Équipements et technologies stratégiques

Les années 90 ont vu une explosion des moyens technologiques, ouvrant de nouvelles possibilités à la recherche biologique. C'est pourquoi l'Institut Pasteur a décidé de créer une direction des Équipements et Technologies Stratégiques (DETS). La DETS permet d'assurer la coordination entre la politique scientifique, les Programmes transversaux de recherche (PTR) et l'achat d'équipements scientifiques par la mise en place de différents plateaux techniques (PT) accessibles à toutes les unités de recherche.

La mise en œuvre

En 2000, plusieurs plateaux techniques ont été créés par la direction des Équipements et Technologies stratégiques. Ils représentent un ensemble d'équipements, de technologies ou de technicités orientés autour d'une thématique et placés, dans la plupart des cas, sous la responsabilité d'un ingénieur technologue aidé, le cas échéant, par d'autres ingénieurs, techniciens ou aides de laboratoire. La nature d'un plateau technique est définie par la direction des Équipements et Technologies stratégiques, après consultation avec d'autres directions, en fonction des besoins de l'ensemble des chercheurs et en adéquation avec la politique scientifique de l'Institut Pasteur. au international Recherche Enseignement Santé

Plusieurs conseillers scientifiques auprès du directeur des Équipements et Technologies stratégiques seront nommés pour chacune des platesformes technologiques. Tout chercheur du campus, et dans certains cas de l'extérieur, doit pouvoir accéder aux plateaux techniques selon les modalités habituelles. Il est prévu que les plateaux techniques soient évalués tous les quatre ans afin d'assurer, dans la mesure du possible, une bonne réactivité et une adaptation permanente par la veille technologique. La création de nouvelles plates-formes technologiques peut en résulter.

Il est clair que nous devons investir davantage dans les plateaux techniques afin de pallier certaines lacunes, en bioinformatique et biologie structurale par exemple, et d'installer de nouveaux plateaux pour répondre à des besoins croissants comme l'imagerie chez le petit animal. L'un des défis majeurs auquel nous sommes confrontés concerne la gestion des ressources humaines afin d'assurer un équilibre entre les activités de service et celles de recherche technologique.

Les différents plateaux techniques

La Génopole

Cette plate-forme technologique regroupe tous les équipements de pointe nécessaires à la réalisation de projets de génomique et de postgénomique et elle s'organise selon le schéma du dogme central de la biologie moléculaire : ADN • ARN • protéines.

Il existe actuellement cinq plateaux techniques au sein de la Génopole de l'Institut Pasteur : “Projets de Génomique”, “Puces à ADN”, “Protéomique”, “Annotation”, “Génomique structurale”.

Par ailleurs, en septembre 2000, un appel à propositions a été lancé au sein de l'Institut Pasteur pour des projets de génomique, transcriptome et protéomique dans le cadre du programme Génopole en microbiologie subventionné par le ministère de la Recherche. Trente et un dossiers ont été déposés (19 en génome, 7 en transcriptome et 5 en protéome). Le 9 novembre 2000, le comité de pilotage a examiné ces projets et en a retenu 20 (13 projets de génomique, 5 projets transcriptome, 2 projets protéome).

PT1 – Projets de Génomique

Ce plateau technique est responsable de la préparation des matrices et du séquençage d'ADN à haut débit. PT2 – Puces à ADN La mission de ce plateau technique est la mise au point et l'utilisation des puces à ADN afin de permettre des études de génomique comparée et du transcriptome.

PT3 – Protéomique

La mission de ce plateau technique est l'identification et la caractérisation des protéines, connues et inconnues, découvertes lors des projets génomiques. Les techniques utilisées couramment sont l'électrophorèse bidimensionnelle et la spectrométrie de masse.

PT4 – “Annotation” – Laboratoire d'Analyse des Génomes microbiens

Parmi les missions de ce plateau technique figurent l'assemblage et l'analyse des séquences nucléotidiques issues du PT1, la recherche de gènes et de signaux régulateurs, l'annotation des séquences, l'identification et la classification de protéines, et la présentation des résultats sous forme de bases de données relationnelles. Ultérieurement, PT4 apportera une aide aux différentes équipes de biologistes pour l'analyse et l'exploitation de données génomiques de divers organismes.

PT5 – Génomique structurale

La mission de ce plateau technique est le clonage et l'expression en parallèle d'un grand nombre de gènes découverts lors de l'analyse de génomes microbiens, afin de réaliser la biologie structurale à grande échelle. Les protéines ainsi surexprimées seront purifiées puis analysées par RMN, diffraction aux rayons X ou cryomicroscopie électronique afin d'élucider leur structure.

Centre de Bioinformatique

La mission du centre de bioinformatique est de promouvoir la recherche biologique au moyen de l'outil informatique. Ce centre comporte l'unité de Bioinformatique structurale (10 personnes), le laboratoire d'Algorithmique combinatoire (6 personnes) et le module de BioSystémique : Modélisation Ingénierie.

Centre d'Imagerie dynamique (CID)

L'imagerie, qui occupe une place centrale dans la recherche moderne, a été renforcée en 2001. Ce plateau technique assure principalement quatre types de fonctions :

permettre l'utilisation par un grand nombre de laboratoires de méthodes d'imagerie déjà bien établies nécessitant un appareillage coûteux et/ou d'utilisation ou d'entretien délicat demandant des compétences techniques de haut niveau ;

assurer une veille technologique et permettre l'introduction de nouvelles méthodes de microscopie et d'imagerie ;

promouvoir l'utilisation du traitement et de l'analyse d'/icono/nav pour aborder les thématiques d'imagerie biologique avec une approche quantitative ;

assurer la formation de chercheurs et d'étudiants de 3ème cycle, en particulier dans le cadre des cours de l'Institut Pasteur, pour leur donner une compétence accrue dans les nouvelles techniques de microscopie et d'exploration fonctionnelle.

Laboratoire de Cytométrie analytique et préparative Biologie moléculaire

Le laboratoire effectue des expériences d'analyse et de tri cellulaires par cytométrie de flux, en image à balayage laser et microscopie confocale. Les prestations ont généralement lieu en “libre service” pour l'analyse en flux, mais sont réalisées par le personnel du laboratoire pour le tri en flux et l'analyse en image. Seules ces dernières prestations sont facturées. Les applications concernent principalement la caractérisation et/ou la sélection de types cellulaires sur la base de leur contenu en ADN ou divers composants (antigènes, ions…). En dehors de l'entretien et de l'adaptation des appareillages, le service met au point de nouveaux protocoles, aide à l'interprétation des résultats et assure une veille technologique dans le domaine de l'analyse de cellules avec des réactifs fluorescents.

Microséquençage de protéines

Ce laboratoire exerce une mission de service, tant au bénéfice de l'Institut Pasteur que de laboratoires extérieurs. Son activité principale est la détermination de séquences d'acides aminés à partir de protéines et de peptides purifiés ou partiellement purifiés. Il poursuit parallèlement une activité de conseil et de mise au point des microtechniques nécessaires à la préparation des échantillons à analyser.

Plate-forme de Microscopie électronique

La plate-forme de Microscopie électronique réalise des travaux de microscopie électronique à transmission et à balayage, et de cryomicroscopie à haute résolution.

Informatique scientifique

Les activités principales de l'informatique scientifique concernent la gestion du réseau local et de l'accès à l'Internet, des serveurs centraux, du serveur Web, des banques de données et l'installation de logiciels de biologie, la sauvegarde des données et la gestion du serveur de fichiers et des logiciels de biologie. Il développe certains logiciels, par exemple des aux bases de données et aux logiciels de biologie et poursuit des recherches en algorithmique. Le SIS a plusieurs activités de formation et organise également un cours à l'Institut.

A p p l i c a t i o n s d e l a r e c h e r c h e

L'année 2000 a été consacrée à la réorganisation des activités de valorisation existantes et au lancement d'une politique ambitieuse en faveur de la création de jeunes entreprises en biotechnologie.

Réorganisation des activités de valorisation

Création du Comité de Valorisation

Le Comité, animé par un coordinateur scientifique, comprend 28 scientifiques représentant l'ensemble des thématiques de recherche de l'Institut Pasteur. Les scientifiques sont les interlocuteurs privilégiés des chercheurs pour la valorisation de leurs inventions.

En 2000, le Comité a :

évalué plus de 200 innovations,

attribué des aides financières pour le soutien de l'innovation à 29 projets,

analysé le potentiel de valorisation de 14 programmes transversaux de recherche,

examiné 10 projets de création d'entreprises nouvelles,

organisé les contacts scientifiques avec nos partenaires industriels (Aventis Pasteur, BioRad, Pasteur Cerba, Procter & Gamble…) sous forme de journées scientifiques ou d'appels d'offres.

Réorientation de la politique de protection de nos inventions

Il s'agit d'une politique volontairement plus large en amont, avec en corollaire un examen très attentif des extensions de brevets à l'étranger, un an plus tard, quand les informations nécessaires à la prise de risque existent (scientifiques, brevetaires et économiques).

En 2000, 81 déclarations d'inventions (concernant 40 % des unités de recherche) ont été ouvertes.

D'autre part, 40 demandes de brevets ont été déposées portant le portefeuille de brevets de l'Institut Pasteur à 330 demandes prioritaires.

Consolidation des partenariats stratégiques

L'Institut Pasteur s'est attaché à améliorer et consolider deux de ces grands partenariats :

dans les vaccins avec Aventis Pasteur (anciennement Pasteur Mérieux Connaught) avec une nouvelle convention signée pour 8 ans et une réflexion approfondie sur la mise en place de Programmes Transversaux de Recherche concernant la vaccinologie de demain ;

dans les diagnostics et les produits de laboratoire avec BioRad (qui a racheté Pasteur Sanofi Diagnostics en septembre 1999) avec une nouvelle convention signée pour 4 ans. Ces nouvelles conventions sont adaptées à la fois aux préoccupations des industriels d'être associés aux recherches menées sur le Campus et au souci de l'Institut Pasteur de voir ses résultats mis rapidement à la disposition de la santé publique.

Doublement des moyens dans le domaine des transferts de technologies

Le nombre de chargés d'affaires est passé de 3 à 6 avec l'introduction d'outils modernes de “licensing”. Au total, 15 nouvelles licences de brevets ont été conclues portant le nombre total à 157. Les revenus de licences ont été portés à 280 millions de francs en augmentation significative sur les dernières années. Par ailleurs, 8 nouvelles collaborations industrielles de Recherche et Développement ont été menées portant à 20 millions de francs le cofinancement par l'industrie des unités de recherche pasteuriennes.

Développement de l'utilisation de la marque Pasteur

Deux accords ont été conclus :

avec l'Institut Pasteur de Lille, dans le cadre de ses activités touchant à l'alimentation,

avec PasteurMed, dans le domaine des contenus multimédia touchant à la santé.

Consolidation de nos accords avec les grands organismes de recherche

Les conventions de valorisation entre l'Inserm, le CNRS, les universités Paris VI et Paris VII ont été renégociées afin d'accroître les synergies.

Création de jeunes entreprises en biotechnologies

La valorisation de la recherche devient de plus en plus une activité où l'Institut Pasteur se trouve en compétition avec les universités et centres de recherche du monde entier. Il est donc nécessaire de faire évoluer en permanence les outils employés. Il est mondialement reconnu que dans 5 à 10 ans, au moins 50 % des transferts de technologies se feront par l'intermédiaire de jeunes entreprises créées par des chercheurs sur la base de brevets existants. L'Institut Pasteur a décidé de participer très activement à cette évolution :

en créant l'incubateur Pasteur BioTop, inauguré le 8 décembre 2000 par M. Roger-Gérard Schwartzenberg, ministre de la Recherche. Cet incubateur industriel, qui pourra accueillir jusqu'à 12 jeunes entreprises, aura pour caractéristiques : - d'accepter des projets uniquement dans les thématiques stratégiques de l'Institut Pasteur, - de fournir plusieurs services de nature industrielle, technique, juridique, administrative et commerciale, - de contribuer largement au soutien managérial, - de proposer des solutions de financement pendant les deux premières années d'existence.

en favorisant la mise en place par la Compagnie Financière Edmond de Rothschild Banque d'un Fonds Commun de Placement à Risque, “Biodiscovery”, dédié aux biotechnologies.

En 2000, trois nouvelles sociétés ont été créées :

Cellectis (réparation génétique),

Evologic (évolution dirigée),

PasteurMed (services multimédia en santé).

D'autre part, 4 sont en préincubation et de nombreuses autres sont en phase d'étude.

Il est juste aussi de saluer :

les résultats d'une activité présente depuis plusieurs années sur le Campus, Texcell, spécialisée en sécurité microbiologique, qui a atteint en 2000 ses objectifs qualitatifs et quantitatifs ;

les levées de fonds réussies de nos deux premières “jeunes pousses”, Hybrigénics et Diatos, qui effectuent des parcours exemplaires et sont des modèles pour les nouvelles sociétés créées.