Activités de service


Expertises

1. Techniques disponibles

• Recherche des vibrions cholériques à partir de prélèvements (en fonction du contexte épidémiologique) par des techniques d’enrichissement/isolement.
• Diagnostic bactériologique présomptif du choléra.
• Identification par des techniques bactériologiques classiques et moléculaires et par des techniques sérologiques (agglutination) des espèces de vibrions pathogènes pour l’homme.
• Recherche par PCR des gènes codant pour des facteurs de pathogénicité.
• Évaluation de la sensibilité aux anti-infectieux.
• Mesure du titre d’anticorps vibriocides de sérums vis à vis des vibrions cholériques
• Typage moléculaire des souches de vibrions.

2. Caractérisation moléculaire des souches

- Recherche des facteurs de pathogénicité 
  • La recherche par PCR des facteurs de pathogénicité est appliquée à toutes les souches, qu’elles soient d’origine humaine, alimentaire ou environnementale, appartenant aux espèces Vibrio cholerae (sous-unités A et B de la toxine cholérique) et Vibrio parahaemolyticus (hémolysines TDH et TRH). 

- Typage moléculaire
   • Ribotypie
   • Electrophorèse en champ pulsé pour toutes les souches d’origine humaine.

3. Détermination de la résistance aux agents antibactériens

Un antibiogramme est réalisé pour toutes les souches isolées chez l’homme, à des fins de suivi épidémiologique.

Collection de souches

Toutes les souches reçues au CNR et appartenant au genre Vibrio sont mises en conservation par congélation à -80°C et en azote liquide. Le CNR peut être amené à assurer une distribution de certaines souches, utilisées comme souches de référence (souches témoins de PCR par exemple). Pour toute demande, contacter le responsable du CNR ou la Collection de l’Institut Pasteur (CIP).

Surveillance épidémiologique

Vibrions cholériques

Le CNR est chargé de l’identification des souches de vibrions cholériques responsables de cas de choléra survenant en France, où, comme dans de nombreux pays, cette maladie est à déclaration obligatoire. Un faible nombre de cas de choléra (0 à 5) surviennent chaque année en France et sont presque toujours importés. Lorsqu’une souche suspectée d’être un vibrion cholérique est adressée au CNR, celui-ci contacte immédiatement par téléphone le microbiologiste afin de connaître le contexte clinique et épidémiologique de l’isolement de la souche et de pouvoir évaluer rapidement le risque pour l’entourage immédiat du malade ainsi que pour la collectivité. Toute identification d’une souche de vibrion cholérique sur le territoire français fait l’objet d’un signalement par le CNR, le jour même, par télécopie avec confirmation par courrier, à la DGS et à l’InVS.

Le CNR étudie des souches de vibrions cholériques qui lui sont adressées par des microbiologistes étrangers ainsi que des prélèvements de selles qui lui sont adressés par des organisations humanitaires. Cela lui permet d’étudier les souches de vibrions cholériques circulant dans le monde et donc susceptibles d’être importées en France.


Vibrions non cholériques

Le CNR identifie aussi des souches de vibrions non cholériques d’origine humaine (10 à 15 cas par an). L’espèce V. cholerae (sérogroupes non-O1/non-O139) est prédominante, responsable de septicémies, de gastro-entérites ou d’infections suppuratives. Viennent ensuite l’espèce V. parahaemolyticus, responsable de gastro-entérites, et l’espèce V. vulnificus, responsable de septicémies ou d’infections suppuratives. Pour chaque souche de vibrion non cholérique d’origine humaine identifiée, le CNR adresse au microbiologiste et au clinicien une fiche détaillée de recueil de renseignements cliniques et épidémiologiques sur l’exposition du patient. Les données ainsi recueillies révèlent, dans la majorité des cas, un contact des patients avec l’eau de mer ou avec des produits de la mer.

A la demande du Ministère de l’Agriculture et de la Pêche et plus particulièrement de la DGAL, le CNR identifie et recherche les facteurs de pathogénicité des souches de vibrions isolées de produits de la mer importés en France, qui lui sont adressées par des laboratoires vétérinaires départementaux. Les espèces V. cholerae, V. parahaemolyticus et V. alginolyticus sont le plus souvent rencontrées. Jusqu’à présent, aucune souche de V. cholerae non-O1/non-O139 possédant les gènes de la toxine cholérique n’a été mise en évidence. Quelques souches de V. parahaemolyticus possèdent les gènes des hémolysines.

Enfin, le CNR étudie, dans le cadre de collaborations, des souches de vibrions non cholériques isolées de l’environnement côtier français.

Formation, transferts de connaissances

Le CNR participe à des enseignements post-universitaires en France et à l’étranger en donnant des cours sur le choléra et sur les vibrions non cholériques. Il participe aussi à des travaux pratiques sur ces thèmes. Ces interventions sont l’occasion de faire connaître le rôle du CNR, de rappeler que le choléra est une maladie à déclaration obligatoire, et que toutes les souches suspectes doivent obligatoirement être envoyées au CNR pour identification ou confirmation de l’identification.

Le CNR reçoit de nombreux stagiaires français ou étrangers pour les former aux méthodes classiques et moléculaires d’étude des vibrions cholériques et non cholériques. Pour tout renseignement sur ces stages, contacter directement le CNR.

Le CNR a publié des revues générales 
- sur le choléra : 
Fournier J.-M., Quilici M.-L. (2007). « Choléra ». La Presse Médicale, Dossier thématique Diarrhées Tropicales, 36, 727-739. 
- sur les infections à vibrions non cholériques :
Fournier J.-M., & Quilici M.-L. (2002) Infections à vibrions non cholériques. In : Encyclopédie Médico-Chirurgicale, Maladies infectieuses, 8-026-F-15, 7 p. Editions Scientifiques et Médicales Elsevier SA, Paris.

En l’absence d’une norme ISO validée, un protocole provisoire de détection de V. cholerae et de V. parahaemolyticus dans les produits de la mer a été élaboré en 2003 en collaboration avec l’Ecole Nationale de la Santé Publique (Rennes) et l’AFSSA (Boulogne-sur-Mer), et remis à jour en 2010.

Enfin, le CNR répond régulièrement par téléphone ou par courrier électronique aux questions posées par des laboratoires de biologie médicale ou des laboratoires vétérinaires sur les méthodes d’isolement et d’identification des vibrions.

Collaborations

le CNR collabore avec :

Au niveau national
- l’InVS, la DGS,
- l’ AFSSA : Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments
- la DGAL : Direction Générale de l’Alimentation
- la DGCCRF : Direction Générale de la Consommation, de la Concurrence et de la Répression des Fraudes
- l’IFREMER : Institut français de Recherche pour l’Exploitation de la mer
- Le Laboratoire National Vétérinaire
- Des laboratoires d’analyses vétérinaires départementaux
- Des laboratoires français, publics ou privés, de biologie médicale ou d’hygiène des aliments.

Au niveau international
- l’OMS (Global Task Force on Cholera Control),
- les Instituts du Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts associés
- des organisations humanitaires non gouvernementales impliquées dans la prise en charge d’épidémies de choléra, comme MSF.

Recherche

Le CNRVC développe, conformément à son cahier des charges, des activités de recherche permettant : 

- Pour le choléra, d’aborder la surveillance et l’épidémiologie moléculaire du choléra ainsi que l’étude de la résistance aux antibiotiques des souches de vibrions cholériques, 

- Pour les vibrions non cholériques, de contribuer à l’amélioration des capacités de surveillance et d’alerte dans le cadre d’une politique de prévention, par la mise au point de méthodes moléculaires de détection et d’identification dans les aliments et l’environnement et par l’étude de l’impact des modifications écologiques sur les différentes espèces de Vibrio pathogènes pour l’homme.

- Le CNR a également participé jusqu’en 2006 à des recherches portant sur la mise au point d’un nouveau vaccin contre le choléra. Dans ce cadre des anticorps monoclonaux spécifiques des lipopolysaccharides de V. cholerae O1 et de V. cholerae O139 avaient été préparés, ils ont été utilisés pour développer, en collaboration avec le Laboratoire d’Ingénierie des Anticorps de l’Institut Pasteur à Paris et avec l’Institut Pasteur de Madagascar, un test de diagnostic rapide du choléra détectant les 2 souches responsables du choléra : V. cholerae O1 et V. cholerae O139. Ce test, fondé sur le principe de l’immunochromatographie, a été évalué à Madagascar, au Bangladesh et au Mozambique. Sa sensibilité et sa spécificité ont été comparées dans un centre de traitement des maladies diarrhéiques au Bangladesh, à celles de deux autres tests commercialisés. Le test de l’Institut Pasteur s’est révélé le plus sensible, quel que soit le degré de technicité de l’utilisateur. C’est donc le test le mieux adapté à une utilisation dans des endroits isolés ou dans des camps de réfugiés. Suite à un transfert de technologie, ce test est commercialisé par une société indienne (www.span.co.in).

Assurance qualité

Le CNR des Vibrions et du Choléra est engagé dans une démarche qualité, s’inscrivant dans le cadre de la politique qualité de l’Institut Pasteur.