Institut Pasteur Rapport d'activité de l'unité Mycologie


Responsable : DUPONT Bertrand (bdupont@pasteur.fr )

Résumé du rapport

Les mycoses systémiques posent d'importants problèmes diagnostiques et thérapeutiques. Une meilleure connaissance de la physiopathologie et de l'épidémiologie de ces infections pourrait améliorer leur pronostic. Nous centrons nos recherches sur la pathogénicité de Cryptococcus neoformans et nous étudions aussi les candidoses et les actinomycoses ainsi que la taxonomie moléculaire des champignons.

Abstract

Early diagnosis and efficient treatment are the major problems for most of the mycoses. Increasing our knowledge on the pathophysiology and the epidemiology of these infections should improve their prognosis. We have focused our research on the pathogenicity of Cryptococcus neformans, and study also the infections due to Candida albicans, the actinomycoses and the molecular taxonomy.

Texte du rapport

Physiopathologie de la cryptococcose chez l'homme et chez l'animal (F. Dromer)

La cryptococcose est une infection opportuniste grave due à une levure encapsulée, C. neoformans. L'infection par C. neoformans provoque des méningo-encéphalites chez des patients ayant en général un déficit de l'immunité cellulaire, tels les patients atteints de SIDA. Une étude clinique sur la physiopathologie des infections dues à C. neoformans, sérotypes A et D (étude Crypto A/D), a débuté en avril 1997. Cette étude permet de rassembler des données cliniques et épidémiologiques sur les patients infectés par C. neoformans consentant à participer à ce protocole. En parallèle, des liquides biologiques sont prélevés pour une étude de la réponse humorale et des profils de cytokines à des temps connus de l'évolution de l'infection. La physiopathologie est également étudiée dans les modèles expérimentaux avec recherche des paramètres influençant la virulence de la levure et le développement de la réponse immunitaire.

Etude des souches de C. neoformans (F. Dromer)

Nous avons mis au point et standardisé différentes méthodes de typage moléculaire des souches de C. neoformans permettant d'une part de regrouper les souches selon leur origine géographique (à l'échelle des continents) et de mettre en évidence la variabilité antigénique des souches chez les patients infectés par C. neoformans. Ces méthodes sont des outils importants pour l'étude de la physiopathologie des cryptococcoses et de la virulence de C. neoformans.

Etude des gènes de la capsule de C. neoformans (G. Janbon, F. Dromer)

Déterminer l'origine génétique de la structure de la capsule de C. neoformans est une des clés pour mieux comprendre ce qui en fait l'élément principal de la virulence de ce champignon. Le but du projet est de comprendre l'influence de la structure de la capsule et de sa variabilité sur la virulence de C. neoformans et sur la physiopathologie de la cryptococcose. Notre stratégie consiste à cloner et à étudier les gènes responsables de la synthèse de cette capsule ainsi que ceux la régulant.

Etude des vaginites récurrentes dues à Candida albicans (B. Dupont)

Ce travail s'inscrit dans le cadre du Centre National de Référence. Nous utilisons une technique de typage moléculaire (VNTR) pour rechercher si la même souche est responsable des épisodes successifs de vaginite et pour étudier la particularité génétique des souches responsables des vaginites récurrentes par rapport aux souches isolées au cours d'épisodes uniques.

Centre National de Référence des Mycoses, des Antifongiques et des Actinomycètes (B. Dupont)

Il est situé dans l'Unité de Mycologie. Son activité concerne l'épidémiologie, le diagnostic, le traitement des mycoses et des actinomycoses et la taxonomie moléculaire des champignons pathogènes.

Taxonomie et phylogénie des champignons d'intérêt médical (E. Guého)

En continuité de la révision taxonomique du genre Malassezia, le système d'identification des levures lipophiles, mis au point pour une utilisation en routine microbiologique, a été amélioré par l'ajout de deux caractères, à savoir l'assimilation du crémophore EL (huile de castor) et la révélation d'une bêta-glucosidase par le milieu à l'esculine. Pour l'espèce zoophile M. pachydermatis, une corrélation a pu être établie entre les sous-types génétiques ("séquevars" par analogie au Pneumocystis carinii) et l'espèce animale hôte. Ce phénomène s'est vérifié avec les souches passées accidentellement à l'homme, sans exception du séquevar Ia. La taxonomie et la phylogénie des champignons ascomycètes appartenant à l'ordre des Onygénales ont été reprises pour préciser l'identité, en relation avec l'origine géographique des souches, et la parenté des 4 espèces majeures de champignons dimorphiques : Blastomyces dermatitidis, Coccidioides immitis, Emmonsia parva et Histoplasma capsulatum. A la seule exception de C. immitis, les autres espèces sont étroitement apparentées. Par contre, les souches africaines de B. dermatitidis constituent une entité génétique bien séparée des souches américaines, comme suggéré mais non prouvé par les différences cliniques et sérologiques de cet agent de la blastomycose. Les deux variétés de Emmonsia parva, agents de l'adiasporomycose, correspondent en fait à deux espèces distinctes. Enfin, il existe des différences en fonction de l'origine géographique des souches d'H. capsulatum indiquant une évolution en cours pour ce champignon.

Etude du génome mitochondrial de Trichophyton rubrum (C. de Bièvre)

Trichophyton rubrum est l'agent principal isolé des lésions de l'ongle et de la peau chez l'homme. Disparu du milieu extérieur depuis un temps indéterminé, il était intéressant d'étudier son génome mitochondrial qui contient une grande partie des gènes ayant un rôle dans la respiration et la production d'énergie nécessaires aux synthèses de la matière cellulaire. Le séquençage de l'ADN mitochondrial a permis de connaître la totalité des gènes situés sur l'unique chromosome. Leur ordre sur le génome et leur séquence (ordre et type de bases) présente de grandes similitudes avec ce qui est observé chez Aspergillus nidulans, mais avec toutefois une réduction des zones intergéniques et dans le nombre d'introns [séquence d'ADN, située à l'intérieur d'un gène (gène en mosaïque) qui est éliminée lors de la transcription en ARN messager].

Epidémiologie moléculaire et pathogénie des Nocardia (P. Boiron)

Les Nocardia sont des bactéries appartenant au groupe des actinomycètes aérobies (comme les Mycobacterium, Rhodococcus, etc. d'intérêt médical, ou les Streptomyces d'intérêt biotechnologique), dont plusieurs espèces sont des pathogènes opportunistes, responsables d'infections pulmonaires, cérébrales ou cutanées, le plus souvent chez des patients immunodéprimés (corticothérapie, transplantation d'organe, chimio- ou radiothérapie des affections malignes, SIDA, etc.). Une forme particulière d'infection par ces germes est représentée par le mycétome actinomycosique qui est observé de manière endémique en régions tropicales. La nocardiose est une pathologie grave, mal connue, qui devient préoccupante en raison d'une fréquence en augmentation régulière en France comme aux USA, de sa gravité, accrue par le terrain immunodéficient des patients, de ses difficultés diagnostiques et de la résistance fréquente des Nocardia à de nombreux agents antibiotiques. Un programme de recherche a été engagé avec le double objectif de développer d'une part, des outils diagnostiques (PCR, ribotypage, sérodiagnostic, antibiotypie) et épidémiologiques (RAPD) et d'autre part, d'élucider les bases moléculaires du pouvoir pathogène des Nocardia (développement d'un système de clonage, étude des facteurs de virulence et de leur support génétique, rôle des plasmides).

Services rendus

L'Unité de Mycologie assure aussi plusieurs activités de service : une collection essentiellement consacrée aux champignons pathogènes pour l'homme et l'animal et un Cours de Mycologie Médicale destiné aux biologistes et aux cliniciens qui veulent se spécialiser dans l'étude et le diagnostic des champignons pathogènes. L'Unité est associée au Centre National de Référence des Mycoses Humaines, des Antifongiques et des Actinomycètes.

Mots clés : champignon, Cryptococcus, épidémiologie, Nocardia, taxonomie

Serveurs :      www.acs.ucalgary.ca
                        www.alces.med.umn.edu//candida.html

Personnel de l'unité

Secrétariat de l'unité

LECARPENTIER Laurette, IP

Chercheurs de l'unité

BOIRON Patrick, IP
DE BIEVRE Claude, IP
DROMER Françoise, IP
GUEHO Eveline, INSERM

Stagiaires de l'unité

GARCIA-HERMOSO Dea, thèse
JANBON Guilhem, post-doc
LORTHOLARY Olivier, thèse
MICK Virginie, DEA
NEUVILLE Ségolène, DEA
OROZCO Sandra, DEA
SITBON Karine, médecin d'études cliniques

Autre personnel de l'unité

CHEVRIER Geneviève, IP
COUTANSON Monique, IP
IMPROVISI Luce, CNRS
PROVOST Frédérique, IP
NICOLAS Marlène, Assurance Qualité
RONIN Olivier, IP

Publications de l'unité

98116739
98178993
98230957
98273050
98371634

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