Missions spécifiques

Rappel sur les Hantavirus et situation en France

Les hantavirus sont regroupés au sein d’un des 5 genres viraux de la famille des Bunyaviridae. Le génome de ces virus enveloppés comprend 3 molécules d’ARN simple brin de polarité négative, désignées S (« small »), M (« medium »), et L (« large ») codant respectivement pour la nucléoprotéine N, deux glycoprotéines d’enveloppe (Gn et Gc), et une RNA polymérase RNA-dépendante.
Vingt-deux espèces sont officiellement rapportées mais le nombre de taxons décrits a augmenté récemment de manière importante. Une centaine d’espèces ou variants dans l’espèce sont décrits actuellement et des hantavirus sont présents sur tous les continents.

Chaque taxon viral est habituellement associé à une espèce hôte naturel, incluant des rongeurs (Ordre Rodentia) et des insectivores (Ordre Soricomorpha).
Des séquences partielles du segment L correspondant à de nouveaux hantavirus ont été également détectées chez des chauves-souris (Ordre Chiroptera).
L’infection chez l’hôte par l’hantavirus qui y est associé est généralement inapparente même si des observations expérimentales ou dans la nature lors d’infection par certains hantavirus rapportent des baisses de poids, une agressivité accrue, et une longévité diminuée chez les individus infectés par rapport aux individus sains.
L’infection de l’hôte naturel se traduit par une infection chronique au cours de laquelle le virus persiste dans les organes. La durée de virémie, de sécrétion, ou d’excrétion du virus varie suivant l’association espèce de virus – espèce d’hôte (elle dure par exemple environ les deux premiers mois de l’infection du campagnol roussâtre (Myodes glareolus) par le virus Puumala (PUUV) présent en France).
La transmission du virus entre individus s’effectue par contact direct ou indirect via l’inhalation d’excrétats ou de sécrétions. Par ces mêmes voies, certains des hantavirus associés aux rongeurs peuvent être transmis aux humains.
La transmission inter-humaine est rare et n’a été décrite que dans le cas d’infection par l’hantavirus Andes au Chili.

Ces virus zoonotiques causent chez l’homme 2 types de syndromes: soit une fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR) causée principalement par des hantavirus européens et asiatiques, soit un syndrome cardio pulmonaire (SCP) causé essentiellement par des hantavirus américains.
C’est une maladie relativement rare (50 à 150 cas détectés en France annuellement et de l’ordre d’une cinquantaine par an aux USA).
Les signes cliniques sont provoqués par la perméabilité vasculaire induite particulièrement par l’hantavirus, conduisant à une fuite plasmatique (les virus européens et asiatiques ayant un tropisme rénal et les hantavirus américains un tropisme pulmonaire).
La période d’incubation varie de 10 jours à 6 semaines. La FHSR se décompose généralement en 5 phases : fébrile, hypotensive, oligurique, polyurique et convalescente. Durée de ces phases et sévérité (0,1 à 10% de létalité) dépendent en partie de l’espèce virale en cause. Le SCP est un syndrome sévère d’apparition brutale avec défaillance respiratoire et cardiaque (létalité de l’ordre de 30 à 60%).

Le traitement de ces maladies est symptomatique. Aucun traitement spécifique n’est disponible, même si un traitement à base de ribavirine a montré un bénéfice clinique au cours d’une infection par un hantavirus de l’Ancien Monde.
Des vaccins inactivés préparés sur cerveaux de souriceaux nouveau-nés ou sur cultures cellulaires contre les virus Hantaan et Seoul sont produits et utilisés uniquement en Chine et en Corée du Sud.
La prévention de l’infection consiste essentiellement à limiter les contacts avec les rongeurs, leurs sécrétions et excrétions.
Les mesures suivantes, recommandées en France pour prévenir les infections par le virus Puumala, s’appliquent à la plupart des hantavirus zoonotiques :

  • mettre un pansement sur les plaies en cas de manipulation de bois ou de travail de la terre en bordure de forêt.
  • mettre des gants de caoutchouc pour manipuler des rongeurs morts ou vivants ou leurs nids.
  • mettre un masque ou au moins se mettre dos au vent pour manipuler du bois ou de la terre.
  • éviter de rentrer dans des locaux fermés en forêt ou en bordure de forêt.
  • aérer et asperger de désinfectant (porter un masque pendant l’opération) avant de nettoyer des locaux ayant été longtemps fermés, susceptibles d’avoir abrité des rongeurs (de préférence, utiliser un aspirateur plutôt qu'un balai).
  • dératiser les habitations (pièges ou nourriture empoisonnée).
  • placer la nourriture dans des endroits inaccessibles aux rongeurs.
  • empêcher l’accès des rongeurs dans les habitations en bouchant les ouvertures.
  • éliminer les abris utilisables par les rongeurs.

La situation en France métropolitaine

Cinq espèces d’hantavirus zoonotiques circulent sur le continent européen : le virus Puumala (PUUV), le virus Séoul (SEOV), le virus Dobrava-Belgrade (DOBV), le virus Saaremaa (SAAV), et le virus Tula (TUV).
PUUV est le virus responsable du plus grand nombre de cas de FHSR (forme clinique connue sous le nom de néphropathie épidémique) et circule en Europe du Nord et de l’Ouest avec un taux de létalité heureusement faible de l’ordre de 0.1%.
SEOV est ubiquiste de par la distribution très large de ses réservoirs, le rat noir (Rattus rattus) et le rat surmulot (R. norvegicus) mais les cas humains rapportés en Europe sont très rares.
DOBV circule dans la région des Balkans et en Europe Centrale et est à l’origine d’atteintes humaines graves (taux de létalité jusqu’à 10%).
SAAV, variant de DOBV, rencontré en Estonie (île Saaremaa), est décrit jusqu’à présent comme responsable d'infections sub-cliniques voire inapparentes et les cas humains restent rares.
Le virus Tula (TULV) est responsable de formes inapparentes ou bénignes d’infection (avec preuve sérologique seulement).

Trois de ces virus ont été détectés en France métropolitaine :

  • la FHSR y est causée principalement par PUUV, identifié pour la première fois dans les années 1980. Le réservoir de ce virus est le campagnol roussâtre (Myodes glaerolus anciennement dénommé Clethrionomys glaerolus), qui vit en forêt ou bordure de forêts et, parfois, dans les bâtiments avoisinants. Bien que ce rongeur soit présent partout sur le territoire métropolitain, excepté sur le littoral méditerranéen, les cas de FHSR dus à PUUV sont détectés chez des patients exposés aux rongeurs dans le quart Nord-Est du territoire. PUUV peut être à l'origine d'épidémies localisées.
  • des cas humains d’infection par SEOV ont été sérologiquement suspectés dans plusieurs régions mais le virus lui-même n’a été mis en évidence que chez Rattus norvegicus en région lyonnaise et chez une patiente résidant dans l'Ain.
  • TUV, au potentiel zoonotique mal connu, n’a été détecté que chez son réservoir le campagnol commun (Microtus arvalis) dans la région du Jura. Ce rongeur est présent dans les milieux ouverts et lisières de forêts, partout en France sauf sur le littoral méditerranéen et la pointe de la Bretagne.
  • Le virus Nova a été décrit pour la première fois en Hongrie chez la taupe européenne (Talpa europaea). Il s’agit pour le moment de l’hantavirus le plus divergent. Il a été également détecté chez cet animal dans le Nord de la France. Jusqu’à présent, le pouvoir pathogénique de ce virus chez l’homme n’est pas connu (Gu SH et al. 2013).

 
Le campagnol Arvicola scherman présent en zone de prairie de moyenne montagne du Nord de l’Espagne à la Roumanie, a été trouvé porteur d’anticorps dirigés contre des hantavirus mais le virus responsable de cette séropositivité n’a pas encore été identifié.
Le réservoir de DOBV, le mulot à collier (Apodemus flavicollis), est présent dans les forêts de tout le territoire excepté le littoral méditerranéen et le littoral atlantique, mais le virus n’a jamais été détecté en France chez l’homme ni chez l’animal. Le réservoir de SAAV, le mulot rayé (Apodemus agrarius) n’est pas présent en France.

Les hantavirus dans les départements français d’Amérique

Sur le continent américain et en particulier dans plusieurs pays d'Amérique du sud d'autres espèces d'hantavirus circulent chez l’homme, responsables du syndrome cardio-pulmonaire à hantavirus (SCPH). En Guyane, 4 cas humains d’infection par un hantavirus ont été très récemment identifiés. Ces cas ont été mortels. Ils ont été provoqués par un hantavirus décrit à l’occasion de ces cas, le virus Maripa, qui a ensuite été détecté chez deux espèces de rongeurs sauvages (Zygodontomys brevicauda et Oligoryzomys fulvescens). Ce virus est un variant du virus Rio Mamore, responsable de SCP au Paraguay, Bolivie, Pérou et dans la partie amazonienne du Brésil.

Le Centre National de Référence des Hantavirus

Les missions du CNR s’inscrivent dans le cadre des missions générales des Centres Nationaux de Référence.

Par arrêté du 26 novembre 2011, le centre national de référence (CNR) des Hantavirus a été désigné pour la période allant du 1er janvier 2012 au 31 décembre 2016 à l’unité de Biologie des Infections Virales Emergentes (UBIVE) de l’Institut Pasteur à Lyon (coordonnateur) et au laboratoire de virologie de l’Institut Pasteur de Guyane à Cayenne (laboratoire associé).

Les missions du CNR, telles que définies dans l’appel à candidature de l’InVS en janvier 2011 sont :

1. Apporter une expertise :
   -  participer au développement et à l’évaluation des techniques diagnostiques sérologiques et moléculaires des hantavirus, incluant les virus du Nouveau Monde en liaison avec les laboratoires des départements français d’outre-mer (DFA),
   - apporter son expertise aux laboratoires de biologie de ville et hospitaliers pour le diagnostic des infections par les hantavirus (confirmation de diagnostic, identification de virus, séquençage),
   - développer des collaborations avec des laboratoires étrangers, notamment au niveau européen.

2. Contribuer en lien avec l’Institut de veille sanitaire, à la surveillance épidémiologique :
   - en s’appuyant sur un réseau de laboratoires, 
   - en participant à l’investigation de cas groupés,
   - en collaborant avec les structures en charge de la surveillance chez l’animal.

3. Contribuer à l’alerte en signalant à l’Institut de veille sanitaire tout évènement inhabituel : augmentation du nombre de cas, apparition de cas groupés, modification des formes cliniques (répartition, modification de l’expression clinique, formes inhabituelles), introduction d’un nouveau sérotype sur le territoire, etc.

Mise à jour le 13/11/2013