RECOMMANDATIONS préconisées par le Centre National de Référence des E. coli et Shigella et du laboratoire associé au CNR

Ces recommandations sont disponibles sur le site CNR des E. coli et Shigella :

http://www.pasteur.fr/sante/clre/cadrecnr/ecolishig-index.html

Les EHEC ou les STEC ont les mêmes caractères biochimiques que la plupart des Escherichia coli, à l’exception de E.coli O157 :H7 qui présente la particularité de ne pas fermenter le sorbitol dans la plupart des cas.

Les milieux de culture pour Entérobactéries à base de sorbitol et les milieux chromogènes, permettant de différencier les colonies utilisant le sorbitol, peuvent donc être utilisés dans l’isolement d’une souche de O157 à partir d’un prélèvement de selles.

Cependant, la recherche des STEC implique, en priorité, la détection des gènes de pathogénicité codant les Shigatoxines grâce à une méthode PCR avec un système d’amorces spécifiques des gènes stx.

Le sérotypage, à l’aide de sérums agglutinants, n’est utilisé que pour le O157 (et quelques autres STEC comme O26, O55, O91, O103) : il n’a qu’un caractère indicatif à cause de la mauvaise qualité des sérums et freine l’utilisation de cette méthode.

 

1. Conditions de recherche des EHEC ou STEC

Les situations les plus prioritaires où la recherche des EHEC et des STEC doit être envisagée, sont les suivantes :

 

2. Milieux de transport pour envoi des prélèvements (selles ou souches)

Les souches peuvent être conservées et envoyées dans des milieux de conservation usuels.

Pour les prélèvements de selles, les milieux de conservation conseillés sont : le milieu T.G.V. AER ou le milieu Portagerm Amies® agar.

Tous les envois se font à température ambiante, dans un triple emballage (comme recommandé par la réglementation) Conditions générales d'envoi des souches et autres produits biologiques

Les prélèvements de selles ou de souches sont à envoyer au CNR des E. coli et Shigella (pour les adultes) ou au laboratoire associé au CNR (pour les enfants) (Fiche de renseignements : surveillance des SHU chez l'enfant de moins de 15 ans - selles ou sérums).

 

3. Isolement et identification des EHEC et STEC

3.1. Milieux d’isolement

3.2. Séro-agglutinations pour les souches de E. coli O157

E. coli O157 Dryspot

3.3. Séro-agglutinations des souches de EHEC

Plusieurs choix de sérums sont proposés :

* Les mélanges I et III contiennent les sérums agglutinant les souches les plus fréquemment rencontrées parmi les EHEC en dehors du sérogroupe O157.

 

4. Caractérisation de la virulence des souches de STEC : Détection des gènes stx codant les Shigatoxines 

La détection des gènes stx a une très grande importance pour caractériser les souches de STEC. Cette méthode doit être préférée, si cela est possible, à la séro-agglutination, même si celle-ci constitue un élément important dans l’identification des souches de STEC.

Le système PCR de Lin et al. 1993 [27] est conseillé pour la détection de tous les gènes de shigatoxines (stx1, stx2 et variants).

 

5. Caractérisation moléculaire des souches de STEC 

En ce qui concerne la caractérisation moléculaire des souches de STEC (PCR des gènes de pathogénicité (stx1, stx2, eae, hlyA), ribotypie, électrophorèse en champ pulsé), le CNR et le laboratoire associé au CNR réalisent ces analyses gratuitement à titre d’expertise.