Institut Pasteur Rapport d'activité de l'unité Coordination des Centres de Reference pour l'année 1999


Responsable : LAMASSOURE Marie Antoinette (amaryan@pasteur.fr)

Résumé du rapport

Les Centres nationaux de référence contribuent, pour une large part, aux missions de santé publique de l'Institut Pasteur telles qu'elles sont inscrites dans ses statuts. Sur les 39 centres existant en France en 1999, 21 sont situés ou associés à l'Institut Pasteur. Ces laboratoires sont des observatoires microbiologiques pour la surveillance de certaines maladies transmissibles.

Abstract

The National Reference Centers (NRC) play an important role in the public health missions of the Institut Pasteur, as defined in its statutes. The Centers are designated for a period of three years through a decision made by the French Department of Health. As partners in the General Directorate of Health and the National Institute for public Health Surveillance, they participate in the program of surveillance of communicable diseases in France. Most of these Centers are also designated as Collaborating Centers of the World Health Organization (CCWHO). Their activities are coordinated by the Department for Coordination of Reference laboratories. Their missions are defined by the official decision of October 7, 1996:

> Providing expertise in microbiology and pathology of infectious agents

> Contributing to epidemiological surveillance

> Issuing an immediate alert, through the Minister in charge of public health, concerning any observations which could severely affect the health of the population

> Acting in an advisory capacity to public health authorities and health professionals.

The list of NRCs was renewed by the decree of March 17, 1998 modified by the decree of November 24, 1999, after an evaluation of their activities by the General Directorate of Health. Among the 39 NRC in France, 21 are located at the Institut Pasteur or are associated with it. http://www.pasteur.fr/sante/clre/cnractiv/liscnr.html

Texte du rapport

CENTRES NATIONAUX DE RÉFÉRENCE (CNR)

Les Centres nationaux de référence contribuent, pour une large part, aux missions de santé publique de l'Institut Pasteur telles qu'elles sont inscrites dans ses statuts. Ils sont désignés pour trois ans par arrêté du Ministère en charge de la Santé. Partenaires de la Direction Générale de la Santé (DGS) et de l’Institut National de Veille Sanitaire (InVS), ils sont des observatoires microbiologiques pour la surveillance de certaines maladies transmissibles. La plupart sont aussi désignés CCOMS.

Ils sont gérés et coordonnés par le Service Coordination des Laboratoires de Référence (CLRE) . http://www.pasteur.fr/sante/clre/chap/clre.html

Leurs missions sont définies dans l'arrêté du 7 octobre 1996 (J.O. du 25/10/1996) http://www.pasteur.fr/sante/clre/chap/cnrmiss.html

La liste des CNR en France a été renouvelée par l’arrêté du 17 mars 1998, modifié par l’arrêté du 24 novembre 1999. Sur les 39 centres existant en France en 1999, 21 sont situés ou associés à l'Institut Pasteur. http://www.pasteur.fr/sante/clre/cnractiv/liscnr.html

CENTRES COLLABORATEURS DE L'OMS (CCOMS)

Les CCOMS font partie d'un réseau international de laboratoires experts, jouant le rôle de référence et de conseiller pour l'OMS sur la base d'un mandat spécifique à chacun bien défini. En 1999, onze CCOMS sont situés à l’Institut Pasteur à Paris. http://www.pasteur.fr/sante/clre/cnractiv/liscoms.html.

Pour l’année 1999, il faut citer :

Le CNR DES ARBOVIRUS ET DES FIEVRES HEMORRAGIQUES VIRALES qui assure la surveillance permanente de la fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR) chez des patients du Nord-Est de la France. En 1999, l’étude a permis de confirmer l'existence d'un cycle triennal de cette maladie due à un hantavirus circulant dans les populations des campagnols roussâtres dans le foyer endémique des Ardennes. A cette occasion, la technique d'amplification génique (RT-PCR) a été développée pour identifier le virus dans des organes des rongeurs. En 1999, suite à une épidémie mortelle à New York due au virus West Nile (famille Flaviviridae), des études génétiques ont été poursuivies sur plusieurs souches isolées ou transmises au CNR. Les résultats obtenus ont permis d'identifier l'origine israélienne de ce virus. Enfin, une étude clinique sur le virus de la dengue a été initiée en 1999, réunissant plusieurs centres parisiens de consultation de médecine tropicale, afin de mieux définir les critères cliniques de cette maladie et d'en estimer sa prévalence parmi les maladies d'importation.

Pour en savoir plus http://www.pasteur.fr/sante/clre/cadrecnr/arboFHV-index.html

Le CNR DES LISTERIA (CNRL) a prévenu la Direction Générale de la Santé (DGS), l’Institut de Veille Sanitaire (InVS), la Direction générale de l’Alimentation (DGAl) et la Direction générale de la Consommation, Concurrence et Répression des Fraudes (DGCCRF) de l’existence de trois cas groupés causés par une même souche le jeudi 18 février 1999. Le lundi suivant, l’InVS suspectait fortement le véhicule alimentaire à l’origine des cas. Après enquête complémentaire, des mesures étaient prises au niveau du producteur et la DGS, la DGAl et la DGCCRF diffusaient un communiqué de presse le jeudi. Le vendredi matin, le CNRL confirmait que les souches isolées de cet aliment par un laboratoire vétérinaire départemental étaient identiques à celles des patients. Cet épisode témoigne de la très grande réactivité des différents intervenants du système de surveillance et d’investigation de la listériose en France.

Le CNR DES LEPTOSPIRES est le seul laboratoire en France métropolitaine à pratiquer de façon étendue (16 antigènes) la technique de référence permettant un diagnostic épidémiologiquement pertinent des leptospiroses. C’est sur lui que repose le recueil et le traitement des données épidémiologiques. Il assure l'identification et le typage des souches reçues de Métropole, des DOM/TOM et de l'étranger. Il communique les résultats épidémiologiques obtenus aux autorités sanitaires (DGS et InVS) et les diffuse à ses correspondants. En 1999, 739 cas ont été détectés (DOM/TOM inclus). Cette surveillance permanente et passive est ponctuellement renforcée, notamment sur le plan international par des données de surveillance active dans le cadre de son mandat de Centre collaborateur de FAO/OMS.

Pour en savoir plus http://www.pasteur.fr/sante/clre/cadrecnr/lepto-index.html

Le CNR DES VIBRIONS ET DU CHOLERA pour rappeler que le choléra reste encore un problème majeur de santé publique dans le monde puisque, en 1999, 298910 cas et 10528 décès ont été déclarés à l’OMS. Si la France, comme la plupart des pays développés n’est pas directement concernée par les épidémies de choléra, elle l’est par l’importation des cas qui sont régulièrement diagnostiqués chez des voyageurs revenant de pays dans lesquels sévit cette maladie. Le CNR entretient des relations continues avec des microbiologistes d’Afrique et d’Asie et des organisations humanitaires spécialisées dans la prise en charge des épidémies de choléra dans des situations d’urgence. Dans le cadre de ses collaborations avec le Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts associés, le CNR a confirmé l’arrivée du choléra à Madagascar en mars 1999, pour la première fois depuis plus d’un siècle. Enfin les souches de vibrions reçues au CNR sont utilisées par l’Unité de recherche dans le cadre d’un programme de recherche visant à mettre au point un vaccin anticholérique chimiquement défini. Le CNR étudie également des souches de vibrions non cholériques, dont le réservoir est le milieu marin, qui sont responsables d'infections humaines en France.

Le CNR DES SALMONELLA ET SHIGELLA (CNRSS) et le CNR POUR LE TYPAGE MOLECULAIRE DES ENTEROBACTERIES (CNRTME) ont alerté en novembre 99 l’InVS d'une augmentation des isolements humains de Salmonella sérotype Typhimurium dans un département du sud de le France. L’enquête épidémiologique, initiée par l'InVS afin d'identifier l'origine de l'épidémie et de proposer des mesures de contrôle, a mis en évidence 34 cas d'infections dues à cette bactérie chez des personnes séjournant dans des hôpitaux et maisons de retraite ou fréquentant des collectivités scolaires. L'allure de la courbe épidémique suggérait une source commune et prolongée de contamination. L'enquête vétérinaire a permis d’identifier le véhicule alimentaire qui a été retiré de la vente. L’ampleur de cette épidémie a pu être limitée grâce à sa détection précoce par le CNRSS, laboratoire expert s’appuyant sur le système informatisé de surveillance et d'alerte des salmonelloses humaines qu’il a mis en place ainsi que les profils d’ADN déterminés par le CNRTME. Il faut noter que cet épisode, donné en exemple, est très fréquent pour ces CNR dont le domaine d’intervention concerne la famille bactérienne responsable de la majorité des infections d’origine alimentaire. Ils participent au réseau européen de surveillance des infections à Entérobactéries (ENTER-NET).

Pour en savoir plus : http://www.pasteur.fr/sante/clre/cadrecnr/salmcnr-index.html

Le CNR DES STAPHYLOCOQUES reçoit des souches isolées responsables d’infections suppuratives à localisations variées et d’infections liées à la production de toxines. En 1999 le CNR a individualisé plusieurs clones de Staphylococcus aureus portant une résistance hétérogène et de bas niveau à la vancomycine qui se sont avérés présents dans les hôpitaux français depuis 1993. De plus deux nouveaux gènes de résistance à la streptogramine A et aux antibiotiques apparentés ont été caractérisés. Leur détection permettrait d’expliciter la résistance aux traitements malgré une apparente sensibilité in vitro.

LES CENTRES COLLABORATEURS DE L'ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE (CCOMS)font partie d'un réseau international de laboratoires experts, jouant le rôle de référence et de conseiller pour l'OMS et les Centres nationaux de référence des pays membres de l’OMS.

Le CCOMS DE REFERENCE ET DE RECHERCHE POUR LES ARBOVIRUS ET FIEVRES HEMORRAGIQUES VIRALES collabore, à l'échelle mondiale, à l'étude de la circulation des virus. Il participe à la recherche des réservoirs des virus Ebola et Marburg (famille Filoviridae), qui demeurent inconnus. Des séquences de génome du virus Ebola ont été détectées dans des petits mammifères rongeurs et insectivores d'Afrique centrale, indiquant que ces animaux ont été en contact avec le virus.

Pour en savoir plus : http://www.pasteur.fr/sante/clre/cadrecnr/arboFHV-index.html

Le CCOMS EN MATIERE DE BACTERIES SPORULEES ENTOMOPATHOGENES POUR LA LUTTE BIOLOGIQUE CONTRE LES VECTEURS DE MALADIES caractérise les souches de 2 espèces bactériennes, Bacillus thuringiensis et B. sphaericus, utilisées dans la pratique comme agents de lutte biologique contre des insectes. Il en évalue également l’efficacité, sur larves de moustiques. En 1999, le laboratoire a ainsi identifié près de 200 souches originaires principalement d'Europe, d'Amérique du sud et du sous-continent indien. La Collection Internationale de Bacillus entomopathogènes (Collection IEBC) entretenue par le Laboratoire comportait, fin 1999, 6 000 souches présentées dans un catalogue. Depuis l'origine, le CCOMS évalue sur le terrain les potentialités, dans la lutte contre les larves de Diptères vecteurs, de souches bactériennes nouvelles ou de formulations expérimentales. La collaboration établie avec l'Institut Pasteur de la Guyane a conduit à instaurer localement l'utilisation de Bacillus thuringiensis israelensis dans la lutte contre le moustique Aedes aegypti, le vecteur majeur des virus de la dengue.

Le CCOMS SUR LA POLIOMYELITE dédie son activité au programme OMS pour l’éradication globale de la poliomyélite au sein du Réseau Mondial des Laboratoires Polio (LabNet Polio), chargé de la surveillance de la poliomyélite et base technologique de la certification de l’éradication. Dans ce cadre il a créé et coordonne le secteur francophone du réseau LabNet Polio basé sur le Réseau international des Instituts Pasteur et Instituts Associés (RIIP). Le CCOMS de l’Institut est un des 6 laboratoires spécialisés du globe à assumer des missions de développement méthodologique, de formation et d'expertise.

La COLLECTION DES MANUELS TECHNIQUES éditée par l’Institut Pasteur est placée sous la responsabilité du service CLRE. Ces ouvrages ont pour objectif le transfert de connaissances et de savoir-faire en vue de la standardisation des méthodes de laboratoire préconisées par les CNR.

Pour tout renseignement, voir : http://www.pasteur.fr/infosci/manuels/

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COTTET Martine - +33 (0) 1 4568 8298

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