RAPPORT D'ACTIVITE DU CENTRE DE REFERENCE

DES LEPTOSPIRES POUR L'ANNEE 2001

 

 

INTRODUCTION

En 2001, le CNR a réalisé 5787 analyses sérologiques et 51 examens bactériologiques. 554 cas de leptospirose ont été détectés dans la communauté française.

. Les 294 (incluant 8 cas détectés par PCR seule) diagnostics sérologiques positifs de métropole (Table 1) sont intermédiaires aux 268 cas de 2000 et 306 de 1999. Ils correspondent à un taux d'incidence moyen de 0,5/100000 hab.(Table 2)

. Outre-mer, le faible chiffre de 260 traduit, comme l'an dernier, plus les difficultés de nos correspondants à maintenir un diagnostic de qualité qu'une improbable modération de l'endémie.

En métropole, le pic saisonnier est centré sur septembre et s'étend sur les deux mois contigus (Table 1). La Champagne-Ardennes est la région dont le taux d'incidence atteint 1,6. (Table 2)

Outre-mer, le taux maximum est observé en Nouvelle-Calédonie (52,35), à Tahiti (12,5), aux Antilles-Guyane (11,45) et enfin La Réunion-Mayotte (7,84).

. Tendances épidémiologiques et surveillance

Trois définitions de cas différentes sont utilisées suivant la région. Elles correspondent à la nécessité de ne pas considérer comme significatives des cicatrices sérologiques dont la prévalence diffère considérablement compte-tenu des niveaux divers d'incidence :

1) - En Nouvelle-Calédonie, l'importance de l'incidence (généralement > 100/100000 hab.), et donc la prévalence significative de taux résiduels, a conduit à adopter une définition de cas à la fois plus restrictive et plus complexe qu'ailleurs. Cette définition différencie les cas confirmés (68 en 2001) et les cas probables (79 en 2001) et donc un total de 147. Les cas confirmés sont les cas bactériologiques (culture ou PCR) et/ou avec séroconversion (4 x titre). Les cas probables correspondent aux cas du 2).

2) - En région d'endémie élevée (habituellement > 50/100000 hab.), le seuil dit "clinique" retenu (> 1/400 envers l'un quelconque des antigènes pathogènes) permet de s'abstraire des taux résiduels liés à une précédente leptospirose. C'est le cas à Tahiti et La Réunion.

3) - En région de basse endémie, c'est un seuil dit "épidémiologique" de 1/100 qui est retenu. En effet, la prévalence de taux résiduels est négligeable et, par contre, l'utilisation de 1/400 ferait écarter des cas où les prélèvements n'ont pas été effectués à la période sérologique optimale, des formes décapitées par une antibiothérapie précoce, ou encore des cas dûs au groupe Grippotyphosa souvent caractérisés par des taux faibles. C'est le cas aux Antilles-Guyane et en métropole.

Cependant Mayotte, bien que d'endémie supérieure à 50/100000 hab., est criblée au 1/100 en raison de la fréquence habituelle de Grippotyphosa qui conduit bien souvent à des taux faibles, 1/100 à 1/200.

Le nombre de cas métropolitains en 2001 (286 cas sérologiques) est moyen, intermédiaire entre celui de 2000 (268) et 1999 (306) ). Les 2/3 des cas se situent au deuxième semestre, tout particulièrement d'août à octobre.(Table 1)

On y retrouve les habituels foyers géographiques : par ordre décroissant : Champagne-Ardennes, Poitou-Charentes et Franche-Comté.(Table 2)

Au plan sérogroupe (Table 1), Icterohaemorrhagiae représente 28 % du total et Grippotyphosa 20 %. Cependant, cette année Sejroe a pris la troisième place aux dépens d'Australis. Panama, quant à lui, a presque disparu. Les deux sérogroupes dominants n'ont pas leur répartition habituelle. Il y a de nombreuses exceptions à la prédominance d'Icterohaemorrhagiae au Nord et à l'Est, celle de Grippotyphosa sur la façade Ouest maritime.

Au niveau des DOM/TOM où le nombre de cas est particulièrement bas, ceci traduit parfois l'abandon de la technique MAT qui était réalisée localement. C'est le cas à Tahiti où, depuis deux ans, ne sont plus effectuées que des réactions de dépistage moins sécurisantes et moins informatives. Ces réactions ont permis de considérer 75 cas probables qui, de fait, se répartissent mensuellement comme à l'accoutumée : maximum au premier semestre (2/3).

Nous en profitons pour présenter cette année un bilan global de 4 ans de sérologies de 1995 à 1998 (Table 3 bis ), années où le diagnostic effectué localement par MAT était confirmé au CNR et qui sont probablement les dernières années où la surveillance était représentative en terme de sérogroupes.

Les cas confirmés en 2001 ne sont au nombre que de 15 dont plus de la moitié par culture (Table 3).

En Nouvelle-Calédonie (Table 4), 147 cas détectés en 2001 malgré une réduction des examens réalisés (notamment par PCR). La répartition saisonnière montre une incidence supérieure au premier semestre (Table 4), quand aux sérogroupes représentés, Icterohaemorrhagiae représente 3/4 des cas en 2001(Table 4 bis). En Nouvelle Caléddonie également, des questions se posent quant au devenir de la réaction de référence, compte-tenu de ses contraintes.

Aux Antilles-Guyane, les chiffres ont remonté notamment en Guadeloupe, après l'adoption puis l'abandon du MAT entre 1995 et 1998, années pendant lesquelles une désaffection du diagnostic était notée. Les cas détectés en 2001 sont de

-15 en Guyane, à (Table 5); noter la diversité en sérogroupes et l'absence de caractéristiques saisonnières marquées en Guyane qui sont plus visibles sur un tableau cumulatif de 5 années (1993 à 1997) (Table 5 bis).

Mayotte (Table 8) et La Réunion (Table 9) présentent respectivement 31 et 43 cas. A noter qu'à La Réunion une décroissance de cas s'observe depuis quelques années. Le Dr MICHAULT qui effectue le diagnostic localement considère qu'une amélioration conséquente de l'hygiène pourrait en être responsable. La PCR utilisée à La Réunion depuis quelques années confirme les observations de Nouvelle-Calédonie : c'est un examen performant, positif très précocement et qui permet aussi de confirmer des leptospiroses avec des taux limites de 1/200, 1/100, et même de façon non négligeable des leptospiroses séro-négatives.

A noter 17 diagnostics positifs en provenance de l'étranger dont 15 du Maroc et 1 du Luxembourg, nos principaux correspondants, et 1 du Liban.

 

. Cas groupés

En juin, un diagnostic PCR positif a été obtenu simultanément pour trois enfants de Rochefort (Charente-Maritime).

Des sérologies positives pour deux autres enfants ont mené la DDASS à effectuer une enquête qui a révélé que les semaines précédentes une dizaine d'enfants, dont les cinq ci-dessus, s'étaient baignés à plusieurs reprises dans un canal (non autorisé à la baignade). Quatre des cinq enfants ont été hospitalisés et la guérison a été obtenue dans tous les cas.

Le séquençage des trois amplicons a permis d'identifier Leptospira interrogans du groupe Icterohaemorrhagiae.

 

1. ANALYSES BIOLOGIQUES : RESULTAT DES ACTIVITES DE L'ANNEE EN COURS

1.1. Nature et nombre d'échantillons biologiques étudiés

En 2001, au CNR ont été reçus 5787 sérums (dont 4459 par le CERBA et 1328 directement au CNR), une cinquantaine d'autres échantillons biologiques et diverses expertises.

1.2. Caractéristique de ces échantillons biologiques

Ces différents examens se répartissent en :

. Diagnostics immunologiques

a) diagnostics sérologiques humains réalisés au Centre de Référence

Au total, 546 cas positifs ont été répertoriés en France et se répartissent comme suit :

-En France métropolitaine,

286 diagnostics positifs ont été notés, dont 41 détectés à Lyon (32 au Laboratoire Merieux, 9 aux Hospices Civils de Lyon), 3 à Toulouse, 2 à Montpellier (dont 1 commun avec Lyon) ; les autres proviennent du Centre de Référence. A noter que, bien qu'inclus dans le total, 2 cas n'ont été révélés que bactériologiquement (culture).

- La PCR a permis de diagnostiquer 15 cas dont 3 n'avaient pas eu de sérologie, 5 étaient séro négatifs (généralement le prélèvement était trop précoce) et 7 étaient également positifs par sérologie.

- Pour les D.O.M.-T.O.M., 260 diagnostics positifs

. 43 cas pour la Réunion dont 2 par culture seulement et 6 par PCR seulement (essentiellement détectés localement à l'Hôpital Sud Réunion, 97448 St Pierre) A cela, il faut ajouter 31 cas pour Mayotte.

. 110 pour les Antilles-Guyane :

. 53 en Martinique

. 42 en Guadeloupe

. 15 en Guyane

(tous diagnostiqués au C.N.R.)

. 15 pour Tahiti dont 7 détectés seulement par culture (échantillons du C.H.T.)

. 68 cas confirmés et 79 probables, soit un total de 147 pour la Nouvelle-Calédonie. Tous ont été diagnostiqués sur place.

. A l'étranger, 17 diagnostics positifs (dont 15 pour le Maroc, 1 : Liban, 1 : Luxembourg). Au Maroc, si, comme à l'accoutumée, Icterohaemorrhagiae est prédominant (8 cas), la présence de 4 cas à Cynopteri est à signaler.

b) Diagnostics sérologiques animaux : 21 examens, auxquels il faut ajouter les 111 sérologies sur sérums de chiens demandées par le CEDS deMezilles (Yonne), mentionnés dans le chapitre 2.4. Expertises.

. Diagnostics bactériologiques

50 diagnostics bactériologiques ont été demandés au CNR :

Souches à identifier 41

Hémocultures 4

LCR 2

Urocultures 3

40 souches pathogènes et une souche saprophyte ont été identifiées.

. Publications relatives à l'activité d'expertise

L'étude de cas-témoins réalisée en 1999 par l'InVS, en collaboration avec l'INMA et le CNR, a été publiée en 2001 :

NARDONE A., CAMPESE C., POSTIC D., ANDRE-FONTAINE G., LIENARD M., BARANTON G. (2001)

Les facteurs de risque de leptospirose en France : une étude cas-témoins nationale (1999).

Méd. Mal. Infect., 31, (Suppl. 2), 285-287.

Un travail concernant l'intérêt pronostic de la PCR quantitative dans les leptospiroses graves a été réalisé par l'antenne de l'Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie :

TRUCCOLO J., SERAIS O., MERIEN F., PEROLAT P. (2001)

Following the course of human leptospirosis : evidence of a critical threshold for the vital prognosis using a quantitative PCR assay.

FEMS Microbiol. Lett., 204, 317-321.

. Publications relatives à l'activité de recherche

BRENOT A., TROTT D., SAINT GIRONS I., ZUERNER R. (2001)

Penicillin-binding proteins in Leptospira interrogans.

Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 45, (3), 870-877.

PICARDEAU M., BRENOT A., SAINT GIRONS I. (2001)

First evidence for gene replacement in Leptospira spp. Inactivation of L. biflexa flaB results in non-motile mutants deficient in endoflagella. Molecular Microbiology, 40, 189-199

WERTS,C., R.I TAPPING, J.C. MATHISON, T-H CHUANG, V. KRAVCHENKO, I. SAINT GIRONS, D. HAAKE, P.J. GODOWSKI, F. HAYASHI, A. OZINSKY, D.M. UNDERHILL, C.J. KIRSCHNING, H. WAGNER, A. ADEREM, P.S. TOBIAS, & R.J. ULEVITCH (2001)

Leptospiral lipopolysaccharide activates cells through a TLR2-dependent mechanism.

Nature Immunology, 2, 346-352

BRENOT A., WERTS C., OTTONE C., SERTOUR N., CHARON N.W., POSTIC D., BARANTON G., SAINT GIRONS I. (2001)

First evidence for a restriction-modification system in Leptospira sp. FEMS Microbiol. Lett., 201, 139-143.

PICARDEAU M. SAINT GIRONS,I. REN S. (2001)

Killing effect and antitoxic activity of the Leptospira interrogans toxin-antitoxin system in Escherichia coli

J. Bacteriol.,183, 6494-6497

SAINT GIRONS, I. BRENOT, A., PICARDEAU M. (2001)

Genetics of spirochetes. Light at the end of the tunnel : response.

Trends in Microbiology 9, 248.

LE DANTEC, C. N. WINTER, B. GICQUEL, V. VINCENT, PICARDEAU M. (2001)

Genomic sequence and transcriptionnal analysis of a 23-kb mycobacterial linear plasmid: evidence for horizontal transfer and identification of plasmid maintenance systems.

J. Bacteriol., 183, 2157-2164

BARANTON G., SEINOST G., THEODORE G., POSTIC D., DYKHUIZEN D. (2001)

Distinct levels of genetic diversity of Borrelia burgdorferi are associated with different aspects of pathogenicity.

Res. Microbiol., 152, 149-156.

DYKHUIZEN D.E., BARANTON G. (2001)

The implications of a low rate of horizontal transfer in Borrelia.

Trends Microbiol., 9, (7), 344-350.

POSTIC D., BARANTON G. (2001)

Taxonomy of Borrelia burgdorferi sensu lato - interest in clinic and epidemiology.

Periodicum Biologorum, 103, (2), 97-102.

DYKHUIZEN D., BARANTON G. (2001)

Borrelia burgdorferi, a (somewhat) clonal bacterial species.

Trends Microbiol., 9, (10), 472. (Reply)

YOUNSI H., POSTIC D., BARANTON G., BOUATTOUR A. (2001)

High prevalence of Borrelia lusitaniae in Ixodes ricinus ticks in Tunisia.

Europ. J. Epidemiol., 17, 53-56.