Activités de service

• Identification et détermination du sérotype des souches de Salmonella envoyées par les Laboratoires de biologie médicale privés et publics (hospitaliers)

• Typage moléculaire (électrophorèse en champs pulsé, ribotypie) et lysotypie des Salmonella.

• Etude de la sensibilité aux antibiotiques des Salmonella.

• Collecte des informations épidémiologiques sur les souches complètement identifiées par les laboratoires collaborateurs.

Techniques utilisées
Chaque souche reçue est ré-isolée puis identifiée au niveau de l’espèce par l’étude des caractères biochimiques conventionnels.

Les Salmonella sont sérotypées par agglutination. Les antigènes O sont immédiatement identifiés. Les antigènes H (flagellaires) nécessitent de sélectionner les éléments les plus mobiles de la culture bactérienne, d’identifier une phase H par agglutination, d’inhiber la mobilité des bactéries ayant cette phase et de sélectionner les individus ayant l’autre phase flagellaire (en milieu de Sven Gard) et d’agglutiner cette autre phase.

Délais : 4 ou 5 jours s’il n’y a pas de difficulté.
En cas de difficulté, les séquences des gènes rpoB, fliC et fljB sont déterminées.

Volume d’activité moyen
Chaque année le CNR reçoit pour sérotypage 7.000 à 10.000 souches. Jointes aux informations épidémiologiques sur les souches complètement étudiées par des laboratoires collaborateurs, c’est sur plus de 30.000 souches annuelles que les informations du CNR sont basées.

Le CNR conserve toutes les souches reçues. Elles sont maintenues en tubes de gélose conservation (BIORAD 63683) à la température ambiante.

Le CNR exerce une surveillance continue des salmonelloses en France grâce aux souches d’origine humaine envoyées pour sérotypage par les laboratoires et grâce à la collecte des informations épidémiologiques sur les souches complètement identifiées par les laboratoires correspondants (France métropolitaine et DOM-TOM).
Le système informatisé de surveillance et d’alerte des salmonelloses humaines du CNR permet de :

- Documenter les tendances spatiales et temporelles de 80 sérotypes sous surveillance (depuis 1978 ou 1992 selon les niveaux de surveillance choisis)
- Détecter précocement au niveau national, régional ou départemental toute augmentation anormale du nombre d’isolements de Salmonella.
- Produire à destination des professionnels de Santé publique tous types de documents (courbes, graphiques à barre, cartes géographiques..) illustrant les tendances ou la répartition des sérotypes sous surveillance.

Il adresse à l’InVS et dans certains cas à la DGS :

- La liste des cas groupés (épidémies familiales, hospitalières, scolaires, toxi-infections alimentaires collectives, infections collectives) qui lui sont signalés par les laboratoires correspondants (InVS).
- Un relevé hebdomadaire de surveillance provisoire signalant le(s) sérotype(s) dépassant les valeurs attendues (InVS)
- Un relevé mensuel de surveillance (InVS). En cas de survenue d’une épidémie, le CNR communique à l’ InVS les informations épidémiologiques essentielles sur les souches étudiées dans ce cadre.
- Des inventaires annuels par sérotype et par département.

Les recherches de l’Unité concernent la taxonomie bactérienne (non limitée aux entérobactéries). Dans ce cadre, les sous-thèmes sont la phylogénie (séquençage du gène rrs codant les ARN ribosomaux, du gène rpoB et d’autres gènes), la taxonomie moléculaire (hybridation des ADN), le typage moléculaire (ribotypie, restriction de l’opéron rrn, restriction des gènes de la flagelline ou déterminant l’antigène O), et le développement de l’hybridation in situ comme marqueur de viabilité.

Nationales

- Avec l’InVS et la DGS : voir ci-dessus "Surveillance épidémiologique".
- Plus de 2200 laboratoires collaborateurs ont adressé des souches et/ou des informations au CNR. Ils se répartissaient de la manière suivante : Centres hospitaliers (441), Centres médico-chirurgicaux, cliniques (14), Centres de Biologie (19), Laboratoires d’analyses de biologie médicale (1954), Laboratoires vétérinaires départementaux (11), AFSSA (2), IFREMER (1), autres laboratoires (157).

Avec le réseau des Instituts Pasteur et Instituts Associés
Le CNR reçoit régulièrement des souches à typer envoyées par les Instituts du réseau international , et accueille des jeunes chercheurs en formation pour ces Instituts.

Internationales

- Le CNR transmet au Centre Collaborateur OMS de Référence et de Recherche sur les Salmonella, pour homologation, les sérotypes nouveaux de Salmonella qu’il a identifiés.
- Le CNR participe au Réseau Européen de surveillance des infections à Salmonella et autres entérobactéries “Enter-Net” en répondant aux demandes d’information émanant des CNR participants et en transmettant les données épidémiologiques essentielles sur les souches d’origine humaine identifiées au CNR.

Le CNR des Salmonella est engagé dans une démarche qualité, s'inscrivant dans le cadre de celle de l'Institut Pasteur.