959 et 1992 identifiées comme S. putrefaciens ont été réidentifiées . De même 119 souches de Bacillus subtilis sont examinées en vue de les identifier au niveau des 2 sous-espèces récemment décrites : subtilis et spizizeni.

Vente de suspensions de spores
(D. Clermont)

Des suspensions de spores sont préparées à partir de 6 souches retenues pour le projet européen de normes sporicides. L'activité antiseptique des spores sera validé après un an de conservation à + 4°C et à - 80°C. Ce travail est réalisé en collaboration avec le laboratoire MICRAAM dirigé par le Pr Crémieux, représentant français au niveau du CEN pour les antiseptiques et les désinfectants.

Electrophorèse des protéines totales et chimiotaxonomie (C. Barreau)

Ce laboratoire contribue aux développements de méthodes d'identification bactérienne par l'analyse fine des constituants de la paroi bactérienne : lipides, peptidoglycane, sucres polymères... et les protéines totales. Les principales techniques utilisées sont la chromatographie planaire et ses dérivés ainsi que l'électrophorèse en gel discontinu. Les résultats sont exploités par un traitement informatique à l'aide de logiciels spécifiques.

Plusieurs banques de données sont en cours d'enrichissement et comprennent les profils protéiques ainsi que la nature des composants pariétaux. Les travaux de ce laboratoire trouvent leur application d'une part dans le contrôle des souches de la Collection et d'autre part dans l'expertise de souches pour le compte de laboratoires Industriels.

Dans la cadre du "groupe Coryne", la CIP contribue à l'étude des bactéries coryneformes dont la présence en clinique humaine est importante.

mots-clés : taxonomie, conservation, collection, bactéries

Personnel de l'unité

Secrétariat de l'unité

CLODION Gilberte
BENEDIC Marie- Bénédicte

Chercheurs de l'unité

BIZET Chantal

Autre personnel de l'unité

BARREAU Claude
CHATENET Patricia
CLERMONT Dominique
HARMANT Christine
NOWAKOWSKI Mireille
PIETFROID Alain
RIVERA-MELLADO Teofilo

Publications de l'unité

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