Activités de service

Expertises

Le CNR propose de réaliser le génotypage des HPV qui ne peuvent être identifiés par les trousses commerciales disponibles.

Génotypage des HPV
La méthode proposée comporte l’extraction des acides nucléiques à l’aide de trousses commerciales (Macherey Nagel). Les séquences virales sont ensuite amplifiées par amplification en chaîne par polymérase (PCR) à l’aide d’amorces dégénérées (identification des génotypes) ou spécifiques pour les génotypes 16 et 18 (identification des variants). Les produits d’amplification sont ensuite analysés par électrophorèse en gel d’agarose et les prélèvements positifs sont séquencés.
Le typage viral est effectué par recherche d’homologie à l’aide du logiciel BLAST avec des séquences d’ADN disponibles dans des banques de données internationales.
L’analyse génétique de la région de régulation et du gène E6 des HPV16 et 18 constitue le moyen d’identifier des variants particuliers de ces génotypes dont il conviendra d’étudier la pathogénicité.
 

Le délai de rendu des résultats d'expertise est de 15 jours ouvrés.


Les échantillons après technique seront conservés à -20°C ou -80°C dans la collection du CNR, jusqu'à la fin du mandat du CNR.


Surveillance épidémiologique et alerte

Les techniques actuelles de génotypage permettent de porter un diagnostic d’infection par un HPV dans un délai de 3 à 5 jours selon la méthode utilisée. Le CNR-HPV centralise toutes les analyses concernant la suspicion d’infection par un HPV ainsi que les données des laboratoires participant au réseau.
En collaboration avec l’InVS, les résultats font l’objet d’un rapport qui est envoyé à la Direction Générale de la Santé.
Le CNR-HPV, par son activité de génotypage et son rôle de centralisateur des données virologiques des différents laboratoires collaborateurs, participe à l’activité de veille sanitaire nationale et internationale concernant les infections par les HPV. Le CNR participe également à l’alerte de tout changement dans la distribution de l’écologie virale ou l’apparition de nouveaux génotypes ou variants.


Autres expertises

Collection de souches et de réactifs de référence
Le CNR-HPV met en place le développement d’une banque d’isolats des différents génotypes et variants d’HPV. Cette banque permet la surveillance de la diffusion des différents HPV en France et au niveau international.
 


Formation, transferts de connaissances

Le CNR-HPV a pour mission de former et d’assurer un transfert de connaissance et de savoir-faire auprès des laboratoires de diagnostic.
Il a également un rôle de conseil et répond aux demandes émanant de personnes travaillant dans le domaine des infections par les HPV (médecins, biologistes, responsables sanitaires). Dans le cadre d’une collaboration avec l’OMS, le CNR contribue à la diffusion de guides de bonnes pratiques dans le génotypage et la sérologie des HPV.


Principaux thèmes de recherche

Le CNR-HPV est rattaché à l’unité de Génétique, Papillomavirus et Cancer Humain de l’Institut Pasteur (GPCH). Les recherches de l’unité portent sur l’étude de la fonction de deux gènes (EVER1 et EVER2) de résistance à l’infection par les HPV et sur la caractérisation des réseaux d’interactions entre protéines cellulaires et protéines virales précoces afin de mieux comprendre les mécanismes de la carcinogenèse associée aux HPV. 

Une cohorte observationnelle multicentrique dont l’objectif principal est l’étude des lésions génitales liées à l’infection par les HPV chez les femmes infectées par le VIH a été mise en place par l’Agence Nationale de Recherche sur le Sida et les hépatites en 2008 (ANRS). Cette étude a été initiée du fait du risque de survenue de cancers du col de l’utérus dans ce contexte d’immunosupression au long cours et de la faible efficacité des traitements chirurgicaux usuels sur les lésions. 

Les recherches menées dans le CNR sont réalisées en collaboration avec des entités de l’Institut Pasteur et en lien avec les Instituts du Réseau international des Instituts Pasteurs (RIIP) en particulier les Instituts localisés dans les DOM TOM. 
Elles ont pour objectif :
- d’évaluer des méthodes de génotypage et de sérologie des HPV disponibles commercialement
- de mettre au point de nouvelles méthodes de génotypage en collaboration avec des laboratoires européens (projet NANO-MUBIOP)
 


Assurance qualité

Le CNR  propose un contrôle de qualité externe aux laboratoires réalisant les tests HPV.

Transfert de connaissances

Les laboratoires ayant  déjà effectué un  contrôle de qualité  externe avec le CNR des Papillomavirus sont :

- Centre Hospitalier d’Aix-en-Provence,
- Centre Hospitalier Universitaire d’Amiens,
- Centre Hospitalier Universitaire d’Angers,
- Centre Hospitalier d’Aulnay-sous-Bois,
- Laboratoire Zerah Tarr Pfeffer à Bagnolet,
- Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux,
- Centre Hospitalier Universitaire de Brest,
- Centre Hospitalier Universitaire de Caen,
- Laboratoire Sipath à Clermont Ferrant,
- Centre Hospitalier Universitaire de Dijon,
- Centre Hospitalier Universitaire de Fort-de-France,
- Centre Hospitalier Régional Universitaire de Lille,
- Laboratoire de biologie médicale Biolille, Lille,
- Centre Hospitalier Régional Universitaire de Limoges,
- Centre Hospitalier Universitaire, Lyon Est - Hôpital Mère Enfant, à Bron
- Centre Hospitalier Universitaire de Lyon Croix Rousse, à Lyon
- Centre Hospitalier Universitaire  de la Timone, Marseille,
- Centre Hospitalier Universitaire Saint Eloi à Montpellier,
- Centre Hospitalier Universitaire Arnaud de Villeneuve à Montpellier,
- Centre Hospitalier Universitaire de Nancy,
- Centre Hospitalier Universitaire de Nantes,
- Centre Hospitalier Universitaire de Nice,
- Centre Hospitalier Universitaire Bichat, Paris
- Centre Hospitalier Universitaire Cochin, Paris
- Institut Curie, Paris
- Hôpital Européen Georges Pompidou, Paris
- Centre Hospitalier Universitaire Tenon, Paris
- Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers,
- Centre Hospitalier Universitaire de Reims,
- Centre Hospitalier Universitaire de Rennes,
- Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Étienne
- Laboratoire de biologie médicale Cerba, Saint-Ouen l’Aumône,
- Centre Hospitalier Universitaire de Strasbourg,
- Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse,
- Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours,
- Centre Hospitalier de Troyes,

Le CNR-HPV est engagé dans une démarche qualité destinée à produire des résultats fiables dans un délai raisonnable, en assurant la traçabilité des données et en respectant les règles d’éthique et de sécurité ainsi que la règlementation en vigueur. Cette démarche s’inscrit dans le cadre de la politique qualité de l’Institut Pasteur.