Institut Pasteur Rapport d'activité de l'unité Collection de l'Institut Pasteur


Responsable : BIZET Chantal (bizet@pasteur.fr)

Résumé du rapport

La Collection de l'Institut Pasteur (CIP) a pour mission d'assurer la maintenance et l'enrichissement de la collection des bactéries de l'Institut Pasteur, la production d'un catalogue, la diffusion d'informations (caractères phénotypiques, propriétés particulières, pouvoir pathogène...) concernant les souches distribuées, le développement d'une recherche sur l'identification, la taxonomie, la conservation des bactéries, la participation aux enseignements de l'Institut Pasteur. La Collection a été certifiée selon le référentiel ISO 9 002 en Juin 1998.

Abstract

The role of the Collection de l'Institut Pasteur (CIP) is to ensure the maintenance and enrichment of its bacterial collection, the production of a catalogue (the 7th edition was published in 1998), the diffusion of information on the strains distributed and finally the development of research on identification, taxonomy and preservation of bacteria. The CIP is the first French ISO 9002 certificated collection.

Texte du rapport

Gestion du stock de souches
La Collection dispose aujourd'hui de plus de 5 800 souches disponibles au catalogue (1600 espèces différentes). Chaque année, de nouvelles souches sont incorporées dans la collection, provenant soit de chercheurs de l'Institut Pasteur, soit de collections étrangères selon des accords d'échanges entre les collections, soit de dépôts de souches nouvellement décrites après contact avec des chercheurs étrangers ou français. La collection regroupe également des plasmides, des transposons, des souches hôtes, des sondes. Des suspensions de spores (genres Bacillus et Clostridium) titrées sont disponibles depuis le début de l'année 1997. Le dédoublement de la collection permet de conserver les souches dans 2 endroits différents et par 2 techniques différentes (lyophilisation et congélation à -80°C, ou congélation dans l'azote liquide et à -80°C pour les souches qui ne supportent pas la lyophilisation).

Informatisation
Durant toute l'année, une mise à jour de la base de données est effectuée régulièrement permettant en particulier de rentrer les caractères biochimiques des souches, les renseignements du catalogue et l'état du stock du souchier. Le catalogue est consultable sur le site Web de l'Institut Pasteur (http://www.pasteur.fr/CIP).

Expertises
Des expertises sont réalisées à la demande de laboratoires industriels, pour l'identification bactérienne par l'étude des composants de la paroi et pour l'étude de la sensibilité des bactéries à différents antibiotiques.

Relations internationales
La CIP fait partie de diverses organisations officielles : l'ECCO (European Culture Collections'Organization), le réseau MINE (Microbial Information Network in Europe) et la WFCC (World Federation for Culture Collection).

Assurance Qualité
(P. Bellamy)

En Juin 1998, la CIP a été certifiée selon le référentiel ISO 9 002 par l'AFAQ (Association française pour l'Assurance Qualité) pour ses activités de production et de distribution de souches bactériennes, de spores et de plasmides. Le certificat a été remis de façon officielle au Directeur Scientifique de la CIP en présence du Directeur Général de l'Institut Pasteur et de 200 personnes environ de l'Institut Pasteur et de l'extérieur de l'Institut Pasteur. L'ensemble des activités est formalisé par écrit au sein d'un système documentaire architecturé et adapté à l'organisation de la CIP. Les opérations sont enregistrées. Les dispositions mises en place sont en permanence appliquées et améliorées. Régulièrement des audits internes sont réalisés afin d'évaluer les éventuels écarts entre "ce qui est fait et ce qui est écrit". Des indices Qualité sont établis à partir des incidents du laboratoire relevés et des réclamations des clients. Régulièrement, le Responsable Assurance Qualité effectue un bilan. Des actions correctives et préventives sont déclenchées si nécessaire. La certification est attribuée pour une période de 3 ans. Mais, chaque année, elle doit être reconduite suite à un audit de suivi qui sera réalisé par l'AFAQ en Mars 1999.

Etude de l'espèceAchromobacter xylosoxidans (D. Clermont)

21 et 23 souches d’Achromobacter xylosoxydans classées respectivement dans les sous espèces denitrificans et xylosoxidans, déposées à la collection entre 1958 et 1994 sont étudiées afin de vérifier leur appartenance à la bonne sous espèce. Cette étude a été entreprise au vue du peu de caractères phénotypiques discriminatifs distinguant ces deux sous espèces. Les méthodes utilisées sont la recherche des caractères biochimiques conventionels, la galerie biotype 100 (BioMérieux , La Balme- les- Grottes) pour tester l’utilisation de différentes sources de carbone, la ribotypie en utilisant l’appareil automatique appelé Riboprinter et l’électrophorèse des protéines.

Etude des souches non identifiées présentes à la Collection (D. Clermont)

Actuellement 505 souches de genres variés et d’espèce non définie sur la base des tests phénotypiques conventionnels sont présentes au sein de la Collection. Une étude utilisant la ribotypie est entreprise dans le but de les classer plus précisement. 45 souches appartenant au genre Actinomyces sont dans un premier temps à l’étude.

Création d’une base de données
(D. Clermont)

La ribotypie que nous effectuons est réalisée dans la mesure du possible en utilisant l’appareil automatique appelé Riboprinter afin de nous constituer une base de données. Les souches nécessitant la mise en oeuvre de milieux complexes sont passées au Riboprinter et la reproductibilité du riboprint obtenu servira à contrôler les futurs lots.

Vente de suspensions de spores
(D. Clermont)

La conservation des suspensions de spores est testée à +4°C et à -80°C avec des numérations dans le temps et des contrôles d'activité poir certaines d'entre elles.

Electrophorèse des protéines totales et chimiotaxonomie (C. Barreau)

Ce laboratoire contribue aux développements de méthodes d'identification bactérienne par l'analyse fine des constituants de la paroi bactérienne : lipiodes, peptidoglycane, sucres polymères... et les protéines totales. Les principales techniques utilisées sont la chromatographie planaire et ses dérivés ainsi que l'électrophorèse en gel discontinu. Les résultats sont exploités par un traitement informatique à l'aide de logiciels spécifiques.

Plusieurs banques de données sont en cours d'enrichissement et comprennent les profils protéiques ainsi que la nature des composants pariétaux. Les travaux de ce laboratoire trouvent leur application d'une part dans le contôle des souches de la Collection et d'autre part dans l'expertise de souches pour le compte de laboratoires Industriels.

Par ailleurs, le laboratoire est impliqué dans divers projets de recherche taxonomique notamment un projet international visant à l'amélioration des connaissances des Cyanobactéries. Dans la cadre du "groupe Coryne", il contribue à l'études des bactéries coryneformes dont la présence en clinique humaine est importante. Enfin, une étude avec l'Hôpital Saint-Louis sur le rôle des bactéries lactiques dans divers processus pathologiques est en cours d'achèvement.

mots-clés : taxonomie, conservation, collection, bactéries

Personnel de l'unité

Secrétariat de l'unité

CLODION Gilberte

Chercheurs de l'unité

BIZET Chantal

Autre personnel de l'unité

BARREAU Claude
BELLAMY Pascale
CHATENET Patricia
CLERMONT Dominique
HARMANT Christine
NOWAKOWSKI Mireille
PIETFROID Alain
RIVERA-MELLADO Teofilo

Publications de l'unité

B. Bruneau, L. Burc, C. Bizet, N. Lambert-Zechovsky, C. Branger Purulent pleurisy caused by Campylobacter lari. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis., 1998, 17, 185-188.

        D. Clermont, C. Barreau, C. Bizet
      Catalogue des Souches Bactériennes de la CIP ; 7ème édition.

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