En 2005, le CNR a réalisé 5850 analyses sérologiques et 109 examens bactériologiques.

Le nombre total des cas observés, y compris les PCRs seules est de 555 dont 212 seulement (incluant 8 cas bactériologiques) pour la métropole (Table 1) et 8 à l'étranger. Un net recul est donc observé en Métropole comme Outre-mer pa rapport aux dix années précédentes (moyenne: 308).

En métropole, le taux d’incidence est de 0,35 pour 100 000 habitants (Table 2), ce qui est particulièrement faible. 

En Outre-mer, c'est en Guadeloupe (Table 3) que l'incidence est maximale (25.3), puis en Nouvelle Calédonie (Table 8) (20.3), à la Martinique (Table 4) (14.2), à Mayotte (Table 7) (13.1), à La Réunion (Table 6) (11.3), en Guyane (Table 5) (5.9) et enfin à Tahiti (Table 9) (3.7). 

1. En Nouvelle-Calédonie, l'importance de l'incidence (notamment années 1994-1999), et donc la prévalence significative de taux résiduels, a conduit à adopter une définition de cas à la fois plus restrictive et plus complexe qu'ailleurs Cette définition différencie les cas confirmés (37 en 2005) et les cas probables (3 en 2005) et donc un total de 40. Les cas confirmés sont les cas bactériologiques (culture ou PCR) et/ou avec séroconversion (4 x titre). Les cas probables correspondent aux cas du 2).

2. En région d'endémie élevée (habituellement > 50100 000 hab.), le seuil dit "clinique" retenu (> 1/400 envers l'un quelconque des antigènes pathogènes) permet de s'abstraire des taux résiduels liés à une précédente leptospirose. C'est le cas à La Réunion et à Tahiti et depuis 2004 les Antilles.

3. En région de basse endémie, c'est un seuil dit "épidémiologique" de 1100 qui est retenu, la prévalence de taux résiduels étant généralement négligeable. Par contre, l'utilisation d’un seuil de 1400 ferait écarter des cas où les prélèvements n'ont pas été effectués à la période sérologique optimale, des formes décapitées par une antibiothérapie précoce, ou encore des cas dus au groupe Grippotyphosa souvent caractérisés par des taux faibles ; c'est le cas en Guyane et en métropole. Dans ce cas de figure, la définition de cas est un compromis entre incidence et prévalence, le premier prédominant nettement. Mayotte bien qu'en zone de haute endémie relève aussi de cette définition en raison de la prévalence locale de Grippotyphosa.

Le nombre de cas métropolitains est très faible en 2005 (191 sans les PCRs et 212 avec) (Table 1). Il faut remonter à 1989, époque ou la PCR n'existait pas pour trouver un si faible total en métropole (179). Une particularité est l'absence de réel "pic" en 2005. La recrudescence estivale est marquée par un plateau d'environ 30 cas  d'août à octobre (Table 1).

Au plan géographique (Table 2) , si comme en 2004 la baisse d'incidence est généralisée, elle est encore plus marquée (0.35 au lieu de 0.39). Elle est particulièrement nette dans l'Ouest (Bretagne, Basse et Haute Normandie) et même en Ile-de-France, Aquitaine, Limousin et surtout en Poitou-Charentes. A l'inverse, plus à l'Est, certaines régions montrent des chiffres plus élevés qu'en 2004 : Centre, Nord-Pas-de-Calais, anecdotiquement, la Corse (2 cas au lieu d'un) et surtout Champagne Ardennes qui présente une incidence record de 1.35 (Table 2).

A l'échelle plus réduite du département, on retrouve les mêmes caractéristiques mais majorées (Table 10). Les Ardennes ont comme à l'accoutumée le taux d'incidence le plus élevé: 4,8 puis le Hautes-Pyrénées (1,4), Charente, Indre et Loire, Manche et Dordogne (1,2) Ain et  Calvados :1.

Pour les DOM-TOM, en considérant les différentes définitions de cas, le chiffres sont proches de ceux de l'an dernier sauf pour la Nelle Calédonie (20,3) (Table 8), ou l'incidence s'est accrue alors qu'elle a diminué en Polynésie française. (Table 9) (Table 2).